Protein–RNA interactions for Protein: Q9QZR9

Col4a4, Collagen alpha-4(IV) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,682 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col4a4Q9QZR9 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col4a4Q9QZR9 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Gm27253-201ENSMUST00000183670 367 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 H2-Q7-204ENSMUST00000116598 1134 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Ypel3-210ENSMUST00000170882 1050 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Col4a4Q9QZR9 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Ctsz-201ENSMUST00000016400 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Bola1-202ENSMUST00000107099 995 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 BC004004-202ENSMUST00000120346 1297 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Bola1-201ENSMUST00000016087 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Bola1-203ENSMUST00000177442 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 AC164441.1-202ENSMUST00000223430 442 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Lgals3-201ENSMUST00000142734 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Mrpl48-207ENSMUST00000146003 1625 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Gm43137-201ENSMUST00000198052 594 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
Col4a4Q9QZR9 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col4a4Q9QZR9 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Col4a4Q9QZR9 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col4a4Q9QZR9 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col4a4Q9QZR9 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Col4a4Q9QZR9 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Col4a4Q9QZR9 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Col4a4Q9QZR9 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.9 ms