Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Pth2-201ENSMUST00000042754 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 4833418N17Rik-201ENSMUST00000064826 615 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Ccdc3Q9D6Y1 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Rtl10-201ENSMUST00000146673 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC21■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
Ccdc3Q9D6Y1 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1cb-206ENSMUST00000202078 383 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Bub3-205ENSMUST00000208571 747 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
Ccdc3Q9D6Y1 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Sin3b-203ENSMUST00000212095 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Ccdc3Q9D6Y1 Pkig-202ENSMUST00000099105 640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 132.6 ms