Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Btbd6-204ENSMUST00000221104 2085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Vps28Q9D1C8 Akt1s1-201ENSMUST00000054343 1592 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Tusc3-201ENSMUST00000167992 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Tifa-202ENSMUST00000163775 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Gm15334-201ENSMUST00000131421 325 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Vps28Q9D1C8 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Tcf4-246ENSMUST00000202116 2986 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Dnajc19-203ENSMUST00000117223 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Oaz2-201ENSMUST00000046490 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Vps28Q9D1C8 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms