Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Serp2-201ENSMUST00000064517 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Lmx1aQ9JKU8 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Lmx1aQ9JKU8 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gm11614-201ENSMUST00000137598 736 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Lmx1aQ9JKU8 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Lmx1aQ9JKU8 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Lmx1aQ9JKU8 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Lmx1aQ9JKU8 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Lmx1aQ9JKU8 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Lmx1aQ9JKU8 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Lmx1aQ9JKU8 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 66.3 ms