Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

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Length 892 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Sh3rf1Q69ZI1 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Idh3a-205ENSMUST00000217484 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Sh3rf1Q69ZI1 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Sh3rf1Q69ZI1 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 58.3 ms