Protein–RNA interactions for Protein: B9EHT4

Clip3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clip3B9EHT4 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Clip3B9EHT4 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
Clip3B9EHT4 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
Clip3B9EHT4 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Clip3B9EHT4 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.1 ms