Protein–RNA interactions for Protein: Q69ZI1

Sh3rf1, E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1, mousemouse

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Length 892 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sh3rf1Q69ZI1 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Gadd45a-201ENSMUST00000043098 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Sh3rf1Q69ZI1 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Sh3rf1Q69ZI1 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rps2-206ENSMUST00000146867 962 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rps2-ps10-201ENSMUST00000076842 879 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm5786-201ENSMUST00000085368 882 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Sh3rf1Q69ZI1 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
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