Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Usp28Q5I043 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Usp28Q5I043 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
Usp28Q5I043 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Usp28Q5I043 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Usp28Q5I043 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.2 ms