Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Ddx28Q9CWT6 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Gm5987-201ENSMUST00000196433 1151 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Sirt1-203ENSMUST00000120239 4430 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Ddx28Q9CWT6 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Ddx28Q9CWT6 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms