Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Ccdc3Q9D6Y1 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Ccdc3Q9D6Y1 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.8 ms