Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col28a1Q2UY11 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col28a1Q2UY11 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col28a1Q2UY11 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Col28a1Q2UY11 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Col28a1Q2UY11 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Col28a1Q2UY11 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col28a1Q2UY11 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms