Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
Ddx28Q9CWT6 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Cacna2d2-205ENSMUST00000168532 5807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ddx28Q9CWT6 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Dcbld2-201ENSMUST00000046663 6561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Ddx28Q9CWT6 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
Ddx28Q9CWT6 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC21.02■□□□□ 0.95
Ddx28Q9CWT6 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Ddx28Q9CWT6 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.1 ms