RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000628306.2

CAPNS1-216, Transcript of calpain small subunit 1, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CAPNS1, Length 1,389 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CAPNS1-216ENST00000628306 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP25.06■■□□□ 1.61e-21■■■■■ 79.2
CAPNS1-216ENST00000628306 SERBP1Q8NC51 408 aaKnown RBP eCLIP23.68■■□□□ 1.386e-6■■■■■ 47.7
CAPNS1-216ENST00000628306 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP25.15■■□□□ 1.627e-11■■■■■ 42.7
CAPNS1-216ENST00000628306 EFTUD2Q15029 972 aaKnown RBP eCLIP23.62■■□□□ 1.374e-8■■■■■ 41.9
CAPNS1-216ENST00000628306 SF3B4Q15427 424 aaKnown RBP eCLIP21.69■■□□□ 1.062e-10■■■■■ 40.3
CAPNS1-216ENST00000628306 SF3A3Q12874 501 aaKnown RBP eCLIP22.94■■□□□ 1.269e-8■■■■■ 39.8
CAPNS1-216ENST00000628306 SF3B1O75533 1304 aaKnown RBP eCLIP26.4■■□□□ 1.829e-10■■■■□ 24.3
CAPNS1-216ENST00000628306 G3BP1Q13283 466 aaKnown RBP eCLIP29.29■■■□□ 2.288e-8■■■■□ 23.7
CAPNS1-216ENST00000628306 RPS3P23396 243 aaKnown RBP eCLIP23.31■■□□□ 1.328e-7■■■■□ 23
CAPNS1-216ENST00000628306 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP36.41■■■■□ 3.424e-10■■■■□ 22.9
CAPNS1-216ENST00000628306 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP31.54■■■□□ 2.645e-6■■■■□ 22.9
CAPNS1-216ENST00000628306 IGF2BP3O00425 579 aaKnown RBP eCLIP30.39■■■□□ 2.455e-7■■■■□ 22.6
CAPNS1-216ENST00000628306 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP33.43■■■□□ 2.944e-7■■■□□ 18.5
CAPNS1-216ENST00000628306 SUB1P53999 127 aaKnown RBP eCLIP18.69■□□□□ 0.582e-6■■■□□ 18.2
CAPNS1-216ENST00000628306 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP27.43■■□□□ 1.982e-11■■■□□ 17.4
CAPNS1-216ENST00000628306 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP30.21■■■□□ 2.432e-8■■■□□ 16.5
CAPNS1-216ENST00000628306 RBM15Q96T37 977 aaKnown RBP eCLIP24.03■■□□□ 1.441e-7■■■□□ 16.1
CAPNS1-216ENST00000628306 LARP4Q71RC2 724 aaKnown RBP eCLIP22.81■■□□□ 1.245e-7■■■□□ 15.7
CAPNS1-216ENST00000628306 PRPF8Q6P2Q9 2335 aaKnown RBP eCLIP21.07■□□□□ 0.961e-6■■■□□ 15.5
CAPNS1-216ENST00000628306 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP27.95■■■□□ 2.061e-7■■■□□ 14.8
CAPNS1-216ENST00000628306 PUM2Q8TB72 1066 aaKnown RBP eCLIP22.44■■□□□ 1.188e-53■■■□□ 14.8
CAPNS1-216ENST00000628306 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP30.15■■■□□ 2.428e-20■■□□□ 14.3
CAPNS1-216ENST00000628306 PCBP1Q15365 356 aaKnown RBP eCLIP26.53■■□□□ 1.842e-8■■□□□ 14
CAPNS1-216ENST00000628306 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP29.34■■■□□ 2.293e-8■■□□□ 13.7
CAPNS1-216ENST00000628306 HNRNPKP61978 463 aaKnown RBP eCLIP24.31■■□□□ 1.482e-14■■□□□ 13.1
CAPNS1-216ENST00000628306 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP40.14■■■■■ 4.026e-24■■□□□ 13
CAPNS1-216ENST00000628306 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP26.52■■□□□ 1.845e-6■■□□□ 12.9
CAPNS1-216ENST00000628306 DDX24Q9GZR7 859 aaKnown RBP eCLIP28.64■■■□□ 2.182e-6■■□□□ 12.4
CAPNS1-216ENST00000628306 SND1Q7KZF4 910 aaKnown RBP eCLIP24.62■■□□□ 1.537e-7■■□□□ 11.5
CAPNS1-216ENST00000628306 IGF2BP1Q9NZI8 577 aaKnown RBP eCLIP23.56■■□□□ 1.364e-11■□□□□ 10.6
CAPNS1-216ENST00000628306 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP44.39■■■■■ 4.78e-9■□□□□ 10.5
CAPNS1-216ENST00000628306 PCBP2Q15366 365 aaKnown RBP eCLIP23.01■■□□□ 1.273e-9■□□□□ 10.3
CAPNS1-216ENST00000628306 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP25.74■■□□□ 1.718e-17■□□□□ 10.3
CAPNS1-216ENST00000628306 METAP2P50579 478 aaKnown RBP eCLIP27.39■■□□□ 1.984e-11■□□□□ 10.1
CAPNS1-216ENST00000628306 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP28.51■■■□□ 2.164e-6■□□□□ 9.2
CAPNS1-216ENST00000628306 PPIGQ13427 754 aaKnown RBP eCLIP28.41■■■□□ 2.142e-7■□□□□ 8.5
CAPNS1-216ENST00000628306 PRPF4O43172 522 aaKnown RBP eCLIP23.61■■□□□ 1.375e-9■□□□□ 8.4
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