RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000576613.5

CTDNEP1-212, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

TSL 3

Gene CTDNEP1, Length 606 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1-212ENST00000576613 NISCHQ9Y2I1 1504 aa29.49■■■□□ 2.31
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CTDNEP1-212ENST00000576613 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.62■■□□□ 1.85
CTDNEP1-212ENST00000576613 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.43■■□□□ 1.66
CTDNEP1-212ENST00000576613 NACADO15069 1562 aa25.19■■□□□ 1.62
CTDNEP1-212ENST00000576613 DNAJC5BQ9UF47 199 aa25.18■■□□□ 1.62
CTDNEP1-212ENST00000576613 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.95■■□□□ 1.58
CTDNEP1-212ENST00000576613 UNC13AQ9UPW8 1703 aa24.83■■□□□ 1.57
CTDNEP1-212ENST00000576613 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP24.82■■□□□ 1.56
CTDNEP1-212ENST00000576613 MYO15BQ96JP2 1530 aa24.78■■□□□ 1.56
CTDNEP1-212ENST00000576613 BICRAQ9NZM4 1560 aa24.64■■□□□ 1.54
CTDNEP1-212ENST00000576613 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1-212ENST00000576613 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1-212ENST00000576613 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1-212ENST00000576613 SCRIBQ14160 1630 aa24.2■■□□□ 1.46
CTDNEP1-212ENST00000576613 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.17■■□□□ 1.46
CTDNEP1-212ENST00000576613 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.13■■□□□ 1.45
CTDNEP1-212ENST00000576613 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.08■■□□□ 1.45
CTDNEP1-212ENST00000576613 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa23.35■■□□□ 1.33
CTDNEP1-212ENST00000576613 NCAPD3P42695 1498 aa23.23■■□□□ 1.31
CTDNEP1-212ENST00000576613 CUX2O14529 1486 aa23.18■■□□□ 1.3
CTDNEP1-212ENST00000576613 ERCC6Q03468 1493 aa23.16■■□□□ 1.3
CTDNEP1-212ENST00000576613 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa23.11■■□□□ 1.29
CTDNEP1-212ENST00000576613 SMARCA2P51531 1590 aa23.09■■□□□ 1.29
CTDNEP1-212ENST00000576613 HMGXB3Q12766 1538 aa23.08■■□□□ 1.28
CTDNEP1-212ENST00000576613 SMARCA4P51532 1647 aa23.07■■□□□ 1.28
CTDNEP1-212ENST00000576613 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP22.94■■□□□ 1.26
CTDNEP1-212ENST00000576613 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP22.92■■□□□ 1.26
CTDNEP1-212ENST00000576613 NESP48681 1621 aa22.9■■□□□ 1.26
CTDNEP1-212ENST00000576613 PEG3Q9GZU2 1588 aa22.86■■□□□ 1.25
CTDNEP1-212ENST00000576613 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.78■■□□□ 1.24
CTDNEP1-212ENST00000576613 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.76■■□□□ 1.23
CTDNEP1-212ENST00000576613 MROH2BQ7Z745 1585 aa22.7■■□□□ 1.22
CTDNEP1-212ENST00000576613 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.65■■□□□ 1.22
CTDNEP1-212ENST00000576613 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.64■■□□□ 1.21
CTDNEP1-212ENST00000576613 CADPSQ9ULU8 1353 aa22.5■■□□□ 1.19
CTDNEP1-212ENST00000576613 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.45■■□□□ 1.18
CTDNEP1-212ENST00000576613 WIZO95785 1651 aa22.43■■□□□ 1.18
CTDNEP1-212ENST00000576613 WDR62O43379 1518 aa22.41■■□□□ 1.18
CTDNEP1-212ENST00000576613 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.34■■□□□ 1.17
CTDNEP1-212ENST00000576613 FANCD2Q9BXW9 1451 aa22.27■■□□□ 1.16
CTDNEP1-212ENST00000576613 TRIM41Q8WV44 630 aa22.24■■□□□ 1.15
CTDNEP1-212ENST00000576613 CFTRP13569 1480 aa22.22■■□□□ 1.15
CTDNEP1-212ENST00000576613 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP22.16■■□□□ 1.14
CTDNEP1-212ENST00000576613 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP22.14■■□□□ 1.14
CTDNEP1-212ENST00000576613 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.07■■□□□ 1.12
CTDNEP1-212ENST00000576613 OSCARQ8IYS5 282 aa22.05■■□□□ 1.12
CTDNEP1-212ENST00000576613 PRDM2Q13029 1718 aa22.05■■□□□ 1.12
CTDNEP1-212ENST00000576613 IFT140Q96RY7 1462 aa21.88■■□□□ 1.09
CTDNEP1-212ENST00000576613 CCDC88BA6NC98 1476 aa21.87■■□□□ 1.09
CTDNEP1-212ENST00000576613 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.82■■□□□ 1.08
CTDNEP1-212ENST00000576613 TOPBP1Q92547 1522 aa21.81■■□□□ 1.08
CTDNEP1-212ENST00000576613 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.8■■□□□ 1.08
CTDNEP1-212ENST00000576613 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.8■■□□□ 1.08
CTDNEP1-212ENST00000576613 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.8■■□□□ 1.08
CTDNEP1-212ENST00000576613 ABCC8Q09428 1581 aa21.8■■□□□ 1.08
CTDNEP1-212ENST00000576613 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.75■■□□□ 1.07
CTDNEP1-212ENST00000576613 DNMBPQ6XZF7 1577 aa21.74■■□□□ 1.07
CTDNEP1-212ENST00000576613 ARHGEF11O15085 1522 aa21.72■■□□□ 1.07
CTDNEP1-212ENST00000576613 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.65■■□□□ 1.06
CTDNEP1-212ENST00000576613 CHD1O14646 1710 aa21.63■■□□□ 1.05
CTDNEP1-212ENST00000576613 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP21.59■■□□□ 1.052e-6■■■■■ 28.6
CTDNEP1-212ENST00000576613 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP21.58■■□□□ 1.04
CTDNEP1-212ENST00000576613 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.53■■□□□ 1.04
CTDNEP1-212ENST00000576613 FBLN2P98095 1184 aa21.51■■□□□ 1.03
CTDNEP1-212ENST00000576613 WDR97A6NE52 1622 aa21.47■■□□□ 1.03
CTDNEP1-212ENST00000576613 ARAP1Q96P48 1450 aa21.47■■□□□ 1.03
CTDNEP1-212ENST00000576613 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa21.47■■□□□ 1.03
CTDNEP1-212ENST00000576613 SOGA1O94964 1423 aa21.46■■□□□ 1.03
CTDNEP1-212ENST00000576613 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.43■■□□□ 1.02
CTDNEP1-212ENST00000576613 FGD5Q6ZNL6 1462 aa21.41■■□□□ 1.02
CTDNEP1-212ENST00000576613 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa21.4■■□□□ 1.02
CTDNEP1-212ENST00000576613 TRHP20396 242 aaPredicted RBP21.39■■□□□ 1.01
CTDNEP1-212ENST00000576613 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
CTDNEP1-212ENST00000576613 SYNJ1O43426 1573 aa21.36■■□□□ 1.01
CTDNEP1-212ENST00000576613 CUX1P39880 1505 aa21.35■■□□□ 1.01
CTDNEP1-212ENST00000576613 CLASP1Q7Z460 1538 aa21.35■■□□□ 1.01
CTDNEP1-212ENST00000576613 GRIN2BQ13224 1484 aa21.33■■□□□ 1.01
CTDNEP1-212ENST00000576613 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.33■■□□□ 1.01
CTDNEP1-212ENST00000576613 SYNJ2O15056 1496 aa21.29■■□□□ 1
CTDNEP1-212ENST00000576613 PBRM1Q86U86 1689 aa21.26■□□□□ 0.99
CTDNEP1-212ENST00000576613 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.22■□□□□ 0.99
CTDNEP1-212ENST00000576613 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa21.17■□□□□ 0.98
CTDNEP1-212ENST00000576613 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa21.16■□□□□ 0.98
CTDNEP1-212ENST00000576613 GRIN2AQ12879 1464 aa21.06■□□□□ 0.96
CTDNEP1-212ENST00000576613 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP21.05■□□□□ 0.96
CTDNEP1-212ENST00000576613 ADAMTS12P58397 1594 aa21.02■□□□□ 0.96
CTDNEP1-212ENST00000576613 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa21■□□□□ 0.95
CTDNEP1-212ENST00000576613 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP20.99■□□□□ 0.95
CTDNEP1-212ENST00000576613 TOP2BQ02880 1626 aa20.99■□□□□ 0.95
CTDNEP1-212ENST00000576613 CEP170Q5SW79 1584 aa20.97■□□□□ 0.95
CTDNEP1-212ENST00000576613 NUP160Q12769 1436 aa20.97■□□□□ 0.95
CTDNEP1-212ENST00000576613 ERCC6L2Q5T890 1561 aa20.97■□□□□ 0.95
CTDNEP1-212ENST00000576613 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP20.94■□□□□ 0.94
CTDNEP1-212ENST00000576613 FHAD1B1AJZ9 1412 aa20.94■□□□□ 0.94
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CTDNEP1-212ENST00000576613 KIF13AQ9H1H9 1805 aa20.76■□□□□ 0.91
CTDNEP1-212ENST00000576613 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa20.74■□□□□ 0.91
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