RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000532737.1

USP48-214, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, humanhuman

TSL 4

Gene USP48, Length 680 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP48-214ENST00000532737 NISCHQ9Y2I1 1504 aa59.66■■■■■ 7.14
USP48-214ENST00000532737 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa52.78■■■■■ 6.04
USP48-214ENST00000532737 ABCC9O60706 1549 aa52.19■■■■■ 5.94
USP48-214ENST00000532737 DCAF8L2P0C7V8 631 aa49.81■■■■■ 5.56
USP48-214ENST00000532737 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP49.76■■■■■ 5.56
USP48-214ENST00000532737 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa49.71■■■■■ 5.55
USP48-214ENST00000532737 NACADO15069 1562 aa49.6■■■■■ 5.53
USP48-214ENST00000532737 MYO15BQ96JP2 1530 aa49.41■■■■■ 5.5
USP48-214ENST00000532737 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa49.34■■■■■ 5.49
USP48-214ENST00000532737 DNAJC5BQ9UF47 199 aa48.99■■■■■ 5.43
USP48-214ENST00000532737 UNC13AQ9UPW8 1703 aa48.77■■■■■ 5.4
USP48-214ENST00000532737 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP48.51■■■■■ 5.36
USP48-214ENST00000532737 BICRAQ9NZM4 1560 aa48.34■■■■■ 5.33
USP48-214ENST00000532737 SCRIBQ14160 1630 aa48.27■■■■■ 5.32
USP48-214ENST00000532737 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa47.63■■■■■ 5.22
USP48-214ENST00000532737 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa47.22■■■■■ 5.15
USP48-214ENST00000532737 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP47.11■■■■■ 5.13
USP48-214ENST00000532737 CECR2Q9BXF3 1484 aa47.02■■■■■ 5.12
USP48-214ENST00000532737 SMARCA4P51532 1647 aa46.18■■■■■ 4.98
USP48-214ENST00000532737 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP46.18■■■■■ 4.98
USP48-214ENST00000532737 MROH2BQ7Z745 1585 aa46.02■■■■■ 4.96
USP48-214ENST00000532737 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa45.91■■■■■ 4.94
USP48-214ENST00000532737 NCAPD3P42695 1498 aa45.82■■■■■ 4.93
USP48-214ENST00000532737 SMARCA2P51531 1590 aa45.8■■■■■ 4.92
USP48-214ENST00000532737 PEG3Q9GZU2 1588 aa45.72■■■■■ 4.91
USP48-214ENST00000532737 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP45.63■■■■■ 4.9
USP48-214ENST00000532737 HMGXB3Q12766 1538 aa45.57■■■■■ 4.88
USP48-214ENST00000532737 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP45.52■■■■■ 4.88
USP48-214ENST00000532737 WIZO95785 1651 aa45.5■■■■■ 4.87
USP48-214ENST00000532737 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP45.02■■■■■ 4.8
USP48-214ENST00000532737 CUX2O14529 1486 aa45.02■■■■■ 4.8
USP48-214ENST00000532737 ERCC6Q03468 1493 aa45.02■■■■■ 4.8
USP48-214ENST00000532737 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa44.97■■■■■ 4.79
USP48-214ENST00000532737 NESP48681 1621 aa44.86■■■■■ 4.77
USP48-214ENST00000532737 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP44.79■■■■■ 4.76
USP48-214ENST00000532737 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa44.57■■■■■ 4.73
USP48-214ENST00000532737 CCDC88BA6NC98 1476 aa44.55■■■■■ 4.72
USP48-214ENST00000532737 CADPSQ9ULU8 1353 aa44.53■■■■■ 4.72
USP48-214ENST00000532737 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP44.49■■■■■ 4.71
USP48-214ENST00000532737 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa44.38■■■■■ 4.69
USP48-214ENST00000532737 CFTRP13569 1480 aa44.31■■■■■ 4.68
USP48-214ENST00000532737 PDS5BQ9NTI5 1447 aa44.23■■■■■ 4.67
USP48-214ENST00000532737 FANCD2Q9BXW9 1451 aa44■■■■■ 4.63
USP48-214ENST00000532737 MRC2Q9UBG0 1479 aa43.89■■■■■ 4.62
USP48-214ENST00000532737 CEP164Q9UPV0 1460 aa43.88■■■■■ 4.61
USP48-214ENST00000532737 WDR62O43379 1518 aa43.83■■■■■ 4.61
USP48-214ENST00000532737 PRDM2Q13029 1718 aa43.83■■■■■ 4.61
USP48-214ENST00000532737 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP43.55■■■■■ 4.56
USP48-214ENST00000532737 TOPBP1Q92547 1522 aa43.32■■■■■ 4.53
USP48-214ENST00000532737 ABCC8Q09428 1581 aa43.29■■■■■ 4.52
USP48-214ENST00000532737 DNMBPQ6XZF7 1577 aa43.27■■■■■ 4.52
USP48-214ENST00000532737 CUX1P39880 1505 aa43.14■■■■■ 4.5
USP48-214ENST00000532737 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP42.99■■■■■ 4.47
USP48-214ENST00000532737 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP42.98■■■■■ 4.47
USP48-214ENST00000532737 IFT140Q96RY7 1462 aa42.96■■■■■ 4.47
USP48-214ENST00000532737 FGD5Q6ZNL6 1462 aa42.94■■■■■ 4.46
USP48-214ENST00000532737 TRIM41Q8WV44 630 aa42.91■■■■■ 4.46
USP48-214ENST00000532737 OSCARQ8IYS5 282 aa42.85■■■■■ 4.45
USP48-214ENST00000532737 SYNJ1O43426 1573 aa42.84■■■■■ 4.45
USP48-214ENST00000532737 SOGA1O94964 1423 aa42.84■■■■■ 4.45
USP48-214ENST00000532737 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa42.84■■■■■ 4.45
USP48-214ENST00000532737 TOP2BQ02880 1626 aa42.8■■■■■ 4.44
USP48-214ENST00000532737 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP42.8■■■■■ 4.44
USP48-214ENST00000532737 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP42.79■■■■■ 4.44
USP48-214ENST00000532737 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa42.77■■■■■ 4.44
USP48-214ENST00000532737 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP42.6■■■■■ 4.41
USP48-214ENST00000532737 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP42.6■■■■■ 4.412e-10■■■□□ 14.6
USP48-214ENST00000532737 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP42.6■■■■■ 4.41
USP48-214ENST00000532737 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa42.51■■■■■ 4.4
USP48-214ENST00000532737 WDR97A6NE52 1622 aa42.47■■■■■ 4.39
USP48-214ENST00000532737 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa42.46■■■■■ 4.39
USP48-214ENST00000532737 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa42.46■■■■■ 4.39
USP48-214ENST00000532737 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa42.46■■■■■ 4.39
USP48-214ENST00000532737 CHD1O14646 1710 aa42.34■■■■■ 4.37
USP48-214ENST00000532737 GAPVD1Q14C86 1478 aa42.32■■■■■ 4.37
USP48-214ENST00000532737 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa42.28■■■■■ 4.36
USP48-214ENST00000532737 ARHGEF11O15085 1522 aa42.28■■■■■ 4.36
USP48-214ENST00000532737 GRIN2BQ13224 1484 aa42.27■■■■■ 4.36
USP48-214ENST00000532737 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa42.17■■■■■ 4.34
USP48-214ENST00000532737 PBRM1Q86U86 1689 aa42.11■■■■■ 4.33
USP48-214ENST00000532737 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP42.1■■■■■ 4.33
USP48-214ENST00000532737 KIF27Q86VH2 1401 aa42.05■■■■■ 4.32
USP48-214ENST00000532737 FBLN2P98095 1184 aa42.04■■■■■ 4.32
USP48-214ENST00000532737 CHIC1Q5VXU3 224 aa41.99■■■■■ 4.31
USP48-214ENST00000532737 ERICH3Q5RHP9 1530 aa41.99■■■■■ 4.31
USP48-214ENST00000532737 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP41.96■■■■■ 4.31
USP48-214ENST00000532737 SYNJ2O15056 1496 aa41.94■■■■■ 4.3
USP48-214ENST00000532737 IGF1RP08069 1367 aa41.9■■■■■ 4.3
USP48-214ENST00000532737 ARAP1Q96P48 1450 aa41.87■■■■■ 4.29
USP48-214ENST00000532737 ADAMTS12P58397 1594 aa41.86■■■■■ 4.29
USP48-214ENST00000532737 FHAD1B1AJZ9 1412 aa41.86■■■■■ 4.29
USP48-214ENST00000532737 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa41.85■■■■■ 4.29
USP48-214ENST00000532737 CYB5RLQ6IPT4 315 aa41.84■■■■■ 4.29
USP48-214ENST00000532737 CLASP1Q7Z460 1538 aa41.81■■■■■ 4.28
USP48-214ENST00000532737 GRIN2AQ12879 1464 aa41.72■■■■■ 4.27
USP48-214ENST00000532737 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa41.63■■■■■ 4.26
USP48-214ENST00000532737 CUL7Q14999 1698 aa41.62■■■■■ 4.25
USP48-214ENST00000532737 NUP160Q12769 1436 aa41.53■■■■■ 4.24
USP48-214ENST00000532737 CEP170Q5SW79 1584 aa41.5■■■■■ 4.23
USP48-214ENST00000532737 CSRNP3Q8WYN3 585 aa41.44■■■■■ 4.22
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.2 ms