RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472230.5

GCFC2-208, Transcript of GC-rich sequence DNA-binding factor 2, human

TSL 2

Gene GCFC2, Length 2,265 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GCFC2-208	ENST00000472230	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		40.76	■■■■■ 4.11
GCFC2-208	ENST00000472230	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		35.44	■■■■□ 3.26
GCFC2-208	ENST00000472230	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	34.28	■■■■□ 3.08
GCFC2-208	ENST00000472230	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		33.73	■■■□□ 2.99
GCFC2-208	ENST00000472230	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		33.66	■■■□□ 2.98
GCFC2-208	ENST00000472230	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		33.54	■■■□□ 2.96
GCFC2-208	ENST00000472230	ABCC9	O60706	1549 aa		33.33	■■■□□ 2.93
GCFC2-208	ENST00000472230	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		33.15	■■■□□ 2.9
GCFC2-208	ENST00000472230	NACAD	O15069	1562 aa		32.94	■■■□□ 2.86
GCFC2-208	ENST00000472230	SCRIB	Q14160	1630 aa		32.69	■■■□□ 2.82
GCFC2-208	ENST00000472230	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		32.63	■■■□□ 2.81
GCFC2-208	ENST00000472230	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	32.42	■■■□□ 2.78
GCFC2-208	ENST00000472230	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		31.99	■■■□□ 2.71
GCFC2-208	ENST00000472230	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	31.71	■■■□□ 2.67
GCFC2-208	ENST00000472230	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		31.65	■■■□□ 2.66
GCFC2-208	ENST00000472230	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		31.59	■■■□□ 2.65
GCFC2-208	ENST00000472230	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		31.51	■■■□□ 2.64
GCFC2-208	ENST00000472230	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	31.49	■■■□□ 2.63
GCFC2-208	ENST00000472230	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	31.48	■■■□□ 2.63
GCFC2-208	ENST00000472230	WIZ	O95785	1651 aa		31.31	■■■□□ 2.6
GCFC2-208	ENST00000472230	SMARCA4	P51532	1647 aa		31.3	■■■□□ 2.6
GCFC2-208	ENST00000472230	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31.09	■■■□□ 2.57
GCFC2-208	ENST00000472230	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	30.96	■■■□□ 2.55
GCFC2-208	ENST00000472230	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		30.85	■■■□□ 2.53
GCFC2-208	ENST00000472230	SMARCA2	P51531	1590 aa		30.72	■■■□□ 2.51
GCFC2-208	ENST00000472230	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		30.69	■■■□□ 2.5
GCFC2-208	ENST00000472230	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	30.65	■■■□□ 2.5
GCFC2-208	ENST00000472230	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		30.65	■■■□□ 2.5
GCFC2-208	ENST00000472230	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	30.59	■■■□□ 2.49
GCFC2-208	ENST00000472230	TRIM41	Q8WV44	630 aa		30.44	■■■□□ 2.46
GCFC2-208	ENST00000472230	HMGXB3	Q12766	1538 aa		30.37	■■■□□ 2.45
GCFC2-208	ENST00000472230	NCAPD3	P42695	1498 aa		30.37	■■■□□ 2.45
GCFC2-208	ENST00000472230	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		30.15	■■■□□ 2.42
GCFC2-208	ENST00000472230	ABCC8	Q09428	1581 aa		30.13	■■■□□ 2.41
GCFC2-208	ENST00000472230	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		29.94	■■■□□ 2.38
GCFC2-208	ENST00000472230	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	29.93	■■■□□ 2.38
GCFC2-208	ENST00000472230	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	29.88	■■■□□ 2.37
GCFC2-208	ENST00000472230	CFTR	P13569	1480 aa		29.78	■■■□□ 2.36
GCFC2-208	ENST00000472230	SYNJ1	O43426	1573 aa		29.74	■■■□□ 2.35
GCFC2-208	ENST00000472230	PRDM2	Q13029	1718 aa		29.72	■■■□□ 2.35
GCFC2-208	ENST00000472230	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		29.64	■■■□□ 2.34
GCFC2-208	ENST00000472230	TOP2B	Q02880	1626 aa		29.6	■■■□□ 2.33
GCFC2-208	ENST00000472230	EEA1	Q15075	1411 aa		29.6	■■■□□ 2.33
GCFC2-208	ENST00000472230	SOGA1	O94964	1423 aa		29.59	■■■□□ 2.33
GCFC2-208	ENST00000472230	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		29.57	■■■□□ 2.32
GCFC2-208	ENST00000472230	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		29.54	■■■□□ 2.32
GCFC2-208	ENST00000472230	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		29.45	■■■□□ 2.31
GCFC2-208	ENST00000472230	CUX1	P39880	1505 aa		29.45	■■■□□ 2.3
GCFC2-208	ENST00000472230	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		29.42	■■■□□ 2.3
GCFC2-208	ENST00000472230	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		29.34	■■■□□ 2.29
GCFC2-208	ENST00000472230	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		29.34	■■■□□ 2.29
GCFC2-208	ENST00000472230	NES	P48681	1621 aa		29.32	■■■□□ 2.28
GCFC2-208	ENST00000472230	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		29.24	■■■□□ 2.27
GCFC2-208	ENST00000472230	GOLGA3	Q08378	1498 aa		29.22	■■■□□ 2.27
GCFC2-208	ENST00000472230	KIF21B	O75037	1637 aa		29.2	■■■□□ 2.26
GCFC2-208	ENST00000472230	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		29.19	■■■□□ 2.26
GCFC2-208	ENST00000472230	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		29.15	■■■□□ 2.26
GCFC2-208	ENST00000472230	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	29.14	■■■□□ 2.25
GCFC2-208	ENST00000472230	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		29.13	■■■□□ 2.25
GCFC2-208	ENST00000472230	KIF27	Q86VH2	1401 aa		29.12	■■■□□ 2.25
GCFC2-208	ENST00000472230	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		29.12	■■■□□ 2.25
GCFC2-208	ENST00000472230	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		29.11	■■■□□ 2.25
GCFC2-208	ENST00000472230	TOPBP1	Q92547	1522 aa		29.04	■■■□□ 2.24
GCFC2-208	ENST00000472230	CEP162	Q5TB80	1403 aa		29.03	■■■□□ 2.24
GCFC2-208	ENST00000472230	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		29	■■■□□ 2.23
GCFC2-208	ENST00000472230	CUX2	O14529	1486 aa		28.99	■■■□□ 2.23
GCFC2-208	ENST00000472230	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		28.97	■■■□□ 2.23
GCFC2-208	ENST00000472230	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		28.94	■■■□□ 2.22
GCFC2-208	ENST00000472230	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
GCFC2-208	ENST00000472230	PRX	Q9BXM0	1461 aa		28.93	■■■□□ 2.22
GCFC2-208	ENST00000472230	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
GCFC2-208	ENST00000472230	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		28.89	■■■□□ 2.21
GCFC2-208	ENST00000472230	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		28.84	■■■□□ 2.21
GCFC2-208	ENST00000472230	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		28.83	■■■□□ 2.21
GCFC2-208	ENST00000472230	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
GCFC2-208	ENST00000472230	IGF1R	P08069	1367 aa		28.78	■■■□□ 2.2
GCFC2-208	ENST00000472230	CLIP1	P30622	1438 aa		28.76	■■■□□ 2.19
GCFC2-208	ENST00000472230	WDR97	A6NE52	1622 aa		28.73	■■■□□ 2.19
GCFC2-208	ENST00000472230	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		28.72	■■■□□ 2.19
GCFC2-208	ENST00000472230	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		28.69	■■■□□ 2.18
GCFC2-208	ENST00000472230	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	28.63	■■■□□ 2.17
GCFC2-208	ENST00000472230	CUL7	Q14999	1698 aa		28.6	■■■□□ 2.17
GCFC2-208	ENST00000472230	ERCC6	Q03468	1493 aa		28.59	■■■□□ 2.17
GCFC2-208	ENST00000472230	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		28.59	■■■□□ 2.17
GCFC2-208	ENST00000472230	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	28.58	■■■□□ 2.17
GCFC2-208	ENST00000472230	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	28.57	■■■□□ 2.16
GCFC2-208	ENST00000472230	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	28.54	■■■□□ 2.16
GCFC2-208	ENST00000472230	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		28.54	■■■□□ 2.16
GCFC2-208	ENST00000472230	WDR62	O43379	1518 aa		28.54	■■■□□ 2.16
GCFC2-208	ENST00000472230	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		28.53	■■■□□ 2.16
GCFC2-208	ENST00000472230	ARAP1	Q96P48	1450 aa		28.41	■■■□□ 2.14
GCFC2-208	ENST00000472230	IFT140	Q96RY7	1462 aa		28.41	■■■□□ 2.14
GCFC2-208	ENST00000472230	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	28.4	■■■□□ 2.14
GCFC2-208	ENST00000472230	PBRM1	Q86U86	1689 aa		28.39	■■■□□ 2.14
GCFC2-208	ENST00000472230	APLP2	Q06481	763 aa		28.37	■■■□□ 2.13
GCFC2-208	ENST00000472230	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		28.36	■■■□□ 2.13
GCFC2-208	ENST00000472230	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		28.35	■■■□□ 2.13
GCFC2-208	ENST00000472230	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	28.34	■■■□□ 2.13
GCFC2-208	ENST00000472230	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	28.31	■■■□□ 2.12	9e-6	■□□□□ 10.2
GCFC2-208	ENST00000472230	GRIN2B	Q13224	1484 aa		28.27	■■■□□ 2.12

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 172.4 ms