RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000462363.6

PTPRC-210, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type C, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PTPRC, Length 926 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRC-210ENST00000462363 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP15.47■□□□□ 0.07
PTPRC-210ENST00000462363 CHIC1Q5VXU3 224 aa14.45□□□□□ -0.1
PTPRC-210ENST00000462363 POTEDQ86YR6 584 aa14.34□□□□□ -0.11
PTPRC-210ENST00000462363 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP13.15□□□□□ -0.3
PTPRC-210ENST00000462363 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP12.98□□□□□ -0.33
PTPRC-210ENST00000462363 NISCHQ9Y2I1 1504 aa12.8□□□□□ -0.36
PTPRC-210ENST00000462363 FOXD1Q16676 465 aa12.33□□□□□ -0.44
PTPRC-210ENST00000462363 MSH5O43196 834 aa11.97□□□□□ -0.49
PTPRC-210ENST00000462363 PIAS4Q8N2W9 510 aaPredicted RBP11.45□□□□□ -0.58
PTPRC-210ENST00000462363 PLPPR3Q6T4P5 718 aa11.42□□□□□ -0.58
PTPRC-210ENST00000462363 PPP6R1Q9UPN7 881 aa11.4□□□□□ -0.58
PTPRC-210ENST00000462363 ADRA2BP18089 450 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRC-210ENST00000462363 CACNB1Q02641 598 aaPredicted RBP11.21□□□□□ -0.61
PTPRC-210ENST00000462363 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa11.17□□□□□ -0.62
PTPRC-210ENST00000462363 POTEHQ6S545 545 aa10.93□□□□□ -0.66
PTPRC-210ENST00000462363 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP10.82□□□□□ -0.68
PTPRC-210ENST00000462363 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa10.66□□□□□ -0.7
PTPRC-210ENST00000462363 MAPK8IP2Q13387 824 aaPredicted RBP10.49□□□□□ -0.73
PTPRC-210ENST00000462363 MYO15BQ96JP2 1530 aa10.48□□□□□ -0.73
PTPRC-210ENST00000462363 DMRT2Q9Y5R5 561 aa10.42□□□□□ -0.74
PTPRC-210ENST00000462363 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa10.35□□□□□ -0.75
PTPRC-210ENST00000462363 NACADO15069 1562 aa10.29□□□□□ -0.76
PTPRC-210ENST00000462363 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP10.29□□□□□ -0.76
PTPRC-210ENST00000462363 ABCC9O60706 1549 aa10.25□□□□□ -0.77
PTPRC-210ENST00000462363 DCAF8L2P0C7V8 631 aa10.19□□□□□ -0.78
PTPRC-210ENST00000462363 SCRIBQ14160 1630 aa10.17□□□□□ -0.78
PTPRC-210ENST00000462363 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa10.14□□□□□ -0.79
PTPRC-210ENST00000462363 UNC13AQ9UPW8 1703 aa10.06□□□□□ -0.8
PTPRC-210ENST00000462363 RNF39Q9H2S5 420 aa10.05□□□□□ -0.8
PTPRC-210ENST00000462363 PPP4R3CPQ6ZMV5 832 aa10.02□□□□□ -0.81
PTPRC-210ENST00000462363 DCAF8L1A6NGE4 600 aa10□□□□□ -0.81
PTPRC-210ENST00000462363 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP9.98□□□□□ -0.81
PTPRC-210ENST00000462363 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP9.97□□□□□ -0.81
PTPRC-210ENST00000462363 HOXD11P31277 338 aaPredicted RBP9.96□□□□□ -0.82
PTPRC-210ENST00000462363 BICRAQ9NZM4 1560 aa9.94□□□□□ -0.82
PTPRC-210ENST00000462363 CECR2Q9BXF3 1484 aa9.91□□□□□ -0.82
PTPRC-210ENST00000462363 MROH2BQ7Z745 1585 aa9.89□□□□□ -0.83
PTPRC-210ENST00000462363 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP9.85□□□□□ -0.83
PTPRC-210ENST00000462363 C1QBPQ07021 282 aaKnown RBP9.84□□□□□ -0.83
PTPRC-210ENST00000462363 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa9.84□□□□□ -0.83
PTPRC-210ENST00000462363 SMARCA4P51532 1647 aa9.82□□□□□ -0.84
PTPRC-210ENST00000462363 WIZO95785 1651 aa9.81□□□□□ -0.84
PTPRC-210ENST00000462363 RNF216Q9NWF9 866 aaPredicted RBP9.81□□□□□ -0.84
PTPRC-210ENST00000462363 PEG3Q9GZU2 1588 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRC-210ENST00000462363 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP9.75□□□□□ -0.85
PTPRC-210ENST00000462363 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP9.73□□□□□ -0.85
PTPRC-210ENST00000462363 SMARCA2P51531 1590 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRC-210ENST00000462363 PLSCR2Q9NRY7 297 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRC-210ENST00000462363 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP9.62□□□□□ -0.87
PTPRC-210ENST00000462363 DNAJC5BQ9UF47 199 aa9.6□□□□□ -0.87
PTPRC-210ENST00000462363 CCDC88BA6NC98 1476 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRC-210ENST00000462363 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa9.59□□□□□ -0.87
PTPRC-210ENST00000462363 HMGXB3Q12766 1538 aa9.53□□□□□ -0.88
PTPRC-210ENST00000462363 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP9.51□□□□□ -0.89
PTPRC-210ENST00000462363 SP7Q8TDD2 431 aaPredicted RBP9.51□□□□□ -0.89
PTPRC-210ENST00000462363 NCAPD3P42695 1498 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRC-210ENST00000462363 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRC-210ENST00000462363 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP9.47□□□□□ -0.89
PTPRC-210ENST00000462363 NPM3O75607 178 aaKnown RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRC-210ENST00000462363 ABCC8Q09428 1581 aa9.43□□□□□ -0.9
PTPRC-210ENST00000462363 TRIM41Q8WV44 630 aa9.39□□□□□ -0.91
PTPRC-210ENST00000462363 PRDM2Q13029 1718 aa9.37□□□□□ -0.91
PTPRC-210ENST00000462363 SYNJ1O43426 1573 aa9.37□□□□□ -0.91
PTPRC-210ENST00000462363 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa9.35□□□□□ -0.91
PTPRC-210ENST00000462363 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa9.34□□□□□ -0.91
PTPRC-210ENST00000462363 CFTRP13569 1480 aa9.33□□□□□ -0.92
PTPRC-210ENST00000462363 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP9.32□□□□□ -0.92
PTPRC-210ENST00000462363 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa9.32□□□□□ -0.92
PTPRC-210ENST00000462363 TOP2BQ02880 1626 aa9.31□□□□□ -0.92
PTPRC-210ENST00000462363 U3KPZ7 1027 aaPredicted RBP9.29□□□□□ -0.92
PTPRC-210ENST00000462363 EEA1Q15075 1411 aa9.29□□□□□ -0.92
PTPRC-210ENST00000462363 SOGA1O94964 1423 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRC-210ENST00000462363 CUX1P39880 1505 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRC-210ENST00000462363 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRC-210ENST00000462363 SPINK5Q9NQ38 1064 aaPredicted RBP9.23□□□□□ -0.93
PTPRC-210ENST00000462363 KIF21BO75037 1637 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRC-210ENST00000462363 CADPSQ9ULU8 1353 aa9.21□□□□□ -0.94
PTPRC-210ENST00000462363 DSG3P32926 999 aa9.19□□□□□ -0.94
PTPRC-210ENST00000462363 CAPN15O75808 1086 aa9.18□□□□□ -0.94
PTPRC-210ENST00000462363 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP9.18□□□□□ -0.94
PTPRC-210ENST00000462363 TNIKQ9UKE5 1360 aa9.15□□□□□ -0.94
PTPRC-210ENST00000462363 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa9.15□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 GOLGA3Q08378 1498 aa9.15□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 CSRNP3Q8WYN3 585 aa9.14□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 CEP164Q9UPV0 1460 aa9.14□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 ERICH3Q5RHP9 1530 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 PRXQ9BXM0 1461 aa9.13□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 FANCD2Q9BXW9 1451 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 DNMBPQ6XZF7 1577 aa9.11□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 NESP48681 1621 aa9.1□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 KCNA4P22459 653 aa9.1□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 CEP162Q5TB80 1403 aa9.1□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 SLC4A2P04920 1241 aa9.09□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 WDR97A6NE52 1622 aa9.09□□□□□ -0.95
PTPRC-210ENST00000462363 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa9.08□□□□□ -0.96
PTPRC-210ENST00000462363 FGD5Q6ZNL6 1462 aa9.08□□□□□ -0.96
PTPRC-210ENST00000462363 TOPBP1Q92547 1522 aa9.06□□□□□ -0.96
PTPRC-210ENST00000462363 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP9.05□□□□□ -0.96
PTPRC-210ENST00000462363 KIF27Q86VH2 1401 aa9.05□□□□□ -0.96
PTPRC-210ENST00000462363 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa9.04□□□□□ -0.96
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 148.7 ms