RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000442708.5

USP39-205, Transcript of ubiquitin specific peptidase 39, humanhuman

TSL 4

Gene USP39, Length 561 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39-205ENST00000442708 NISCHQ9Y2I1 1504 aa38.68■■■■□ 3.78
USP39-205ENST00000442708 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa34.27■■■■□ 3.08
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USP39-205ENST00000442708 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP32.28■■■□□ 2.76
USP39-205ENST00000442708 DCAF8L2P0C7V8 631 aa32.18■■■□□ 2.74
USP39-205ENST00000442708 NACADO15069 1562 aa32.14■■■□□ 2.74
USP39-205ENST00000442708 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa32.12■■■□□ 2.73
USP39-205ENST00000442708 MYO15BQ96JP2 1530 aa32■■■□□ 2.71
USP39-205ENST00000442708 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa31.98■■■□□ 2.71
USP39-205ENST00000442708 UNC13AQ9UPW8 1703 aa31.54■■■□□ 2.64
USP39-205ENST00000442708 SCRIBQ14160 1630 aa31.35■■■□□ 2.61
USP39-205ENST00000442708 BICRAQ9NZM4 1560 aa31.24■■■□□ 2.59
USP39-205ENST00000442708 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP31.19■■■□□ 2.58
USP39-205ENST00000442708 DNAJC5BQ9UF47 199 aa31.07■■■□□ 2.56
USP39-205ENST00000442708 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa30.77■■■□□ 2.52
USP39-205ENST00000442708 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP30.33■■■□□ 2.45
USP39-205ENST00000442708 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa30.17■■■□□ 2.42
USP39-205ENST00000442708 CECR2Q9BXF3 1484 aa30.16■■■□□ 2.42
USP39-205ENST00000442708 SMARCA4P51532 1647 aa29.98■■■□□ 2.39
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USP39-205ENST00000442708 MROH2BQ7Z745 1585 aa29.86■■■□□ 2.37
USP39-205ENST00000442708 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa29.74■■■□□ 2.35
USP39-205ENST00000442708 SMARCA2P51531 1590 aa29.67■■■□□ 2.34
USP39-205ENST00000442708 PEG3Q9GZU2 1588 aa29.66■■■□□ 2.34
USP39-205ENST00000442708 NCAPD3P42695 1498 aa29.66■■■□□ 2.34
USP39-205ENST00000442708 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP29.58■■■□□ 2.33
USP39-205ENST00000442708 WIZO95785 1651 aa29.57■■■□□ 2.32
USP39-205ENST00000442708 HMGXB3Q12766 1538 aa29.54■■■□□ 2.32
USP39-205ENST00000442708 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
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USP39-205ENST00000442708 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP28.99■■■□□ 2.23
USP39-205ENST00000442708 NESP48681 1621 aa28.96■■■□□ 2.23
USP39-205ENST00000442708 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa28.9■■■□□ 2.22
USP39-205ENST00000442708 CCDC88BA6NC98 1476 aa28.89■■■□□ 2.22
USP39-205ENST00000442708 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa28.84■■■□□ 2.21
USP39-205ENST00000442708 CADPSQ9ULU8 1353 aa28.8■■■□□ 2.2
USP39-205ENST00000442708 CFTRP13569 1480 aa28.7■■■□□ 2.18
USP39-205ENST00000442708 ERCC6Q03468 1493 aa28.64■■■□□ 2.17
USP39-205ENST00000442708 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa28.63■■■□□ 2.17
USP39-205ENST00000442708 PDS5BQ9NTI5 1447 aa28.6■■■□□ 2.17
USP39-205ENST00000442708 PRDM2Q13029 1718 aa28.55■■■□□ 2.16
USP39-205ENST00000442708 FANCD2Q9BXW9 1451 aa28.49■■■□□ 2.15
USP39-205ENST00000442708 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP28.45■■■□□ 2.14
USP39-205ENST00000442708 CEP164Q9UPV0 1460 aa28.41■■■□□ 2.14
USP39-205ENST00000442708 MRC2Q9UBG0 1479 aa28.33■■■□□ 2.13
USP39-205ENST00000442708 CUX2O14529 1486 aa28.25■■■□□ 2.11
USP39-205ENST00000442708 WDR62O43379 1518 aa28.24■■■□□ 2.11
USP39-205ENST00000442708 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP28.24■■■□□ 2.11
USP39-205ENST00000442708 TOPBP1Q92547 1522 aa28.08■■■□□ 2.09
USP39-205ENST00000442708 DNMBPQ6XZF7 1577 aa28.06■■■□□ 2.08
USP39-205ENST00000442708 ABCC8Q09428 1581 aa28■■■□□ 2.07
USP39-205ENST00000442708 CUX1P39880 1505 aa28■■■□□ 2.07
USP39-205ENST00000442708 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP27.85■■■□□ 2.05
USP39-205ENST00000442708 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP27.84■■■□□ 2.05
USP39-205ENST00000442708 SYNJ1O43426 1573 aa27.84■■■□□ 2.05
USP39-205ENST00000442708 FGD5Q6ZNL6 1462 aa27.83■■■□□ 2.04
USP39-205ENST00000442708 IFT140Q96RY7 1462 aa27.8■■■□□ 2.04
USP39-205ENST00000442708 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa27.8■■■□□ 2.04
USP39-205ENST00000442708 TOP2BQ02880 1626 aa27.79■■■□□ 2.04
USP39-205ENST00000442708 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP27.79■■■□□ 2.04
USP39-205ENST00000442708 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa27.76■■■□□ 2.04
USP39-205ENST00000442708 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP27.74■■■□□ 2.03
USP39-205ENST00000442708 SOGA1O94964 1423 aa27.72■■■□□ 2.03
USP39-205ENST00000442708 WDR97A6NE52 1622 aa27.63■■■□□ 2.01
USP39-205ENST00000442708 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP27.62■■■□□ 2.01
USP39-205ENST00000442708 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP27.58■■■□□ 2.012e-6■■■■□ 22.7
USP39-205ENST00000442708 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP27.57■■■□□ 2
USP39-205ENST00000442708 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa27.56■■■□□ 2
USP39-205ENST00000442708 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa27.46■■□□□ 1.99
USP39-205ENST00000442708 GAPVD1Q14C86 1478 aa27.41■■□□□ 1.98
USP39-205ENST00000442708 PBRM1Q86U86 1689 aa27.4■■□□□ 1.98
USP39-205ENST00000442708 GRIN2BQ13224 1484 aa27.36■■□□□ 1.97
USP39-205ENST00000442708 TRIM41Q8WV44 630 aa27.33■■□□□ 1.97
USP39-205ENST00000442708 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa27.32■■□□□ 1.96
USP39-205ENST00000442708 CHD1O14646 1710 aa27.26■■□□□ 1.95
USP39-205ENST00000442708 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP27.25■■□□□ 1.95
USP39-205ENST00000442708 CHIC1Q5VXU3 224 aa27.22■■□□□ 1.95
USP39-205ENST00000442708 ERICH3Q5RHP9 1530 aa27.21■■□□□ 1.95
USP39-205ENST00000442708 KIF27Q86VH2 1401 aa27.21■■□□□ 1.95
USP39-205ENST00000442708 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa27.17■■□□□ 1.94
USP39-205ENST00000442708 ADAMTS12P58397 1594 aa27.17■■□□□ 1.94
USP39-205ENST00000442708 SYNJ2O15056 1496 aa27.15■■□□□ 1.94
USP39-205ENST00000442708 FBLN2P98095 1184 aa27.15■■□□□ 1.94
USP39-205ENST00000442708 IGF1RP08069 1367 aa27.12■■□□□ 1.93
USP39-205ENST00000442708 OSCARQ8IYS5 282 aa27.12■■□□□ 1.93
USP39-205ENST00000442708 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP27.09■■□□□ 1.93
USP39-205ENST00000442708 FHAD1B1AJZ9 1412 aa27.08■■□□□ 1.93
USP39-205ENST00000442708 CUL7Q14999 1698 aa27.02■■□□□ 1.92
USP39-205ENST00000442708 GRIN2AQ12879 1464 aa27.02■■□□□ 1.92
USP39-205ENST00000442708 CLASP1Q7Z460 1538 aa26.94■■□□□ 1.9
USP39-205ENST00000442708 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa26.94■■□□□ 1.9
USP39-205ENST00000442708 CEP170Q5SW79 1584 aa26.93■■□□□ 1.9
USP39-205ENST00000442708 NUP160Q12769 1436 aa26.9■■□□□ 1.9
USP39-205ENST00000442708 EEA1Q15075 1411 aa26.82■■□□□ 1.88
USP39-205ENST00000442708 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP26.81■■□□□ 1.88
USP39-205ENST00000442708 PRXQ9BXM0 1461 aa26.81■■□□□ 1.88
USP39-205ENST00000442708 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa26.81■■□□□ 1.88
USP39-205ENST00000442708 CSRNP3Q8WYN3 585 aa26.8■■□□□ 1.88
USP39-205ENST00000442708 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa26.75■■□□□ 1.87
USP39-205ENST00000442708 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa26.75■■□□□ 1.87
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