RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000394106.6

CMTM4-202, Transcript of CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CMTM4, Length 1,187 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CMTM4-202ENST00000394106 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa49.07■■■■■ 5.45
CMTM4-202ENST00000394106 PREX2Q70Z35 1606 aa49.05■■■■■ 5.44
CMTM4-202ENST00000394106 MTUS2Q5JR59 1369 aa49.02■■■■■ 5.44
CMTM4-202ENST00000394106 POGZQ7Z3K3 1410 aa49.01■■■■■ 5.44
CMTM4-202ENST00000394106 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa48.99■■■■■ 5.43
CMTM4-202ENST00000394106 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa48.99■■■■■ 5.43
CMTM4-202ENST00000394106 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa48.97■■■■■ 5.43
CMTM4-202ENST00000394106 VPS8Q8N3P4 1428 aa48.93■■■■■ 5.42
CMTM4-202ENST00000394106 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa48.9■■■■■ 5.42
CMTM4-202ENST00000394106 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa48.88■■■■■ 5.41
CMTM4-202ENST00000394106 MAGI2Q86UL8 1455 aa48.86■■■■■ 5.41
CMTM4-202ENST00000394106 YEATS2Q9ULM3 1422 aa48.85■■■■■ 5.41
CMTM4-202ENST00000394106 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP48.84■■■■■ 5.41
CMTM4-202ENST00000394106 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP48.83■■■■■ 5.41
CMTM4-202ENST00000394106 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa48.83■■■■■ 5.41
CMTM4-202ENST00000394106 CCNB3Q8WWL7 1395 aa48.81■■■■■ 5.4
CMTM4-202ENST00000394106 ABCC1P33527 1531 aa48.81■■■■■ 5.4
CMTM4-202ENST00000394106 AFAP1Q8N556 730 aa48.79■■■■■ 5.4
CMTM4-202ENST00000394106 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP48.79■■■■■ 5.4
CMTM4-202ENST00000394106 TIAM1Q13009 1591 aa48.77■■■■■ 5.4
CMTM4-202ENST00000394106 ITSN2Q9NZM3 1697 aa48.75■■■■■ 5.4
CMTM4-202ENST00000394106 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa48.75■■■■■ 5.39
CMTM4-202ENST00000394106 KDM5CP41229 1560 aa48.73■■■■■ 5.39
CMTM4-202ENST00000394106 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa48.72■■■■■ 5.39
CMTM4-202ENST00000394106 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP48.71■■■■■ 5.39
CMTM4-202ENST00000394106 BCORL1Q5H9F3 1711 aa48.69■■■■■ 5.39
CMTM4-202ENST00000394106 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa48.69■■■■■ 5.39
CMTM4-202ENST00000394106 MYT1LQ9UL68 1186 aa48.69■■■■■ 5.38
CMTM4-202ENST00000394106 ADAMTSL3P82987 1691 aa48.67■■■■■ 5.38
CMTM4-202ENST00000394106 HECW2Q9P2P5 1572 aa48.65■■■■■ 5.38
CMTM4-202ENST00000394106 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP48.64■■■■■ 5.38
CMTM4-202ENST00000394106 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa48.64■■■■■ 5.38
CMTM4-202ENST00000394106 ATP10AO60312 1499 aa48.62■■■■■ 5.37
CMTM4-202ENST00000394106 SYCP2Q9BX26 1530 aa48.62■■■■■ 5.37
CMTM4-202ENST00000394106 NCOA2Q15596 1464 aa48.59■■■■■ 5.37
CMTM4-202ENST00000394106 C9orf84Q5VXU9 1444 aa48.58■■■■■ 5.37
CMTM4-202ENST00000394106 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP48.56■■■■■ 5.36
CMTM4-202ENST00000394106 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa48.55■■■■■ 5.36
CMTM4-202ENST00000394106 MLH3Q9UHC1 1453 aa48.55■■■■■ 5.36
CMTM4-202ENST00000394106 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa48.55■■■■■ 5.36
CMTM4-202ENST00000394106 MADDQ8WXG6 1647 aa48.54■■■■■ 5.36
CMTM4-202ENST00000394106 MAP3K1Q13233 1512 aa48.52■■■■■ 5.36
CMTM4-202ENST00000394106 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa48.51■■■■■ 5.36
CMTM4-202ENST00000394106 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa48.49■■■■■ 5.35
CMTM4-202ENST00000394106 ABCA6Q8N139 1617 aa48.49■■■■■ 5.35
CMTM4-202ENST00000394106 MLECQ14165 292 aa48.47■■■■■ 5.35
CMTM4-202ENST00000394106 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP48.46■■■■■ 5.35
CMTM4-202ENST00000394106 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP48.46■■■■■ 5.35
CMTM4-202ENST00000394106 PTPRMP28827 1452 aa48.46■■■■■ 5.35
CMTM4-202ENST00000394106 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa48.44■■■■■ 5.35
CMTM4-202ENST00000394106 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP48.41■■■■■ 5.34
CMTM4-202ENST00000394106 APLP2Q06481 763 aa48.4■■■■■ 5.34
CMTM4-202ENST00000394106 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP48.39■■■■■ 5.34
CMTM4-202ENST00000394106 REREQ9P2R6 1566 aa48.35■■■■■ 5.33
CMTM4-202ENST00000394106 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa48.31■■■■■ 5.32
CMTM4-202ENST00000394106 ATP7AQ04656 1500 aa48.3■■■■■ 5.32
CMTM4-202ENST00000394106 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa48.29■■■■■ 5.32
CMTM4-202ENST00000394106 MBD5Q9P267 1494 aa48.28■■■■■ 5.32
CMTM4-202ENST00000394106 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP48.27■■■■■ 5.32
CMTM4-202ENST00000394106 PLPPR3Q6T4P5 718 aa48.22■■■■■ 5.31
CMTM4-202ENST00000394106 AGLP35573 1532 aa48.2■■■■■ 5.31
CMTM4-202ENST00000394106 CCDC141Q6ZP82 1450 aa48.14■■■■■ 5.3
CMTM4-202ENST00000394106 MYOM3Q5VTT5 1437 aa48.14■■■■■ 5.3
CMTM4-202ENST00000394106 A2MP01023 1474 aa48.08■■■■■ 5.29
CMTM4-202ENST00000394106 RSPH4AQ5TD94 716 aa48.06■■■■■ 5.28
CMTM4-202ENST00000394106 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa48.06■■■■■ 5.28
CMTM4-202ENST00000394106 MIA2Q96PC5 1412 aa48.05■■■■■ 5.28
CMTM4-202ENST00000394106 ADGBQ8N7X0 1667 aa48.05■■■■■ 5.28
CMTM4-202ENST00000394106 ARHGEF5Q12774 1597 aa48.05■■■■■ 5.28
CMTM4-202ENST00000394106 PLXNC1O60486 1568 aa48.02■■■■■ 5.28
CMTM4-202ENST00000394106 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP47.98■■■■■ 5.27
CMTM4-202ENST00000394106 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP47.95■■■■■ 5.27
CMTM4-202ENST00000394106 TSPY4P0CV99 314 aa47.94■■■■■ 5.26
CMTM4-202ENST00000394106 TSPY10P0CW01 314 aa47.94■■■■■ 5.26
CMTM4-202ENST00000394106 LMTK3Q96Q04 1460 aa47.87■■■■■ 5.25
CMTM4-202ENST00000394106 PTPN23Q9H3S7 1636 aa47.87■■■■■ 5.25
CMTM4-202ENST00000394106 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP47.85■■■■■ 5.25
CMTM4-202ENST00000394106 C3P01024 1663 aa47.83■■■■■ 5.25
CMTM4-202ENST00000394106 CNTLNQ9NXG0 1405 aa47.82■■■■■ 5.25
CMTM4-202ENST00000394106 GGT6Q6P531 493 aa47.82■■■■■ 5.25
CMTM4-202ENST00000394106 FGD6Q6ZV73 1430 aa47.81■■■■■ 5.24
CMTM4-202ENST00000394106 MAST1Q9Y2H9 1570 aa47.79■■■■■ 5.24
CMTM4-202ENST00000394106 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP47.73■■■■■ 5.23
CMTM4-202ENST00000394106 MROH2AA6NES4 1674 aa47.72■■■■■ 5.23
CMTM4-202ENST00000394106 PREX1Q8TCU6 1659 aa47.71■■■■■ 5.23
CMTM4-202ENST00000394106 KIF3BO15066 747 aa47.71■■■■■ 5.23
CMTM4-202ENST00000394106 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP47.71■■■■■ 5.23
CMTM4-202ENST00000394106 HSPA2P54652 639 aa47.68■■■■■ 5.22
CMTM4-202ENST00000394106 CROCC2H7BZ55 1655 aa47.67■■■■■ 5.22
CMTM4-202ENST00000394106 ABCC5O15440 1437 aa47.65■■■■■ 5.22
CMTM4-202ENST00000394106 ZMYM3Q14202 1370 aa47.64■■■■■ 5.22
CMTM4-202ENST00000394106 PPP6R1Q9UPN7 881 aa47.62■■■■■ 5.21
CMTM4-202ENST00000394106 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP47.62■■■■■ 5.21
CMTM4-202ENST00000394106 DAPK1P53355 1430 aa47.61■■■■■ 5.21
CMTM4-202ENST00000394106 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP47.6■■■■■ 5.21
CMTM4-202ENST00000394106 SHANK2Q9UPX8 1470 aa47.6■■■■■ 5.21
CMTM4-202ENST00000394106 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa47.58■■■■■ 5.21
CMTM4-202ENST00000394106 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP47.53■■■■■ 5.2
CMTM4-202ENST00000394106 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP47.53■■■■■ 5.2
CMTM4-202ENST00000394106 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP47.53■■■■■ 5.2
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.6 ms