RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000246533.7

CAPNS1-201, Transcript of calpain small subunit 1, humanhuman

APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC

Gene CAPNS1, Length 1,918 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CAPNS1-201ENST00000246533 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP27.39■■□□□ 1.971e-21■■■■■ 79.2
CAPNS1-201ENST00000246533 SERBP1Q8NC51 408 aaKnown RBP eCLIP26.28■■□□□ 1.86e-6■■■■■ 47.7
CAPNS1-201ENST00000246533 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP27.94■■■□□ 2.067e-11■■■■■ 42.7
CAPNS1-201ENST00000246533 EFTUD2Q15029 972 aaKnown RBP eCLIP26.88■■□□□ 1.894e-8■■■■■ 41.9
CAPNS1-201ENST00000246533 SF3B4Q15427 424 aaKnown RBP eCLIP24.75■■□□□ 1.552e-10■■■■■ 40.3
CAPNS1-201ENST00000246533 SF3A3Q12874 501 aaKnown RBP eCLIP27.31■■□□□ 1.969e-8■■■■■ 39.8
CAPNS1-201ENST00000246533 SF3B1O75533 1304 aaKnown RBP eCLIP27.46■■□□□ 1.999e-10■■■■□ 24.3
CAPNS1-201ENST00000246533 G3BP1Q13283 466 aaKnown RBP eCLIP31.51■■■□□ 2.638e-8■■■■□ 23.7
CAPNS1-201ENST00000246533 RPS3P23396 243 aaKnown RBP eCLIP25.19■■□□□ 1.628e-7■■■■□ 23
CAPNS1-201ENST00000246533 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP34.22■■■■□ 3.074e-10■■■■□ 22.9
CAPNS1-201ENST00000246533 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP31.13■■■□□ 2.575e-6■■■■□ 22.9
CAPNS1-201ENST00000246533 IGF2BP3O00425 579 aaKnown RBP eCLIP30.26■■■□□ 2.445e-7■■■■□ 22.6
CAPNS1-201ENST00000246533 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP32.36■■■□□ 2.774e-7■■■□□ 18.5
CAPNS1-201ENST00000246533 SUB1P53999 127 aaKnown RBP eCLIP20.9■□□□□ 0.942e-6■■■□□ 18.2
CAPNS1-201ENST00000246533 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP30.79■■■□□ 2.522e-11■■■□□ 17.4
CAPNS1-201ENST00000246533 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP31.08■■■□□ 2.572e-8■■■□□ 16.5
CAPNS1-201ENST00000246533 RBM15Q96T37 977 aaKnown RBP eCLIP27.28■■□□□ 1.961e-7■■■□□ 16.1
CAPNS1-201ENST00000246533 LARP4Q71RC2 724 aaKnown RBP eCLIP25.86■■□□□ 1.735e-7■■■□□ 15.7
CAPNS1-201ENST00000246533 PRPF8Q6P2Q9 2335 aaKnown RBP eCLIP21.37■■□□□ 1.011e-6■■■□□ 15.5
CAPNS1-201ENST00000246533 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP29.89■■■□□ 2.381e-7■■■□□ 14.8
CAPNS1-201ENST00000246533 PUM2Q8TB72 1066 aaKnown RBP eCLIP24.63■■□□□ 1.538e-53■■■□□ 14.8
CAPNS1-201ENST00000246533 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP30.55■■■□□ 2.488e-20■■□□□ 14.3
CAPNS1-201ENST00000246533 PCBP1Q15365 356 aaKnown RBP eCLIP27.93■■■□□ 2.062e-8■■□□□ 14
CAPNS1-201ENST00000246533 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP29.9■■■□□ 2.383e-8■■□□□ 13.7
CAPNS1-201ENST00000246533 HNRNPKP61978 463 aaKnown RBP eCLIP25.18■■□□□ 1.622e-14■■□□□ 13.1
CAPNS1-201ENST00000246533 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP40.26■■■■■ 4.046e-24■■□□□ 13
CAPNS1-201ENST00000246533 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP28.5■■■□□ 2.155e-6■■□□□ 12.9
CAPNS1-201ENST00000246533 DDX24Q9GZR7 859 aaKnown RBP eCLIP30.73■■■□□ 2.512e-6■■□□□ 12.4
CAPNS1-201ENST00000246533 SND1Q7KZF4 910 aaKnown RBP eCLIP28.53■■■□□ 2.167e-7■■□□□ 11.5
CAPNS1-201ENST00000246533 IGF2BP1Q9NZI8 577 aaKnown RBP eCLIP25.53■■□□□ 1.684e-11■□□□□ 10.6
CAPNS1-201ENST00000246533 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP43.74■■■■■ 4.598e-9■□□□□ 10.5
CAPNS1-201ENST00000246533 PCBP2Q15366 365 aaKnown RBP eCLIP25.36■■□□□ 1.653e-9■□□□□ 10.3
CAPNS1-201ENST00000246533 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP30.9■■■□□ 2.548e-17■□□□□ 10.3
CAPNS1-201ENST00000246533 METAP2P50579 478 aaKnown RBP eCLIP29.61■■■□□ 2.334e-11■□□□□ 10.1
CAPNS1-201ENST00000246533 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP28.37■■■□□ 2.134e-6■□□□□ 9.2
CAPNS1-201ENST00000246533 PPIGQ13427 754 aaKnown RBP eCLIP28.33■■■□□ 2.132e-7■□□□□ 8.5
CAPNS1-201ENST00000246533 PRPF4O43172 522 aaKnown RBP eCLIP27.34■■□□□ 1.975e-9■□□□□ 8.4
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