RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	STK38	Q15208	465 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	NOC3L	Q8WTT2	800 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	NAT10	Q9H0A0	1025 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	FANCA	O15360	1455 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	BAG4	O95429	457 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	FLII	Q13045	1269 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	MEIS3	Q99687	375 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	HOOK1	Q9UJC3	728 aa	Known RBP	9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	IL16	Q14005	1332 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	ME1	P48163	572 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	MAP7D2	Q96T17	732 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	PANK2	Q9BZ23	570 aa		9.59	□□□□□ -0.87
NEK1-208	ENST00000512193	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	NSD2	O96028	1365 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193		G3V3G9	751 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	SMC2	O95347	1197 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PDE4C	Q08493	712 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	DDX11	Q96FC9	970 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ANKRD1	Q15327	319 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	VPS53	Q5VIR6	699 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PDILT	Q8N807	584 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	MNS1	Q8NEH6	495 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	TSPYL6	Q8N831	410 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	SPATA32	Q96LK8	384 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	9.58	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	SPG7	Q9UQ90	795 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	UQCRHL	A0A096LP55	91 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193		A0A0U1RQG5	324 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	UQCRH	P07919	91 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	SDS	P20132	328 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CABP4	P57796	275 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	TTC22	Q5TAA0	569 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	STRN4	Q9NRL3	753 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	NUP160	Q12769	1436 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	DHX16	O60231	1041 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	IPO7	O95373	1038 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ANXA1	P04083	346 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CAMK4	Q16566	473 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ANKRD20A12P	Q8NF67	263 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	NUP62CL	Q9H1M0	184 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	MTMR7	Q9Y216	660 aa		9.57	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	RAD21	O60216	631 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PLCH2	O75038	1416 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	KRT24	Q2M2I5	525 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	OLFM4	Q6UX06	510 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	MTERF4	Q7Z6M4	381 aa	Known RBP	9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	POLK	Q9UBT6	870 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	WDR62	O43379	1518 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		9.56	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	RAB11FIP3	O75154	756 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PTPRC	P08575	1304 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	VAMP4	O75379	141 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	SMC5	Q8IY18	1101 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PIK3C2G	O75747	1445 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	MRPL50	Q8N5N7	158 aa	Known RBP	9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	USP25	Q9UHP3	1055 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		9.55	□□□□□ -0.88
NEK1-208	ENST00000512193	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		9.54	□□□□□ -0.88

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.2 ms