RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637667.1

CLN6-222, Transcript of CLN6, transmembrane ER protein, human

TSL 1 (best)

Gene CLN6, Length 874 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN6-222	ENST00000637667	USP31	Q70CQ4	1352 aa		28.37	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	NFAT5	O94916	1531 aa		28.37	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	APBA3	O96018	575 aa		28.36	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	NME9	Q86XW9	330 aa		28.36	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	TESK2	Q96S53	571 aa		28.36	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	28.35	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	28.35	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	28.34	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	28.33	■■■□□ 2.13
CLN6-222	ENST00000637667	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	28.31	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	DDB1	Q16531	1140 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667		A0A1W2PP64	1363 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	28.3	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	SLC24A1	O60721	1099 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	ABCC6	O95255	1503 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	28.27	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	USP54	Q70EL1	1684 aa		28.26	■■■□□ 2.12
CLN6-222	ENST00000637667	LRRC37A3	O60309	1634 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CLN6-222	ENST00000637667	RGPD5	Q99666	1765 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CLN6-222	ENST00000637667	CCDC7	Q96M83	1385 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CLN6-222	ENST00000637667	USP47	Q96K76	1375 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CLN6-222	ENST00000637667	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
CLN6-222	ENST00000637667	PEAK1	Q9H792	1746 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CLN6-222	ENST00000637667	ERBB3	P21860	1342 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CLN6-222	ENST00000637667	LRP5	O75197	1615 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	TMF1	P82094	1093 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	BCL9	O00512	1426 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	EXOC5	O00471	708 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	28.17	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		28.16	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	NBPF14	Q5TI25	921 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	RREB1	Q92766	1687 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	COG3	Q96JB2	828 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CLN6-222	ENST00000637667	TNS2	Q63HR2	1409 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	LTN1	O94822	1766 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	PLSCR1	O15162	318 aa		28.12	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	IP6K1	Q92551	441 aa		28.12	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		28.12	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		28.11	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	IL2RB	P14784	551 aa		28.1	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	SBF2	Q86WG5	1849 aa		28.1	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	CDCA8	Q53HL2	280 aa		28.09	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		28.08	■■■□□ 2.09
CLN6-222	ENST00000637667	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	28.06	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	FBLN1	P23142	703 aa		28.05	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	28.04	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		28.04	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	FYB1	O15117	783 aa		28.04	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	AMPH	P49418	695 aa		28.04	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	HOXC9	P31274	260 aa		28.03	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	PROM2	Q8N271	834 aa		28.02	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		28.02	■■■□□ 2.08
CLN6-222	ENST00000637667	KCNQ2	O43526	872 aa		28.01	■■■□□ 2.07
CLN6-222	ENST00000637667	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07
CLN6-222	ENST00000637667	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		27.99	■■■□□ 2.07
CLN6-222	ENST00000637667	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	27.98	■■■□□ 2.07
CLN6-222	ENST00000637667	RTL1	A6NKG5	1358 aa		27.98	■■■□□ 2.07
CLN6-222	ENST00000637667	TXNRD1	Q16881	649 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN6-222	ENST00000637667	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
CLN6-222	ENST00000637667	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		27.94	■■■□□ 2.06
CLN6-222	ENST00000637667	SPON1	Q9HCB6	807 aa		27.93	■■■□□ 2.06
CLN6-222	ENST00000637667	NHS	Q6T4R5	1651 aa		27.93	■■■□□ 2.06
CLN6-222	ENST00000637667	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CLN6-222	ENST00000637667	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CLN6-222	ENST00000637667	STK32B	Q9NY57	414 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN6-222	ENST00000637667	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	NBPF4	Q96M43	638 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	MYOM1	P52179	1685 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	27.87	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	27.86	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	27.86	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	MEGF6	O75095	1541 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	INSR	P06213	1382 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	FLT4	P35916	1363 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	SLC15A2	Q16348	729 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	27.85	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	27.85	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CLN6-222	ENST00000637667	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	27.82	■■■□□ 2.04
CLN6-222	ENST00000637667	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		27.82	■■■□□ 2.04

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