RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621870.4

GGA3-223, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 1 (best)

Gene GGA3, Length 4,034 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-223	ENST00000621870	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		11.22	□□□□□ -0.61
GGA3-223	ENST00000621870	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GGA3-223	ENST00000621870	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GGA3-223	ENST00000621870	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GGA3-223	ENST00000621870	FOSB	P53539	338 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GGA3-223	ENST00000621870	PDE3A	Q14432	1141 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GGA3-223	ENST00000621870	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
GGA3-223	ENST00000621870	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		11.21	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		11.21	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	PTPRK	Q15262	1439 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	CNTROB	Q8N137	903 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ZMYM3	Q14202	1370 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	PES1	O00541	588 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	C8orf37	Q96NL8	207 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		11.2	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ZPR1	O75312	459 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	AAMP	Q13685	434 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	KDM4A	O75164	1064 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	STK11IP	Q8N1F8	1099 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	CDC45	O75419	566 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	11.17	□□□□□ -0.62	5e-10	■■■■□ 19.6
GGA3-223	ENST00000621870	ATP2B2	Q01814	1243 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870		F6X3S4	739 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	PTMS	P20962	102 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	GPT	P24298	496 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ABCC2	Q92887	1545 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	FAM83G	A6ND36	823 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	TPM4	P67936	248 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ABCF2	Q9UG63	623 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ANXA1	P04083	346 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	NUP160	Q12769	1436 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ATP2B1	P20020	1258 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	SLFN5	Q08AF3	891 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	AACS	Q86V21	672 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	PDE4C	Q08493	712 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	MYD88	Q99836	296 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	GCC1	Q96CN9	775 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-223	ENST00000621870	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ADAMTS12	P58397	1594 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	NEK4	P51957	841 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	SART3	Q15020	963 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	METTL24	Q5JXM2	366 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	BICD2	Q8TD16	824 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	TBX22	Q9Y458	520 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
GGA3-223	ENST00000621870	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63

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