RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 DDB1Q16531 1140 aa35.6■■■■□ 3.29
PTPRF-216ENST00000617451 NUP188Q5SRE5 1749 aa35.59■■■■□ 3.29
PTPRF-216ENST00000617451 PEAK1Q9H792 1746 aa35.59■■■■□ 3.29
PTPRF-216ENST00000617451 NBPF14Q5TI25 921 aa35.58■■■■□ 3.29
PTPRF-216ENST00000617451 KTN1Q86UP2 1357 aaKnown RBP35.57■■■■□ 3.28
PTPRF-216ENST00000617451 LRRC37A3O60309 1634 aa35.57■■■■□ 3.28
PTPRF-216ENST00000617451 SBNO2Q9Y2G9 1366 aa35.56■■■■□ 3.28
PTPRF-216ENST00000617451 SOX12O15370 315 aa35.55■■■■□ 3.28
PTPRF-216ENST00000617451 CDCA7Q9BWT1 371 aaPredicted RBP35.54■■■■□ 3.28
PTPRF-216ENST00000617451 CARD10Q9BWT7 1032 aa35.53■■■■□ 3.28
PTPRF-216ENST00000617451 NFAT5O94916 1531 aa35.52■■■■□ 3.28
PTPRF-216ENST00000617451 PLSCR1O15162 318 aa35.5■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 CARD11Q9BXL7 1154 aa35.5■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 RGPD5Q99666 1765 aa35.49■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 SBF2Q86WG5 1849 aa35.49■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa35.49■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 MARCH10Q8NA82 808 aaPredicted RBP35.49■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 BCL11BQ9C0K0 894 aaPredicted RBP35.49■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 WNK3Q9BYP7 1800 aa35.48■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 MON2Q7Z3U7 1717 aa35.47■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 BCL9O00512 1426 aa35.47■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 PTF1AQ7RTS3 328 aa35.46■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 USP31Q70CQ4 1352 aa35.46■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP35.45■■■■□ 3.27
PTPRF-216ENST00000617451 RGPD3A6NKT7 1758 aaPredicted RBP35.44■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 RGPD4Q7Z3J3 1758 aa35.44■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 CD163L1Q9NR16 1453 aa35.44■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 ABCC6O95255 1503 aa35.43■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC7Q96M83 1385 aa35.41■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 EXOC5O00471 708 aa35.4■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 NME9Q86XW9 330 aa35.4■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 TMC1Q8TDI8 760 aa35.4■■■■□ 3.26
PTPRF-216ENST00000617451 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa35.38■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 USP54Q70EL1 1684 aa35.37■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP35.37■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 SPON1Q9HCB6 807 aa35.37■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 PROM2Q8N271 834 aa35.36■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 TONSLQ96HA7 1378 aa35.36■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 KCNQ2O43526 872 aa35.35■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 ANO8Q9HCE9 1232 aaPredicted RBP35.35■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 ERBB3P21860 1342 aa35.33■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 PUS7Q96PZ0 661 aaKnown RBP35.33■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 EDC4Q6P2E9 1401 aaKnown RBP35.32■■■■□ 3.25
PTPRF-216ENST00000617451 TNS2Q63HR2 1409 aa35.32■■■■□ 3.24
PTPRF-216ENST00000617451 TERF2IPQ9NYB0 399 aa35.31■■■■□ 3.24
PTPRF-216ENST00000617451 NLRP2Q9NX02 1062 aa35.29■■■■□ 3.24
PTPRF-216ENST00000617451 A0A1W2PP64 1363 aa35.28■■■■□ 3.24
PTPRF-216ENST00000617451 PPP1R1BQ9UD71 204 aaPredicted RBP35.28■■■■□ 3.24
PTPRF-216ENST00000617451 LTN1O94822 1766 aa35.26■■■■□ 3.24
PTPRF-216ENST00000617451 TXNRD1Q16881 649 aa35.25■■■■□ 3.23
PTPRF-216ENST00000617451 ANKRD24Q8TF21 1146 aa35.25■■■■□ 3.23
PTPRF-216ENST00000617451 IL2RBP14784 551 aa35.23■■■■□ 3.23
PTPRF-216ENST00000617451 TESK2Q96S53 571 aa35.23■■■■□ 3.23
PTPRF-216ENST00000617451 PDGFDQ9GZP0 370 aaPredicted RBP35.22■■■■□ 3.23
PTPRF-216ENST00000617451 CASZ1Q86V15 1759 aa35.22■■■■□ 3.23
PTPRF-216ENST00000617451 NINLQ9Y2I6 1382 aa35.2■■■■□ 3.23
PTPRF-216ENST00000617451 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa35.18■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 STK32BQ9NY57 414 aa35.18■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 NHSQ6T4R5 1651 aa35.17■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 IP6K1Q92551 441 aa35.17■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 ACSBG1Q96GR2 724 aa35.17■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 SLC15A2Q16348 729 aa35.16■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 SLC24A1O60721 1099 aa35.14■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 ZBTB7AO95365 584 aa35.14■■■■□ 3.22
PTPRF-216ENST00000617451 PTGER2P43116 358 aa35.1■■■■□ 3.21
PTPRF-216ENST00000617451 COG3Q96JB2 828 aa35.09■■■■□ 3.21
PTPRF-216ENST00000617451 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP35.07■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 ATF5Q9Y2D1 282 aaPredicted RBP35.07■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 DCAF8L1A6NGE4 600 aa35.06■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 YY1P25490 414 aa35.06■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 MAP3K19Q56UN5 1328 aa35.06■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 BTAF1O14981 1849 aa35.04■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 ANKRD36BQ8N2N9 1353 aa35.03■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 FAM208AQ9UK61 1670 aaKnown RBP35.03■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 FBLN1P23142 703 aa35.03■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 HOXC9P31274 260 aa35.03■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 KAT6BQ8WYB5 2073 aa35.02■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP35.02■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 MTFR1LQ9H019 292 aa35.02■■■■□ 3.2
PTPRF-216ENST00000617451 MYOM1P52179 1685 aa35.01■■■■□ 3.19
PTPRF-216ENST00000617451 PAPPAQ13219 1627 aa35■■■■□ 3.19
PTPRF-216ENST00000617451 AMPHP49418 695 aa35■■■■□ 3.19
PTPRF-216ENST00000617451 LRRC4BQ9NT99 713 aa34.98■■■■□ 3.19
PTPRF-216ENST00000617451 SGIP1Q9BQI5 828 aa34.97■■■■□ 3.19
PTPRF-216ENST00000617451 TMF1P82094 1093 aa34.96■■■■□ 3.19
PTPRF-216ENST00000617451 UTRNP46939 3433 aa34.95■■■■□ 3.19
PTPRF-216ENST00000617451 FYB1O15117 783 aa34.94■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF827Q17R98 1081 aa34.94■■■■□ 3.18
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PTPRF-216ENST00000617451 FHDC1Q9C0D6 1143 aaPredicted RBP34.93■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 RTL1A6NKG5 1358 aa34.92■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 SYT17Q9BSW7 474 aa34.92■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP34.91■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP34.91■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 SLC27A3Q5K4L6 730 aa34.91■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP34.9■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 GGNBP2Q9H3C7 697 aa34.9■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 PRIM1P49642 420 aaKnown RBP34.89■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 AKT1S1Q96B36 256 aa34.89■■■■□ 3.18
PTPRF-216ENST00000617451 RGPD2P0DJD1 1756 aa34.88■■■■□ 3.17
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