RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514305.5

USP53-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 53, human

TSL 2

Gene USP53, Length 504 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP53-208	ENST00000514305	SAMD1	Q6SPF0	538 aa	Predicted RBP	27.94	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	27.93	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	SLIT3	O75094	1523 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	27.92	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	27.91	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	27.9	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		27.9	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		27.89	■■■□□ 2.06
USP53-208	ENST00000514305	PDE3B	Q13370	1112 aa		27.88	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	27.88	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		27.87	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		27.86	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	DISP2	A7MBM2	1401 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	CRB1	P82279	1406 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	27.85	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	TMC1	Q8TDI8	760 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		27.84	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		27.84	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		27.83	■■■□□ 2.05
USP53-208	ENST00000514305	TRIM37	O94972	964 aa		27.82	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	COL18A1	P39060	1754 aa		27.81	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		27.81	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	27.8	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	27.8	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	RGPD5	Q99666	1765 aa		27.78	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		27.78	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	LRP5	O75197	1615 aa		27.78	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	SOX12	O15370	315 aa		27.77	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	APBA3	O96018	575 aa		27.77	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		27.76	■■■□□ 2.04
USP53-208	ENST00000514305	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	27.76	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	27.75	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	LRRC37A3	O60309	1634 aa		27.74	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		27.74	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		27.74	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		27.74	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		27.74	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		27.73	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	NFAT5	O94916	1531 aa		27.72	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	27.72	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		27.72	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		27.72	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	USP54	Q70EL1	1684 aa		27.72	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		27.71	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		27.71	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		27.71	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	CCDC7	Q96M83	1385 aa		27.71	■■■□□ 2.03
USP53-208	ENST00000514305	ZBTB22	O15209	634 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	ABCB7	O75027	752 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	DDB1	Q16531	1140 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	RREB1	Q92766	1687 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	ABCC6	O95255	1503 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		27.69	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	PEAK1	Q9H792	1746 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	27.68	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	27.68	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	LTN1	O94822	1766 aa		27.68	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	USP31	Q70CQ4	1352 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	SBF2	Q86WG5	1849 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		27.67	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		27.66	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	27.66	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	NME9	Q86XW9	330 aa		27.64	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		27.64	■■■□□ 2.02
USP53-208	ENST00000514305		A0A1W2PP64	1363 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP53-208	ENST00000514305	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
USP53-208	ENST00000514305	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		27.61	■■■□□ 2.01
USP53-208	ENST00000514305	NBPF14	Q5TI25	921 aa		27.6	■■■□□ 2.01
USP53-208	ENST00000514305	PANK3	Q9H999	370 aa		27.59	■■■□□ 2.01
USP53-208	ENST00000514305	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		27.56	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	EXOC5	O00471	708 aa		27.55	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	ERBB3	P21860	1342 aa		27.55	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	BCL9	O00512	1426 aa		27.53	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		27.53	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	TNS2	Q63HR2	1409 aa		27.52	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		27.52	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	PLSCR1	O15162	318 aa		27.52	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	MYOM1	P52179	1685 aa		27.52	■■■□□ 2
USP53-208	ENST00000514305	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		27.5	■■□□□ 1.99
USP53-208	ENST00000514305	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	27.49	■■□□□ 1.99
USP53-208	ENST00000514305	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		27.49	■■□□□ 1.99
USP53-208	ENST00000514305	COG3	Q96JB2	828 aa		27.47	■■□□□ 1.99
USP53-208	ENST00000514305	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		27.47	■■□□□ 1.99
USP53-208	ENST00000514305	IL2RB	P14784	551 aa		27.46	■■□□□ 1.99

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.8 ms