RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-215	ENST00000478473	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		32.86	■■■□□ 2.85
C9orf3-215	ENST00000478473	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		32.86	■■■□□ 2.85
C9orf3-215	ENST00000478473	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		32.86	■■■□□ 2.85
C9orf3-215	ENST00000478473	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		32.85	■■■□□ 2.85
C9orf3-215	ENST00000478473	CDCA8	Q53HL2	280 aa		32.85	■■■□□ 2.85
C9orf3-215	ENST00000478473	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	32.85	■■■□□ 2.85
C9orf3-215	ENST00000478473	USP35	Q9P2H5	1018 aa		32.84	■■■□□ 2.85
C9orf3-215	ENST00000478473	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
C9orf3-215	ENST00000478473	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		32.8	■■■□□ 2.84
C9orf3-215	ENST00000478473	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	32.78	■■■□□ 2.84
C9orf3-215	ENST00000478473	SOX12	O15370	315 aa		32.77	■■■□□ 2.84
C9orf3-215	ENST00000478473	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		32.77	■■■□□ 2.84
C9orf3-215	ENST00000478473	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		32.76	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		32.76	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	DISP2	A7MBM2	1401 aa		32.76	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	FAM182B	Q5T319	152 aa		32.75	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		32.75	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	RGPD5	Q99666	1765 aa		32.75	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		32.74	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	PDE3B	Q13370	1112 aa		32.73	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	32.73	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	32.7	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	BAG6	P46379	1132 aa		32.7	■■■□□ 2.83
C9orf3-215	ENST00000478473	ERBB3	P21860	1342 aa		32.7	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	LTN1	O94822	1766 aa		32.7	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	COG3	Q96JB2	828 aa		32.69	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	CCDC7	Q96M83	1385 aa		32.69	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		32.68	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	MYOM1	P52179	1685 aa		32.68	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	32.68	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	FYB1	O15117	783 aa		32.67	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	LRRC37A3	O60309	1634 aa		32.66	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		32.65	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	32.65	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	IP6K1	Q92551	441 aa		32.65	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	PEAK1	Q9H792	1746 aa		32.64	■■■□□ 2.82
C9orf3-215	ENST00000478473	BCL9	O00512	1426 aa		32.63	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	DDB1	Q16531	1140 aa		32.63	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	TRIM37	O94972	964 aa		32.61	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		32.61	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		32.6	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		32.59	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		32.59	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		32.58	■■■□□ 2.81
C9orf3-215	ENST00000478473	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		32.56	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	RTL1	A6NKG5	1358 aa		32.55	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	32.53	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	HOXC9	P31274	260 aa		32.53	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		32.53	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		32.53	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	TNS2	Q63HR2	1409 aa		32.52	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		32.52	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		32.52	■■■□□ 2.8
C9orf3-215	ENST00000478473	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		32.51	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	EXOC5	O00471	708 aa		32.51	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	FBLN1	P23142	703 aa		32.51	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	APBA3	O96018	575 aa		32.5	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	SBF2	Q86WG5	1849 aa		32.49	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	IL2RB	P14784	551 aa		32.49	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	AMPH	P49418	695 aa		32.48	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	32.48	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	32.45	■■■□□ 2.79
C9orf3-215	ENST00000478473	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	32.44	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		32.44	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	RREB1	Q92766	1687 aa		32.43	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	PLSCR1	O15162	318 aa		32.42	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	INSR	P06213	1382 aa		32.42	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	32.42	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		32.42	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	FLT4	P35916	1363 aa		32.4	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	32.39	■■■□□ 2.78
C9orf3-215	ENST00000478473	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		32.35	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		32.35	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		32.35	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		32.34	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	PANK3	Q9H999	370 aa		32.34	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		32.33	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	NBPF4	Q96M43	638 aa		32.33	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		32.33	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	32.33	■■■□□ 2.77
C9orf3-215	ENST00000478473	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		32.32	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	NHS	Q6T4R5	1651 aa		32.31	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	32.3	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		32.3	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	NSD2	O96028	1365 aa		32.3	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		32.28	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	NCAPD2	Q15021	1401 aa		32.28	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	MEGF6	O75095	1541 aa		32.28	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	32.28	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	LRP5	O75197	1615 aa		32.28	■■■□□ 2.76
C9orf3-215	ENST00000478473	KCNQ2	O43526	872 aa		32.26	■■■□□ 2.75
C9orf3-215	ENST00000478473	PROM2	Q8N271	834 aa		32.26	■■■□□ 2.75
C9orf3-215	ENST00000478473	POLK	Q9UBT6	870 aa		32.26	■■■□□ 2.75
C9orf3-215	ENST00000478473	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		32.25	■■■□□ 2.75
C9orf3-215	ENST00000478473	NBPF14	Q5TI25	921 aa		32.24	■■■□□ 2.75
C9orf3-215	ENST00000478473	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	32.24	■■■□□ 2.75

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