RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	CRB1	P82279	1406 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PTPN4-208	ENST00000460289	NFAT5	O94916	1531 aa		32.03	■■■□□ 2.72
PTPN4-208	ENST00000460289	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		32.02	■■■□□ 2.72
PTPN4-208	ENST00000460289	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	32.02	■■■□□ 2.72
PTPN4-208	ENST00000460289	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	32.01	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		32.01	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	USP54	Q70EL1	1684 aa		32.01	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	COL18A1	P39060	1754 aa		32.01	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		32	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	COG3	Q96JB2	828 aa		31.99	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		31.97	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	PDE3B	Q13370	1112 aa		31.96	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	ABCC6	O95255	1503 aa		31.95	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	31.95	■■■□□ 2.71
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM182B	Q5T319	152 aa		31.93	■■■□□ 2.7
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		31.92	■■■□□ 2.7
PTPN4-208	ENST00000460289	FYB1	O15117	783 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PTPN4-208	ENST00000460289	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		31.91	■■■□□ 2.7
PTPN4-208	ENST00000460289	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	31.9	■■■□□ 2.7
PTPN4-208	ENST00000460289	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		31.87	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		31.87	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	RGPD5	Q99666	1765 aa		31.86	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	IP6K1	Q92551	441 aa		31.86	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	ERBB3	P21860	1342 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	BAG6	P46379	1132 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	DDB1	Q16531	1140 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		31.85	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC7	Q96M83	1385 aa		31.84	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	31.84	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	LTN1	O94822	1766 aa		31.84	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		31.83	■■■□□ 2.69
PTPN4-208	ENST00000460289	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		31.82	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	31.82	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	MYOM1	P52179	1685 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	AMPH	P49418	695 aa		31.81	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		31.8	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		31.8	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	TRIM37	O94972	964 aa		31.78	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	FBLN1	P23142	703 aa		31.78	■■■□□ 2.68
PTPN4-208	ENST00000460289	EXOC5	O00471	708 aa		31.76	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	HOXC9	P31274	260 aa		31.76	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		31.75	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		31.75	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	DISP2	A7MBM2	1401 aa		31.74	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	31.73	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	31.73	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	RTL1	A6NKG5	1358 aa		31.72	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	31.72	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		31.72	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		31.71	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	IL2RB	P14784	551 aa		31.71	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	APBA3	O96018	575 aa		31.7	■■■□□ 2.67
PTPN4-208	ENST00000460289	LRRC37A3	O60309	1634 aa		31.7	■■■□□ 2.66
PTPN4-208	ENST00000460289	PANK3	Q9H999	370 aa		31.69	■■■□□ 2.66
PTPN4-208	ENST00000460289	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		31.69	■■■□□ 2.66
PTPN4-208	ENST00000460289	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	31.68	■■■□□ 2.66
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		31.66	■■■□□ 2.66
PTPN4-208	ENST00000460289	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	31.64	■■■□□ 2.66
PTPN4-208	ENST00000460289	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		31.63	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	BCL9	O00512	1426 aa		31.63	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	FLT4	P35916	1363 aa		31.62	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	31.62	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	TNS2	Q63HR2	1409 aa		31.62	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	31.62	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	PEAK1	Q9H792	1746 aa		31.61	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	31.61	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		31.61	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	INSR	P06213	1382 aa		31.6	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		31.6	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	31.6	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		31.58	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		31.58	■■■□□ 2.65
PTPN4-208	ENST00000460289	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	31.56	■■■□□ 2.64
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		31.56	■■■□□ 2.64
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF4	Q96M43	638 aa		31.56	■■■□□ 2.64
PTPN4-208	ENST00000460289	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		31.55	■■■□□ 2.64
PTPN4-208	ENST00000460289	NSD2	O96028	1365 aa		31.54	■■■□□ 2.64
PTPN4-208	ENST00000460289	PLSCR1	O15162	318 aa		31.53	■■■□□ 2.64
PTPN4-208	ENST00000460289	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		31.51	■■■□□ 2.64
PTPN4-208	ENST00000460289	POLK	Q9UBT6	870 aa		31.51	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	SBF2	Q86WG5	1849 aa		31.51	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	31.5	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	31.49	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		31.49	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		31.48	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	31.48	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		31.47	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	MORC1	Q86VD1	984 aa		31.46	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		31.46	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		31.45	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	31.45	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF14	Q5TI25	921 aa		31.45	■■■□□ 2.63
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	31.45	■■■□□ 2.62
PTPN4-208	ENST00000460289	KCNQ2	O43526	872 aa		31.44	■■■□□ 2.62
PTPN4-208	ENST00000460289	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	31.44	■■■□□ 2.62
PTPN4-208	ENST00000460289	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		31.44	■■■□□ 2.62
PTPN4-208	ENST00000460289	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	31.42	■■■□□ 2.62

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