RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, human

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
C9orf3-215	ENST00000478473	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		33.48	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	33.47	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		33.47	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		33.46	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	CABP2	Q9NPB3	220 aa		33.46	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	33.46	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		33.45	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	33.45	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	EVC2	Q86UK5	1308 aa		33.45	■■■□□ 2.95
C9orf3-215	ENST00000478473	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	33.43	■■■□□ 2.94
C9orf3-215	ENST00000478473	FAM83G	A6ND36	823 aa		33.42	■■■□□ 2.94
C9orf3-215	ENST00000478473	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	33.42	■■■□□ 2.94
C9orf3-215	ENST00000478473	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		33.4	■■■□□ 2.94
C9orf3-215	ENST00000478473	VPS72	Q15906	364 aa		33.39	■■■□□ 2.94
C9orf3-215	ENST00000478473	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		33.38	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	GLI3	P10071	1580 aa		33.38	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	CABP1	Q9NZU7	370 aa		33.37	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	33.36	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	SSH2	Q76I76	1423 aa		33.34	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		33.33	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	USP6	P35125	1406 aa		33.33	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	NRAP	Q86VF7	1730 aa		33.33	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	USP19	O94966	1318 aa		33.32	■■■□□ 2.93
C9orf3-215	ENST00000478473	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	33.32	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	33.32	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	PLEKHG5	O94827	1062 aa		33.32	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		33.31	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	ABTB2	Q8N961	1025 aa		33.29	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	BTG4	Q9NY30	223 aa		33.28	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	33.27	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		33.27	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	KIAA0232	Q92628	1395 aa		33.26	■■■□□ 2.92
C9orf3-215	ENST00000478473	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	33.26	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	CPD	O75976	1380 aa		33.25	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	NLRP13	Q86W25	1043 aa		33.25	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	33.25	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		33.25	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		33.24	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		33.23	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	AKAP12	Q02952	1782 aa		33.21	■■■□□ 2.91
C9orf3-215	ENST00000478473	EP400	Q96L91	3159 aa		33.19	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	GC	P02774	474 aa		33.18	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	TESK2	Q96S53	571 aa		33.18	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	SLIT3	O75094	1523 aa		33.18	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		33.17	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		33.17	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	SLC24A1	O60721	1099 aa		33.16	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	33.16	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		33.16	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	PIK3C2A	O00443	1686 aa		33.15	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		33.15	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		33.15	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		33.14	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	33.14	■■■□□ 2.9
C9orf3-215	ENST00000478473	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		33.13	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	NLRP6	P59044	892 aa		33.13	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	CHRNA2	Q15822	529 aa		33.13	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		33.13	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	CCDC125	Q86Z20	511 aa		33.12	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		33.11	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		33.11	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		33.1	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		33.1	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	33.09	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		33.08	■■■□□ 2.89
C9orf3-215	ENST00000478473	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		33.06	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		33.06	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		33.05	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		33.04	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	USP31	Q70CQ4	1352 aa		33.04	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	SLC12A5	Q9H2X9	1139 aa		33.03	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	USP47	Q96K76	1375 aa		33.03	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	USP54	Q70EL1	1684 aa		33.02	■■■□□ 2.88
C9orf3-215	ENST00000478473	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		33.01	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	33	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		33	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	33	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	STRN4	Q9NRL3	753 aa		32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	EDC4	Q6P2E9	1401 aa	Known RBP	32.99	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	COL18A1	P39060	1754 aa		32.98	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	EVA1C	P58658	441 aa		32.98	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		32.98	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	TMC1	Q8TDI8	760 aa		32.98	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473		A0A1W2PP64	1363 aa		32.97	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	NFAT5	O94916	1531 aa		32.97	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	32.96	■■■□□ 2.87
C9orf3-215	ENST00000478473	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	32.94	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	ABCC6	O95255	1503 aa		32.92	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	TMF1	P82094	1093 aa		32.92	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		32.91	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	CRB1	P82279	1406 aa		32.91	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473		A0A0G2JS52	829 aa		32.9	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	MYT1	Q01538	1121 aa		32.9	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	32.9	■■■□□ 2.86	2e-6	■□□□□ 9.3
C9orf3-215	ENST00000478473	NME9	Q86XW9	330 aa		32.89	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		32.89	■■■□□ 2.86
C9orf3-215	ENST00000478473	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		32.87	■■■□□ 2.85

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