RNA–Protein interactions for RNA: YNL223W

ATG4, Transcript of Conserved cysteine protease required for autophagy, yeast

Gene ATG4, Length 1,485 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
ATG4	YNL223W	YIL102C-A	Q2V2P5	75 aa		4.2	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	YAL065C	O13511	128 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	DIF1	O13577	133 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	PAI3	P01094	68 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	MID2	P36027	376 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	YNL198C	P40166	100 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	RPC10	P40422	70 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	RPR2	P40571	144 aa		4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	TMA7	Q3E764	64 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	PBA1	Q05778	276 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	YMR175W-A	Q3E766	64 aa		4.18	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	RTC6	O14464	93 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	CDC43	P18898	376 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	YBL081W	P38180	368 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	POP7	P38291	140 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	SVP26	P38869	228 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	CWP2	P43497	92 aa		4.17	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	CPR1	P14832	162 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	YAL064W	P39711	94 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	LSM6	Q06406	86 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	YDL241W	Q07738	123 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	RRT15	Q3E811	62 aa		4.16	□□□□□ -1.74
ATG4	YNL223W	UBC11	P52492	156 aa		4.15	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	HYP2	P23301	157 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	YLL006W-A	Q3E814	58 aa		4.14	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	NHP2	P32495	156 aa	Predicted RBP	4.13	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	YIA6	P40556	373 aa		4.13	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	RGM1	Q00453	211 aa		4.13	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	YHR130C	P38834	111 aa		4.12	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	ANB1	P19211	157 aa		4.11	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	HPA2	Q06592	156 aa		4.11	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	YOR020W-A	Q3E824	90 aa		4.11	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	YAR023C	D6VPM8	179 aa		4.11	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	ARO2	P28777	376 aa	Known RBP	4.11	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	MVB12	P42939	101 aa		4.11	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	EOS1	P53938	366 aa		4.11	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	VTS1	Q08831	523 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.11	□□□□□ -1.75	not detected
ATG4	YNL223W	RPL11A	P0C0W9	174 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	AQY2	P0CD90	149 aa		4.1	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	SMD1	Q02260	146 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	ABF2	Q02486	183 aa		4.1	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	RPL11B	Q3E757	174 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	RPL29	P05747	59 aa	Predicted RBP	4.09	□□□□□ -1.75
ATG4	YNL223W	COX10	P21592	462 aa		4.08	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YPL229W	Q99395	206 aa		4.08	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YFL019C	P43576	117 aa		4.07	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	KNH1	P50112	268 aa		4.07	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YPR195C	Q06594	109 aa		4.07	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	STF1	P01098	86 aa		4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YBL039W-B	P0C268	59 aa		4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	MRPL24	P36525	258 aa	Predicted RBP	4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	AIM19	P40502	157 aa		4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	HUR1	P45820	110 aa		4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	SNA2	P56508	79 aa		4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	IRC21	Q04772	201 aa		4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YOR034C-A	Q3E735	80 aa		4.06	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	DUT1	P33317	147 aa		4.05	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	ICY1	Q04329	127 aa		4.05	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YKL069W	P36088	180 aa		4.05	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	IGD1	P43598	195 aa		4.05	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YLR236C	A0A023PZG4	107 aa		4.04	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	UBC4	P15731	148 aa		4.04	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	SMP1	P38128	452 aa		4.04	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YDR029W	Q12111	104 aa		4.04	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	YNL162W-A	Q3E7A8	72 aa		4.04	□□□□□ -1.76
ATG4	YNL223W	DSE2	P38844	325 aa		4.02	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	YDR034C-A	P0C289	58 aa		4.01	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	MSA2	P36157	363 aa		4.01	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	PEX22	P39718	180 aa		4.01	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	YGL041C-B	Q3E750	60 aa		4.01	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	YLR307C-A	Q3E825	87 aa		4.01	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	Q0032	Q9ZZX7	96 aa		4.01	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	ECM12	O13529	151 aa		3.99	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	RPL26A	P05743	127 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	RPA12	P32529	125 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	RPL26B	P53221	127 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	MPC3	P53311	146 aa		3.99	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	OST2	P46964	130 aa		3.98	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	YBR230W-A	Q3E762	66 aa		3.98	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	YGL193C	P53097	103 aa		3.97	□□□□□ -1.77
ATG4	YNL223W	YJR107C-A	P0CT86	78 aa		3.96	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	FYV5	P25585	152 aa		3.96	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	ATX1	P38636	73 aa		3.96	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YPL257W	Q08974	193 aa		3.96	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YNL042W-B	Q3E7Z2	85 aa		3.96	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YJL127C-B	Q3E828	52 aa		3.96	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	LCL2	Q08045	131 aa		3.95	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	SLO1	Q3E784	85 aa		3.94	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	PBI2	P0CT04	75 aa	Known RBP	3.93	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YLR156W	P0CE96	114 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YLR159W	P0CE97	114 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YLR161W	P0CE98	114 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	INO4	P13902	151 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YCR085W	P25650	117 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	RUB1	Q03919	77 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YDR381C-A	Q3E6R5	114 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	SPT4	P32914	102 aa	Predicted RBP	3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	GAT4	P40569	121 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	ATP18	P81450	59 aa		3.92	□□□□□ -1.78
ATG4	YNL223W	YER039C-A	P0CD97	72 aa		3.91	□□□□□ -1.78

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 45.2 ms