RNA–Protein interactions for RNA: YNL223W

ATG4, Transcript of Conserved cysteine protease required for autophagy, yeast

Gene ATG4, Length 1,485 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
ATG4	YNL223W	TRI1	Q05024	226 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	DAD1	Q12248	94 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	MSN1	P22148	382 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	CMC1	P36064	111 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	FIP1	P45976	327 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	CUE4	Q04201	117 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	ATG39	Q06159	398 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	YCR024C-B	Q3E7Z8	88 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	YLR342W-A	Q3E810	57 aa		4.62	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	NUM1	Q00402	2748 aa		4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	MRP10	O75012	95 aa		4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	FRS1	P15624	595 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	ATG33	Q06485	197 aa		4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	GEP3	Q08622	556 aa		4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	YPR063C	Q12160	140 aa		4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	YDR215C	Q12240	137 aa		4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	RPS22B	Q3E7Y3	130 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	RPB11	P38902	120 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	MST28	P39552	234 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	SPI1	P40092	148 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	MST27	P53176	234 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	CAX4	P53223	239 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	DUG3	P53871	357 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	SEN15	Q04675	128 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	PRM3	Q08931	133 aa		4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	UTP23	Q12339	254 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	CPT1	P17898	393 aa		4.59	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	PRE5	P40302	234 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	TDA4	P47153	279 aa		4.59	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	SDS23	P53172	527 aa		4.59	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	IZH3	Q07959	543 aa		4.59	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	YOR097C	Q12274	175 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	TMA17	Q12513	150 aa		4.59	□□□□□ -1.67
ATG4	YNL223W	SEC4	P07560	215 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YER190C-B	P0CX94	160 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YEL077W-A	P0CX95	160 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YGR296C-B	P0CX96	160 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YPL283W-B	P0CX97	160 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YPR204C-A	P0CX98	160 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	MDM10	P18409	493 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	PAU7	P39545	55 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	OST3	P48439	350 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	ARC18	Q05933	178 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	CSM4	Q08955	156 aa		4.58	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	RPL12A	P0CX53	165 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	RPL12B	P0CX54	165 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	ZRT1	P32804	376 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	RPA43	P46669	326 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YIP3	P53633	176 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	UPS3	Q04006	179 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	MSA1	Q08471	629 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	FSF1	Q12029	327 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	POM33	Q12164	279 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	PRM7	Q12459	698 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YNL146C-A	Q3E7Z1	64 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YOR011W-A	Q3E807	68 aa		4.57	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	RPL23A	P0CX41	137 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	RPL23B	P0CX42	137 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	PRY2	P36110	329 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	LSM8	P47093	109 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	THG1	P53215	237 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	TIM22	Q12328	207 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	COA6	Q3E846	104 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YIL134C-A	Q45U18	67 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YHR212W-A	P0CX91	67 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YFL068W	P0CX99	160 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YLL066W-A	P0CY00	160 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YLL067W-A	P0CY01	160 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YHR022C	P38763	256 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YDL186W	P48568	277 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	GTO3	Q04806	366 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	RRG8	Q06109	277 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	CCW12	Q12127	133 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	ERG27	Q12452	347 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	TAR1	Q8TGM6	124 aa		4.56	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	RPL27A	P0C2H6	136 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	VMA16	P23968	213 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YER134C	P40081	178 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	SIM1	P40472	476 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	MRPL49	P40858	161 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	COX16	P47081	118 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YJR096W	P47137	282 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	CGR1	P53188	120 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YGR017W	P53210	297 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YPL162C	Q12042	273 aa		4.55	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	UTR5	P32630	166 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	GSP1	P32835	219 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	GSP2	P32836	220 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	MRPL11	P36521	249 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YHR140W	P38842	239 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YER135C	P40082	130 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	CDC40	P40968	455 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	BRP1	P53194	125 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	GPI19	Q04082	140 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	WIP1	Q2V2P8	89 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YOL085C	Q99345	113 aa		4.54	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	AGA1	P32323	725 aa		4.53	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	TEM1	P38987	245 aa		4.53	□□□□□ -1.68
ATG4	YNL223W	YNL200C	P40165	246 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 7.7 ms