RNA–Protein interactions for RNA: YHR098C

SFB3, Transcript of Component of the Sec23p-Sfb3p heterodimer of the COPII vesicle coat, yeast

Gene SFB3, Length 2,790 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SFB3	YHR098C	RPB8	P20436	146 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	PHD1	P36093	366 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YHR138C	P38841	114 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YGR269W	P40326	108 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YNR014W	P53719	212 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	PFA4	Q12006	378 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	FOL3	Q12676	427 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	RPS22B	Q3E7Y3	130 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	CDC36	P06100	191 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	RPL20A	P0CX23	172 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	RPL20B	P0CX24	172 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	FUB1	P25659	250 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	UGX2	P32772	223 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YOR062C	P36025	268 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	SHR5	P41912	237 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	TPC1	P53257	314 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	RIM9	Q04734	239 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YPL264C	Q08980	353 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	GEP5	Q12393	293 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	FRM2	P37261	193 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YNL208W	P40159	199 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	MOB1	P40484	314 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YIL089W	P40500	205 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	DFG10	P40526	253 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	DYN2	Q02647	92 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YER190C-B	P0CX94	160 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YEL077W-A	P0CX95	160 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YGR296C-B	P0CX96	160 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YPL283W-B	P0CX97	160 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YPR204C-A	P0CX98	160 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	SRB5	P32585	307 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YHR130C	P38834	111 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YNL200C	P40165	246 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YFL065C	P43539	102 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	TDA4	P47153	279 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	MCH4	Q08268	501 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YPR203W	Q08994	102 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	YPQ1	Q12010	308 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SFB3	YHR098C	QCR9	P22289	66 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	TOA2	P32774	122 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YBL059W	P34224	193 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YER085C	P40058	173 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	SWT21	P53873	357 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	HUG1	Q6Q5K6	68 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YKR104W	P0CE69	306 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	ZRT1	P32804	376 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	WSC4	P38739	605 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YAL037W	P39728	267 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	CUZ1	P53899	274 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YLR111W	Q12528	110 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YBR255C-A	Q3E776	120 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	PCL1	P24867	279 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	MPP6	P53725	186 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	MCP1	Q12106	302 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	POC4	Q12245	148 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	SRP21	P32342	167 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	ECM14	P38836	430 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	SAS2	P40963	338 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YIP5	P53108	310 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	CPD1	P53314	239 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YML079W	Q03629	201 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	RPL35A	P0CX84	120 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	RPL35B	P0CX85	120 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	FCY2	P17064	533 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	COX15	P40086	486 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	CUP9	P41817	306 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	VPS71	Q03433	280 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YPL229W	Q99395	206 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YOX1	P34161	385 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	ARP3	P47117	449 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	MIC27	P50945	234 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	VEL1	P53058	206 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YGL118C	P53132	145 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	CRZ1	P53968	678 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YLR365W	Q7LIF2	110 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	MOH1	P38191	138 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YAR068W	P39564	161 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	POP3	P53833	195 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YPR098C	Q06089	161 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	DER1	P38307	211 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YGP1	P38616	354 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	ATX1	P38636	73 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	CYB5	P40312	120 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	VHS2	P40463	436 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	DSK2	P48510	373 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	BRP1	P53194	125 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	ATG21	Q02887	496 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	DPP1	Q05521	289 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YLR361C-A	Q3E795	98 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	RPL7A	P05737	244 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	MRS1	P07266	363 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	SEC72	P39742	193 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	OST2	P46964	130 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	SDS23	P53172	527 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	FHN1	P53279	174 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	BET5	Q03630	159 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YFH1	Q07540	174 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	NCE102	Q12207	173 aa	RIP-Chip data	4.8	□□□□□ -1.64	not detected
SFB3	YHR098C	YIR021W-A	Q3E739	70 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SFB3	YHR098C	YPR108W-A	Q3E7B3	70 aa		4.8	□□□□□ -1.64

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 52.4 ms