RNA–Protein interactions for RNA: YHR088W

RPF1, Transcript of Protein involved in assembly and export of the large ribosomal subunit, yeast

Gene RPF1, Length 888 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RPF1	YHR088W	USB1	Q12208	290 aa	Known RBP	0.98	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	COX5A	P00424	153 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	YHR032W-A	P0C5N6	59 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	EBP2	P36049	427 aa	Known RBP	0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	HSM3	P38348	480 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	YHR125W	P38831	101 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	CTR2	P38865	189 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	DSN1	P40568	576 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	YJR079W	P47126	109 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	YGL185C	P53100	379 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	MAL13	P53338	473 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	CYT2	Q00873	224 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	REX3	Q12090	404 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	YPR011C	Q12251	326 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	BBP1	Q12365	385 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	YBL008W-A	Q3E821	79 aa		0.97	□□□□□ -2.25
RPF1	YHR088W	YSR3	P23501	404 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YHR022C	P38763	256 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YKE4	P40544	346 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	PRM10	P42946	383 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	MRX5	P47007	382 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YDR124W	Q04608	324 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	ATO3	Q12359	275 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	SNF8	Q12483	233 aa		0.96	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YLR462W	O13556	202 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	FPR1	P20081	114 aa	Known RBP	0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	KRR1	P25586	316 aa	Predicted RBP	0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YBR219C	P38317	127 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	SSH1	P38353	490 aa	Known RBP	0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	SVP26	P38869	228 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YEL075C	P39972	122 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YER189W	P40104	122 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	FMP33	P46998	180 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YGR219W	P53307	113 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	BUD25	P85052	153 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	FAR8	Q05040	523 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	CTR3	Q06686	241 aa		0.95	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	MEK1	P24719	497 aa	Predicted RBP	0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	OAC1	P32332	324 aa		0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	DDI1	P40087	428 aa		0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	RPL13B	P40212	199 aa	Known RBP	0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	NUP57	P48837	541 aa		0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	MRH4	P53166	561 aa		0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	PNC1	P53184	216 aa	Known RBP	0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YGL034C	P53186	121 aa		0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	RIO1	Q12196	484 aa	Known RBP	0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	MDY2	Q12285	212 aa		0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	RPL13A	Q12690	199 aa	Predicted RBP	0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	SIR4	P11978	1358 aa		0.94	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	UBR2	Q07963	1872 aa		0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	RPL9A	P05738	191 aa	Known RBP	0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	RPL2A	P0CX45	254 aa	Known RBP	0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	RPL2B	P0CX46	254 aa	Known RBP	0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	MET16	P18408	261 aa	Predicted RBP	0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	ERV15	P38312	142 aa		0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	PEX18	P38855	283 aa		0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	RPL9B	P51401	191 aa	Known RBP	0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	SPP2	Q02521	185 aa		0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	NEJ1	Q06148	342 aa		0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	GMC2	Q06201	188 aa		0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YLR162W	Q06235	118 aa		0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	SYC1	Q08553	188 aa	Predicted RBP	0.93	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	UPS2	P35200	230 aa		0.92	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	FZO1	P38297	855 aa		0.92	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	ATG17	Q06410	417 aa		0.92	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	CSI2	Q08054	341 aa		0.92	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	FMP16	Q12497	93 aa		0.92	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	GRX2	P17695	143 aa	Known RBP	0.91	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	YNR062C	P53748	327 aa		0.91	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	GOT1	Q03554	138 aa		0.91	□□□□□ -2.26
RPF1	YHR088W	OPI1	P21957	404 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	MRPL40	P36534	297 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	THO1	P40040	218 aa	Known RBP	0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	COA1	P40452	197 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YIL001W	P40560	513 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YJR012C	P47087	207 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	RMR1	P53060	241 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	GTR2	P53290	341 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YLR179C	Q06252	201 aa	Known RBP	0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	ARR2	Q06597	130 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YIL002W-A	Q3E7Z5	69 aa		0.9	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	SWI1	P09547	1314 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	STF1	P01098	86 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	MSW1	P04803	379 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	SNA3	P14359	133 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	ERG24	P32462	438 aa	Known RBP	0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YHR180W	P38868	163 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	KAP114	P53067	1004 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YGL159W	P53110	370 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	TOS8	P53147	276 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	SML1	Q04964	104 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YPR147C	Q06522	304 aa	Known RBP	0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YLR030W	Q07967	263 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YPL119C-A	Q3E751	87 aa		0.89	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	VPS3	P23643	1011 aa		0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	VMA11	P32842	164 aa		0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	MSA2	P36157	363 aa		0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	AGE2	P40529	298 aa		0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	YJR056C	P47115	236 aa		0.88	□□□□□ -2.27
RPF1	YHR088W	RRP40	Q08285	240 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27

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