RNA–Protein interactions for RNA: YMR309C

NIP1, Transcript of eIF3c subunit of the eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3), yeast

Gene NIP1, Length 2,439 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NIP1	YMR309C	YGL114W	P53134	725 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	ACT1	P60010	375 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	GRH1	Q04410	372 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RTC5	Q12108	567 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	UTP23	Q12339	254 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SPO24	Q3E752	67 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	PAN1	P32521	1480 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	STE3	P06783	470 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	TFS1	P14306	219 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SCO1	P23833	295 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	FAA1	P30624	700 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	ZRT1	P32804	376 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	BUD2	P33314	1104 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	COY1	P34237	679 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	MBA1	P38300	278 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	POP2	P39008	433 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	LSM4	P40070	187 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YMR134W	P40207	237 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	TAF6	P53040	516 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SWT21	P53873	357 aa	Predicted RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SLM2	P53955	656 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	OSH6	Q02201	448 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	UTP6	Q02354	440 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	CGI121	Q03705	181 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	MYO5	Q04439	1219 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SEC13	Q04491	297 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YLL007C	Q07799	665 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YOR292C	Q08743	309 aa		0.24	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	FKS1	P38631	1876 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YEL009C-A	A0A023PZF2	135 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	HIS3	P06633	220 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RDS1	P25611	832 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	ACB1	P31787	87 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	TPO5	P36029	618 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YSW1	P38280	609 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	PEX32	P38292	413 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YHL044W	P38727	235 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	AVT6	P40074	448 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SYS1	P41544	203 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YFL064C	P43540	174 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RSC1	P53236	928 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YGR168C	P53293	376 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	MRS2	Q01926	470 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	IRC4	Q03036	179 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RVB1	Q03940	463 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	VPS68	Q12016	184 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RRP42	Q12277	265 aa	Predicted RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	UBR2	Q07963	1872 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RPL26A	P05743	127 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	IFM1	P25038	676 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	VPH2	P32341	215 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	DAD2	P36162	133 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	MRPL3	P36516	390 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	TRM7	P38238	310 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	PHO89	P38361	574 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YHR045W	P38775	560 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SPL2	P38839	148 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SOP4	P39543	234 aa	Predicted RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	JEM1	P40358	645 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RPL10	P41805	221 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	LIF1	P53150	421 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RPL26B	P53221	127 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	TVP15	Q03860	143 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SNX41	Q04053	625 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YLR012C	Q07927	99 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SAM4	Q08985	325 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	NBL1	Q3E7Y6	73 aa		0.23	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	GCG1	P32656	232 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	CAT2	P32796	670 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	GPX1	P36014	167 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YHR035W	P38769	630 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	LRP1	P38801	184 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YHR122W	P38829	231 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YFL040W	P43562	540 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YJR146W	P47174	117 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	CUE3	P53137	624 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	SWC4	P53201	476 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YGR266W	P53326	701 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YNL143C	P53908	130 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	FRE6	Q12473	712 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	IZH4	Q99393	312 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	RAD10	P06838	210 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	ZWF1	P11412	505 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	OSM1	P21375	501 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YCR025C	P25352	136 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YBR062C	P38239	180 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	GRE3	P38715	327 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.22	□□□□□ -2.37	not detected
NIP1	YMR309C	SUR2	P38992	349 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YJL027C	P47063	138 aa	Predicted RBP	0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	COG7	P53195	279 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YLR446W	Q06204	433 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	EMC6	Q12431	108 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YAL063C-A	Q3E791	96 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	ISD11	Q6Q560	94 aa		0.22	□□□□□ -2.37
NIP1	YMR309C	YMR316C-A	I2HB70	103 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RNR2	P09938	399 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	KRE6	P32486	720 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ADH5	P38113	351 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RXT2	P38255	430 aa		0.21	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YHL026C	P38740	315 aa		0.21	□□□□□ -2.38

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