RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561505.2

CLN3-208, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CLN3, Length 495 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-208ENST00000561505 PZPP20742 1482 aa26.34■■□□□ 1.81
CLN3-208ENST00000561505 KIF3BO15066 747 aa26.33■■□□□ 1.81
CLN3-208ENST00000561505 KDM5DQ9BY66 1539 aa26.32■■□□□ 1.8
CLN3-208ENST00000561505 TNRQ92752 1358 aa26.3■■□□□ 1.8
CLN3-208ENST00000561505 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP26.29■■□□□ 1.8
CLN3-208ENST00000561505 DISP3Q9P2K9 1392 aa26.29■■□□□ 1.8
CLN3-208ENST00000561505 ILDR2Q71H61 639 aa26.28■■□□□ 1.8
CLN3-208ENST00000561505 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa26.27■■□□□ 1.8
CLN3-208ENST00000561505 MAP3K1Q13233 1512 aa26.26■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 VPS8Q8N3P4 1428 aa26.26■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 MAST1Q9Y2H9 1570 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 MIA2Q96PC5 1412 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 TSPY4P0CV99 314 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 TSPY10P0CW01 314 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 NEURL4Q96JN8 1562 aa26.24■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 NLRP1Q9C000 1473 aa26.23■■□□□ 1.79
CLN3-208ENST00000561505 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP26.2■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 MED14O60244 1454 aa26.19■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 UBAP1LF5GYI3 381 aa26.18■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP26.18■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa26.18■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP26.18■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 SOCS7O14512 581 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 CPS1P31327 1500 aa26.16■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP26.15■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 ANKLE2Q86XL3 938 aa26.15■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 SHANK2Q9UPX8 1470 aa26.15■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 DEPDC5O75140 1603 aa26.14■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP26.14■■□□□ 1.78
CLN3-208ENST00000561505 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP26.14■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 ABCC3O15438 1527 aa26.14■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 MYOM3Q5VTT5 1437 aa26.14■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 UGGT1Q9NYU2 1555 aa26.13■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP26.12■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 MROH1Q8NDA8 1641 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 VWDEQ8N2E2 1590 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-208ENST00000561505 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP26.07■■□□□ 1.76
CLN3-208ENST00000561505 ERVK-7P63135 1459 aa26.06■■□□□ 1.76
CLN3-208ENST00000561505 DUOX2Q9NRD8 1548 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-208ENST00000561505 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-208ENST00000561505 TOM1O60784 492 aa26.02■■□□□ 1.76
CLN3-208ENST00000561505 ALKQ9UM73 1620 aa25.99■■□□□ 1.75
CLN3-208ENST00000561505 IQGAP1P46940 1657 aa25.99■■□□□ 1.75
CLN3-208ENST00000561505 ABCC5O15440 1437 aa25.98■■□□□ 1.75
CLN3-208ENST00000561505 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP25.98■■□□□ 1.75
CLN3-208ENST00000561505 ARHGAP23Q9P227 1491 aa25.97■■□□□ 1.75
CLN3-208ENST00000561505 ERBINQ96RT1 1412 aa25.97■■□□□ 1.75
CLN3-208ENST00000561505 HSPA1LP34931 641 aa25.96■■□□□ 1.75
CLN3-208ENST00000561505 KIF15Q9NS87 1388 aa25.95■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 CEP152O94986 1710 aa25.94■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 UBR1Q8IWV7 1749 aa25.94■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 SLIT1O75093 1534 aa25.93■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 LRRC7Q96NW7 1537 aa25.93■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 STRCP1A6NGW2 1772 aa25.92■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 CROCC2H7BZ55 1655 aa25.92■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 PTPN23Q9H3S7 1636 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 PIP4K2BP78356 416 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-208ENST00000561505 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP25.89■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 DAPK1P53355 1430 aa25.88■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 LTKP29376 864 aa25.88■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 SYNMO15061 1565 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 LMTK2Q8IWU2 1503 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 FGD6Q6ZV73 1430 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa25.86■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP25.84■■□□□ 1.73
CLN3-208ENST00000561505 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 TXNDC2Q86VQ3 553 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 TMEM2Q9UHN6 1383 aa25.81■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa25.79■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 PIK3C2BO00750 1634 aa25.78■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 KANK1Q14678 1352 aa25.78■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 APLP2Q06481 763 aa25.77■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 NOS1P29475 1434 aa25.77■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 ADGRL2O95490 1459 aa25.77■■□□□ 1.72
CLN3-208ENST00000561505 EID1Q9Y6B2 187 aa25.76■■□□□ 1.71
CLN3-208ENST00000561505 IDI1Q13907 227 aa25.75■■□□□ 1.71
CLN3-208ENST00000561505 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP25.74■■□□□ 1.71
CLN3-208ENST00000561505 TET3O43151 1660 aa25.73■■□□□ 1.71
CLN3-208ENST00000561505 EFCAB6Q5THR3 1501 aa25.72■■□□□ 1.71
CLN3-208ENST00000561505 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP25.72■■□□□ 1.71
CLN3-208ENST00000561505 CHIC2Q9UKJ5 165 aa25.69■■□□□ 1.7
CLN3-208ENST00000561505 SLC52A1Q9NWF4 448 aa25.68■■□□□ 1.7
CLN3-208ENST00000561505 FAM135BQ49AJ0 1406 aa25.66■■□□□ 1.7
CLN3-208ENST00000561505 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP25.66■■□□□ 1.7
CLN3-208ENST00000561505 KCNA6P17658 529 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-208ENST00000561505 ADGRB3O60242 1522 aa25.63■■□□□ 1.69
CLN3-208ENST00000561505 STAG3Q9UJ98 1225 aa25.63■■□□□ 1.69
CLN3-208ENST00000561505 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-208ENST00000561505 TMEM94Q12767 1356 aa25.6■■□□□ 1.69
CLN3-208ENST00000561505 NWD1Q149M9 1564 aa25.59■■□□□ 1.69
CLN3-208ENST00000561505 ZFYVE9O95405 1425 aa25.58■■□□□ 1.69
CLN3-208ENST00000561505 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP25.57■■□□□ 1.68
CLN3-208ENST00000561505 SLC26A8Q96RN1 970 aa25.56■■□□□ 1.68
CLN3-208ENST00000561505 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP25.54■■□□□ 1.68
CLN3-208ENST00000561505 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP25.54■■□□□ 1.68
CLN3-208ENST00000561505 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa25.53■■□□□ 1.68
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