RNA–Protein interactions for RNA: YHR004C

NEM1, Transcript of Probable catalytic subunit of Nem1p-Spo7p phosphatase holoenzyme, yeast

Gene NEM1, Length 1,341 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NEM1	YHR004C	TY1A-GR3	P0CX67	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-LR1	P0CX68	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-MR2	P0CX69	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	PSE1	P32337	1089 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-JR2	P47099	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-DR1	Q03856	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-ML1	Q04706	440 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-BR	Q12217	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-NL2	Q12470	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-GR2	Q12485	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	RRN7	P40992	514 aa		10.69	□□□□□ -0.7
NEM1	YHR004C	CLB5	P30283	435 aa		10.68	□□□□□ -0.7
NEM1	YHR004C	MAM3	Q12296	706 aa		10.68	□□□□□ -0.7
NEM1	YHR004C	CST6	P40535	587 aa		10.67	□□□□□ -0.7
NEM1	YHR004C	LAM6	Q08001	693 aa		10.65	□□□□□ -0.7
NEM1	YHR004C	GCR2	Q01722	534 aa		10.64	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	FRK1	Q03002	865 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	KEX2	P13134	814 aa		10.61	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	SAS10	Q12136	610 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	DSF2	P38213	736 aa		10.6	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	DMA1	P38823	416 aa		10.6	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	RGA1	P39083	1007 aa		10.6	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	BRE2	P43132	505 aa		10.58	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	BDP1	P46678	594 aa		10.58	□□□□□ -0.71
NEM1	YHR004C	AIR1	P40507	360 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	CDC4	P07834	779 aa		10.55	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	IES2	P40154	320 aa		10.55	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	ERF2	Q06551	359 aa		10.55	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	CLA4	P48562	842 aa		10.54	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	RTF1	P53064	558 aa		10.54	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	HED1	Q03937	162 aa		10.54	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	SPB4	P25808	606 aa	Predicted RBP	10.53	□□□□□ -0.72
NEM1	YHR004C	TEA1	P47988	759 aa		10.51	□□□□□ -0.73
NEM1	YHR004C	YNL115C	P53925	644 aa		10.5	□□□□□ -0.73
NEM1	YHR004C	PAC1	P39946	494 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
NEM1	YHR004C	TUB4	P53378	473 aa		10.47	□□□□□ -0.73
NEM1	YHR004C	NUP42	P49686	430 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
NEM1	YHR004C	RGA2	Q06407	1009 aa		10.45	□□□□□ -0.74
NEM1	YHR004C	MOD5	P07884	428 aa		10.43	□□□□□ -0.74
NEM1	YHR004C	SIT4	P20604	311 aa		10.43	□□□□□ -0.74
NEM1	YHR004C	GBP2	P25555	427 aa	Known RBP RIP-Chip data	10.43	□□□□□ -0.74	not detected
NEM1	YHR004C	AGE1	Q04412	482 aa		10.43	□□□□□ -0.74
NEM1	YHR004C	GAR1	P28007	205 aa	Known RBP	10.4	□□□□□ -0.74
NEM1	YHR004C	NIS1	P53939	407 aa		10.38	□□□□□ -0.75
NEM1	YHR004C	YPL062W	Q02781	134 aa		10.38	□□□□□ -0.75
NEM1	YHR004C	DIT2	P21595	489 aa		10.37	□□□□□ -0.75
NEM1	YHR004C	KXD1	P53158	218 aa		10.37	□□□□□ -0.75
NEM1	YHR004C	HST3	P53687	447 aa		10.35	□□□□□ -0.75
NEM1	YHR004C	YMR196W	Q04336	1088 aa		10.35	□□□□□ -0.75
NEM1	YHR004C	ASH1	P34233	588 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	PUS5	Q06244	254 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	AFT1	P22149	690 aa		10.32	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	SLY41	P22215	453 aa		10.31	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	TPD3	P31383	635 aa		10.3	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	FPK1	P53739	893 aa		10.3	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	ENV9	Q08651	330 aa		10.3	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	MET32	Q12041	191 aa		10.3	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	MET22	P32179	357 aa		10.29	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	HXT10	P43581	546 aa		10.28	□□□□□ -0.76
NEM1	YHR004C	SYH1	Q02875	849 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
NEM1	YHR004C	TBF1	Q02457	562 aa		10.25	□□□□□ -0.77
NEM1	YHR004C	YDR444W	Q04093	687 aa		10.25	□□□□□ -0.77
NEM1	YHR004C	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
NEM1	YHR004C	PUS6	P53294	404 aa		10.24	□□□□□ -0.77
NEM1	YHR004C	ATF2	P53296	535 aa		10.23	□□□□□ -0.77
NEM1	YHR004C	ALR1	Q08269	859 aa		10.23	□□□□□ -0.77
NEM1	YHR004C	PDC1	P06169	563 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	RPA14	P50106	137 aa		10.2	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	HST2	P53686	357 aa		10.19	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	BUB1	P41695	1021 aa	Known RBP RIP-Chip data	10.17	□□□□□ -0.78	not detected
NEM1	YHR004C	LCB5	Q06147	687 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	YPR097W	Q06839	1073 aa		10.17	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	KIP2	P28743	706 aa		10.16	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	YJR115W	P47152	169 aa		10.16	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	MSB3	P48566	633 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	YDL206W	Q12424	762 aa		10.16	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	MMP1	Q12372	583 aa		10.15	□□□□□ -0.78
NEM1	YHR004C	GLN1	P32288	370 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
NEM1	YHR004C	SCJ1	P25303	377 aa		10.12	□□□□□ -0.79
NEM1	YHR004C	UGA3	P26370	528 aa		10.12	□□□□□ -0.79
NEM1	YHR004C	YNR021W	P53723	404 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
NEM1	YHR004C	TRM1	P15565	570 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
NEM1	YHR004C	IXR1	P33417	597 aa		10.1	□□□□□ -0.79
NEM1	YHR004C	RTT106	P40161	455 aa		10.07	□□□□□ -0.8
NEM1	YHR004C	SRF1	Q12516	437 aa		10.07	□□□□□ -0.8
NEM1	YHR004C	YLR346C	Q06139	101 aa		10.05	□□□□□ -0.8
NEM1	YHR004C	GLC3	P32775	704 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEM1	YHR004C	ESS1	P22696	170 aa		10.03	□□□□□ -0.8
NEM1	YHR004C	MRT4	P33201	236 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
NEM1	YHR004C	PTK2	P47116	818 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
NEM1	YHR004C	YDL176W	Q12027	708 aa		9.99	□□□□□ -0.81
NEM1	YHR004C	AIM7	Q12156	149 aa		9.98	□□□□□ -0.81
NEM1	YHR004C	RQC2	Q12532	1038 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
NEM1	YHR004C	YJU3	P28321	313 aa		9.95	□□□□□ -0.82
NEM1	YHR004C	TYW1	Q08960	810 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
NEM1	YHR004C	VAC17	P25591	423 aa		9.94	□□□□□ -0.82
NEM1	YHR004C	NUP85	P46673	744 aa		9.94	□□□□□ -0.82
NEM1	YHR004C	OPT2	Q06593	877 aa		9.94	□□□□□ -0.82
NEM1	YHR004C	PKH3	Q03306	898 aa	Predicted RBP	9.92	□□□□□ -0.82
NEM1	YHR004C	RSC30	P38781	883 aa		9.91	□□□□□ -0.82

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