RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566600.1

NME3-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 913 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-209	ENST00000566600	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	40.97	■■■■■ 4.15
NME3-209	ENST00000566600	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		40.97	■■■■■ 4.15
NME3-209	ENST00000566600	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		40.95	■■■■■ 4.15
NME3-209	ENST00000566600	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		40.95	■■■■■ 4.15
NME3-209	ENST00000566600	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	40.93	■■■■■ 4.14
NME3-209	ENST00000566600	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	40.91	■■■■■ 4.14
NME3-209	ENST00000566600	NCOA2	Q15596	1464 aa		40.9	■■■■■ 4.14
NME3-209	ENST00000566600	ADGRL1	O94910	1474 aa		40.89	■■■■■ 4.14
NME3-209	ENST00000566600	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	40.87	■■■■■ 4.13
NME3-209	ENST00000566600	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		40.83	■■■■■ 4.13
NME3-209	ENST00000566600	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	40.83	■■■■■ 4.13
NME3-209	ENST00000566600	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		40.82	■■■■■ 4.12
NME3-209	ENST00000566600	RAPGEF3	O95398	923 aa		40.81	■■■■■ 4.12
NME3-209	ENST00000566600	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	40.75	■■■■■ 4.11
NME3-209	ENST00000566600	RICTOR	Q6R327	1708 aa		40.75	■■■■■ 4.11
NME3-209	ENST00000566600	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		40.74	■■■■■ 4.11
NME3-209	ENST00000566600	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		40.73	■■■■■ 4.11
NME3-209	ENST00000566600	ABCC1	P33527	1531 aa		40.72	■■■■■ 4.11
NME3-209	ENST00000566600	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		40.7	■■■■■ 4.11
NME3-209	ENST00000566600	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		40.69	■■■■■ 4.11
NME3-209	ENST00000566600	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		40.66	■■■■■ 4.1
NME3-209	ENST00000566600	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		40.64	■■■■■ 4.1
NME3-209	ENST00000566600	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		40.64	■■■■■ 4.1
NME3-209	ENST00000566600	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		40.61	■■■■■ 4.09
NME3-209	ENST00000566600	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		40.61	■■■■■ 4.09
NME3-209	ENST00000566600	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		40.59	■■■■■ 4.09
NME3-209	ENST00000566600	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		40.57	■■■■■ 4.09
NME3-209	ENST00000566600	AFAP1	Q8N556	730 aa		40.57	■■■■■ 4.09
NME3-209	ENST00000566600	MIA2	Q96PC5	1412 aa		40.57	■■■■■ 4.08
NME3-209	ENST00000566600	KDM5C	P41229	1560 aa		40.56	■■■■■ 4.08
NME3-209	ENST00000566600	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		40.55	■■■■■ 4.08
NME3-209	ENST00000566600	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	40.54	■■■■■ 4.08
NME3-209	ENST00000566600	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	40.54	■■■■■ 4.08
NME3-209	ENST00000566600	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		40.51	■■■■■ 4.08
NME3-209	ENST00000566600	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		40.5	■■■■■ 4.07
NME3-209	ENST00000566600	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		40.49	■■■■■ 4.07
NME3-209	ENST00000566600	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		40.46	■■■■■ 4.07
NME3-209	ENST00000566600	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		40.45	■■■■■ 4.07
NME3-209	ENST00000566600	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		40.44	■■■■■ 4.06
NME3-209	ENST00000566600	MBD5	Q9P267	1494 aa		40.44	■■■■■ 4.06
NME3-209	ENST00000566600	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		40.43	■■■■■ 4.06
NME3-209	ENST00000566600	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		40.42	■■■■■ 4.06
NME3-209	ENST00000566600	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		40.4	■■■■■ 4.06
NME3-209	ENST00000566600	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	40.39	■■■■■ 4.06
NME3-209	ENST00000566600	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		40.36	■■■■■ 4.05
NME3-209	ENST00000566600	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		40.36	■■■■■ 4.05
NME3-209	ENST00000566600	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		40.34	■■■■■ 4.05
NME3-209	ENST00000566600	ATP10A	O60312	1499 aa		40.34	■■■■■ 4.05
NME3-209	ENST00000566600	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	40.33	■■■■■ 4.05
NME3-209	ENST00000566600	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		40.3	■■■■■ 4.04
NME3-209	ENST00000566600	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	40.29	■■■■■ 4.04
NME3-209	ENST00000566600	ATP7A	Q04656	1500 aa		40.28	■■■■■ 4.04
NME3-209	ENST00000566600	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		40.28	■■■■■ 4.04
NME3-209	ENST00000566600	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	40.27	■■■■■ 4.04
NME3-209	ENST00000566600	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		40.27	■■■■■ 4.04
NME3-209	ENST00000566600	ABCA6	Q8N139	1617 aa		40.26	■■■■■ 4.04
NME3-209	ENST00000566600	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		40.25	■■■■■ 4.03
NME3-209	ENST00000566600	TSPY4	P0CV99	314 aa		40.25	■■■■■ 4.03
NME3-209	ENST00000566600	TSPY10	P0CW01	314 aa		40.25	■■■■■ 4.03
NME3-209	ENST00000566600	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	40.24	■■■■■ 4.03
NME3-209	ENST00000566600	RERE	Q9P2R6	1566 aa		40.21	■■■■■ 4.03
NME3-209	ENST00000566600	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	40.14	■■■■■ 4.02
NME3-209	ENST00000566600	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		40.13	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		40.13	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	40.11	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		40.1	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		40.1	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	ABCC5	O15440	1437 aa		40.09	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	DAPK1	P53355	1430 aa		40.08	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		40.08	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		40.08	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	AGL	P35573	1532 aa		40.07	■■■■■ 4.01
NME3-209	ENST00000566600	A2M	P01023	1474 aa		40.07	■■■■■ 4
NME3-209	ENST00000566600	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		40.06	■■■■■ 4
NME3-209	ENST00000566600	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	40.01	■■■■■ 4
NME3-209	ENST00000566600	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		40.01	■■■■■ 4
NME3-209	ENST00000566600	PLXNC1	O60486	1568 aa		40	■■■■□ 3.99
NME3-209	ENST00000566600	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	39.98	■■■■□ 3.99
NME3-209	ENST00000566600	MLEC	Q14165	292 aa		39.97	■■■■□ 3.99
NME3-209	ENST00000566600	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	39.96	■■■■□ 3.99
NME3-209	ENST00000566600	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	39.95	■■■■□ 3.99
NME3-209	ENST00000566600	MADD	Q8WXG6	1647 aa		39.89	■■■■□ 3.98
NME3-209	ENST00000566600	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		39.88	■■■■□ 3.97
NME3-209	ENST00000566600	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		39.87	■■■■□ 3.97
NME3-209	ENST00000566600	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		39.85	■■■■□ 3.97
NME3-209	ENST00000566600	KIF15	Q9NS87	1388 aa		39.84	■■■■□ 3.97
NME3-209	ENST00000566600	ADGRL2	O95490	1459 aa		39.83	■■■■□ 3.97
NME3-209	ENST00000566600	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		39.82	■■■■□ 3.97
NME3-209	ENST00000566600	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		39.82	■■■■□ 3.97
NME3-209	ENST00000566600	NCOA1	Q15788	1441 aa		39.82	■■■■□ 3.96
NME3-209	ENST00000566600	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	39.79	■■■■□ 3.96
NME3-209	ENST00000566600	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	39.79	■■■■□ 3.96
NME3-209	ENST00000566600	KIF3B	O15066	747 aa		39.78	■■■■□ 3.96
NME3-209	ENST00000566600	PTPRM	P28827	1452 aa		39.77	■■■■□ 3.96
NME3-209	ENST00000566600	PTPRK	Q15262	1439 aa		39.76	■■■■□ 3.96
NME3-209	ENST00000566600	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		39.76	■■■■□ 3.96
NME3-209	ENST00000566600	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	39.76	■■■■□ 3.95
NME3-209	ENST00000566600	ITGAE	P38570	1179 aa		39.75	■■■■□ 3.95
NME3-209	ENST00000566600	GGT6	Q6P531	493 aa		39.75	■■■■□ 3.95
NME3-209	ENST00000566600	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		39.74	■■■■□ 3.95

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 78.9 ms