RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000545608.5

USP28-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 28, human

TSL 5

Gene USP28, Length 733 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP28-215	ENST00000545608	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	13.91	□□□□□ -0.18
USP28-215	ENST00000545608	PTPRM	P28827	1452 aa		13.91	□□□□□ -0.18
USP28-215	ENST00000545608	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
USP28-215	ENST00000545608	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		13.9	□□□□□ -0.18
USP28-215	ENST00000545608	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		13.89	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		13.88	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		13.88	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	RICTOR	Q6R327	1708 aa		13.87	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	HECW1	Q76N89	1606 aa		13.87	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		13.87	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		13.86	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	ZBTB22	O15209	634 aa		13.85	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	RNF216	Q9NWF9	866 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		13.85	□□□□□ -0.19
USP28-215	ENST00000545608	MADD	Q8WXG6	1647 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	MLEC	Q14165	292 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		13.83	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	KIF14	Q15058	1648 aa		13.82	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	AFAP1	Q8N556	730 aa		13.81	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	CLIP1	P30622	1438 aa		13.81	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		13.81	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		13.79	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	ATP10A	O60312	1499 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		13.78	□□□□□ -0.2
USP28-215	ENST00000545608	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		13.77	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		13.76	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	HSPA2	P54652	639 aa		13.75	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		13.74	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		13.73	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	KDM5C	P41229	1560 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		13.71	□□□□□ -0.21
USP28-215	ENST00000545608	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		13.7	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		13.69	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		13.69	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	PREX2	Q70Z35	1606 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	FBXO41	Q8TF61	875 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	ABCC1	P33527	1531 aa		13.68	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		13.67	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		13.66	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	13.66	□□□□□ -0.22
USP28-215	ENST00000545608	ABCA6	Q8N139	1617 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	RERE	Q9P2R6	1566 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	13.64	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		13.64	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	AGL	P35573	1532 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		13.63	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	HOXD11	P31277	338 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		13.62	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		13.6	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		13.6	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		13.6	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	CEP162	Q5TB80	1403 aa		13.59	□□□□□ -0.23
USP28-215	ENST00000545608	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		13.58	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		13.57	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	CERK	Q8TCT0	537 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	ZMYM3	Q14202	1370 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	ATP7A	Q04656	1500 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	C3	P01024	1663 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	GGT6	Q6P531	493 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	A2M	P01023	1474 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	MBD5	Q9P267	1494 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	TIAM1	Q13009	1591 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-215	ENST00000545608	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	STRC	Q7RTU9	1775 aa		13.5	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	PLXNC1	O60486	1568 aa		13.49	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	NCOA2	Q15596	1464 aa		13.48	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	NPAT	Q14207	1427 aa		13.48	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		13.47	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	PTPRT	O14522	1441 aa		13.47	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
USP28-215	ENST00000545608	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		13.45	□□□□□ -0.26
USP28-215	ENST00000545608	PTPRK	Q15262	1439 aa		13.45	□□□□□ -0.26
USP28-215	ENST00000545608	NCOA1	Q15788	1441 aa		13.45	□□□□□ -0.26
USP28-215	ENST00000545608	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		13.45	□□□□□ -0.26

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