RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486790.2

RCC1-212, Transcript of regulator of chromosome condensation 1, human

TSL 5

Gene RCC1, Length 481 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RCC1-212	ENST00000486790	MADD	Q8WXG6	1647 aa		43.37	■■■■■ 4.53
RCC1-212	ENST00000486790	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		43.36	■■■■■ 4.53
RCC1-212	ENST00000486790	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	43.35	■■■■■ 4.53
RCC1-212	ENST00000486790	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	43.32	■■■■■ 4.53
RCC1-212	ENST00000486790	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	43.24	■■■■■ 4.51
RCC1-212	ENST00000486790	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		43.23	■■■■■ 4.51
RCC1-212	ENST00000486790	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		43.22	■■■■■ 4.51
RCC1-212	ENST00000486790	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		43.21	■■■■■ 4.51
RCC1-212	ENST00000486790	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		43.17	■■■■■ 4.5
RCC1-212	ENST00000486790	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		43.17	■■■■■ 4.5
RCC1-212	ENST00000486790	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	43.16	■■■■■ 4.5
RCC1-212	ENST00000486790	ATP10A	O60312	1499 aa		43.14	■■■■■ 4.5
RCC1-212	ENST00000486790	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		43.13	■■■■■ 4.49
RCC1-212	ENST00000486790	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		43.12	■■■■■ 4.49
RCC1-212	ENST00000486790	MLEC	Q14165	292 aa		43.1	■■■■■ 4.49
RCC1-212	ENST00000486790	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		43.1	■■■■■ 4.49
RCC1-212	ENST00000486790	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		43.06	■■■■■ 4.48
RCC1-212	ENST00000486790	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		43.05	■■■■■ 4.48
RCC1-212	ENST00000486790	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		43.03	■■■■■ 4.48
RCC1-212	ENST00000486790	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		43.02	■■■■■ 4.48
RCC1-212	ENST00000486790	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		43.02	■■■■■ 4.48
RCC1-212	ENST00000486790	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		43	■■■■■ 4.47
RCC1-212	ENST00000486790	KDM5C	P41229	1560 aa		42.99	■■■■■ 4.47
RCC1-212	ENST00000486790	AFAP1	Q8N556	730 aa		42.99	■■■■■ 4.47
RCC1-212	ENST00000486790	PREX2	Q70Z35	1606 aa		42.97	■■■■■ 4.47
RCC1-212	ENST00000486790	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		42.93	■■■■■ 4.46
RCC1-212	ENST00000486790	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		42.87	■■■■■ 4.45
RCC1-212	ENST00000486790	ABCC1	P33527	1531 aa		42.86	■■■■■ 4.45
RCC1-212	ENST00000486790	FBXO41	Q8TF61	875 aa		42.84	■■■■■ 4.45
RCC1-212	ENST00000486790	RERE	Q9P2R6	1566 aa		42.83	■■■■■ 4.45
RCC1-212	ENST00000486790	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		42.82	■■■■■ 4.44
RCC1-212	ENST00000486790	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		42.82	■■■■■ 4.44
RCC1-212	ENST00000486790	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		42.81	■■■■■ 4.44
RCC1-212	ENST00000486790	HSPA2	P54652	639 aa		42.79	■■■■■ 4.44
RCC1-212	ENST00000486790	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	42.79	■■■■■ 4.44
RCC1-212	ENST00000486790	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		42.76	■■■■■ 4.44
RCC1-212	ENST00000486790	ABCA6	Q8N139	1617 aa		42.73	■■■■■ 4.43
RCC1-212	ENST00000486790	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	42.73	■■■■■ 4.43
RCC1-212	ENST00000486790	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		42.73	■■■■■ 4.43
RCC1-212	ENST00000486790	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	42.7	■■■■■ 4.43
RCC1-212	ENST00000486790	AGL	P35573	1532 aa		42.7	■■■■■ 4.43
RCC1-212	ENST00000486790	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		42.65	■■■■■ 4.42
RCC1-212	ENST00000486790	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	42.65	■■■■■ 4.42
RCC1-212	ENST00000486790	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	42.65	■■■■■ 4.42
RCC1-212	ENST00000486790	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		42.64	■■■■■ 4.42
RCC1-212	ENST00000486790	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	42.64	■■■■■ 4.42
RCC1-212	ENST00000486790	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		42.64	■■■■■ 4.42
RCC1-212	ENST00000486790	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		42.62	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		42.61	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	42.6	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		42.6	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		42.57	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		42.57	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		42.57	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		42.57	■■■■■ 4.41
RCC1-212	ENST00000486790	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	42.53	■■■■■ 4.4
RCC1-212	ENST00000486790	C3	P01024	1663 aa		42.5	■■■■■ 4.39
RCC1-212	ENST00000486790	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		42.45	■■■■■ 4.39
RCC1-212	ENST00000486790	ATP7A	Q04656	1500 aa		42.44	■■■■■ 4.38
RCC1-212	ENST00000486790	CEP162	Q5TB80	1403 aa		42.43	■■■■■ 4.38
RCC1-212	ENST00000486790	CERK	Q8TCT0	537 aa		42.39	■■■■■ 4.38
RCC1-212	ENST00000486790	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	42.37	■■■■■ 4.37
RCC1-212	ENST00000486790	MROH2A	A6NES4	1674 aa		42.36	■■■■■ 4.37
RCC1-212	ENST00000486790	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	42.35	■■■■■ 4.37
RCC1-212	ENST00000486790	A2M	P01023	1474 aa		42.34	■■■■■ 4.37
RCC1-212	ENST00000486790	TIAM1	Q13009	1591 aa		42.32	■■■■■ 4.37
RCC1-212	ENST00000486790	STRC	Q7RTU9	1775 aa		42.31	■■■■■ 4.36
RCC1-212	ENST00000486790	NPAT	Q14207	1427 aa		42.3	■■■■■ 4.36
RCC1-212	ENST00000486790	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		42.28	■■■■■ 4.36
RCC1-212	ENST00000486790	ZMYM3	Q14202	1370 aa		42.27	■■■■■ 4.36
RCC1-212	ENST00000486790	PLXNC1	O60486	1568 aa		42.27	■■■■■ 4.36
RCC1-212	ENST00000486790	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		42.27	■■■■■ 4.36
RCC1-212	ENST00000486790	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		42.21	■■■■■ 4.35
RCC1-212	ENST00000486790	PTPRT	O14522	1441 aa		42.21	■■■■■ 4.35
RCC1-212	ENST00000486790	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		42.21	■■■■■ 4.35
RCC1-212	ENST00000486790	GGT6	Q6P531	493 aa		42.21	■■■■■ 4.35
RCC1-212	ENST00000486790	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	42.2	■■■■■ 4.35
RCC1-212	ENST00000486790	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	42.18	■■■■■ 4.34
RCC1-212	ENST00000486790	MBD5	Q9P267	1494 aa		42.17	■■■■■ 4.34
RCC1-212	ENST00000486790	NCOA2	Q15596	1464 aa		42.13	■■■■■ 4.34
RCC1-212	ENST00000486790	NCOA1	Q15788	1441 aa		42.11	■■■■■ 4.33
RCC1-212	ENST00000486790	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		42.1	■■■■■ 4.33
RCC1-212	ENST00000486790	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	42.07	■■■■■ 4.33
RCC1-212	ENST00000486790	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		42.04	■■■■■ 4.32
RCC1-212	ENST00000486790	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		42.04	■■■■■ 4.32
RCC1-212	ENST00000486790	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		42.03	■■■■■ 4.32
RCC1-212	ENST00000486790	TSPY4	P0CV99	314 aa		42.01	■■■■■ 4.32
RCC1-212	ENST00000486790	TSPY10	P0CW01	314 aa		42.01	■■■■■ 4.32
RCC1-212	ENST00000486790	PTPRK	Q15262	1439 aa		42.01	■■■■■ 4.32
RCC1-212	ENST00000486790	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		41.98	■■■■■ 4.31
RCC1-212	ENST00000486790	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	41.98	■■■■■ 4.31
RCC1-212	ENST00000486790	KIF3B	O15066	747 aa		41.96	■■■■■ 4.31
RCC1-212	ENST00000486790	PKD2	Q13563	968 aa		41.96	■■■■■ 4.31
RCC1-212	ENST00000486790	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		41.95	■■■■■ 4.31
RCC1-212	ENST00000486790	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		41.93	■■■■■ 4.3
RCC1-212	ENST00000486790	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		41.93	■■■■■ 4.3
RCC1-212	ENST00000486790	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	41.93	■■■■■ 4.3
RCC1-212	ENST00000486790	PLA2R1	Q13018	1463 aa		41.92	■■■■■ 4.3
RCC1-212	ENST00000486790	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		41.9	■■■■■ 4.3
RCC1-212	ENST00000486790	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		41.87	■■■■■ 4.29

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 84.1 ms