RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478423.6

NPHP4-208, Transcript of nephrocystin 4, human

TSL 2

Gene NPHP4, Length 4,467 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPHP4-208	ENST00000478423	SPRR2D	P22532	72 aa		4.75	□□□□□ -1.65
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		4.75	□□□□□ -1.65
NPHP4-208	ENST00000478423	MT1E	P04732	61 aa		4.74	□□□□□ -1.65
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP19-6	Q3LI70	58 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP12-4	P60329	112 aa		4.66	□□□□□ -1.66
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		4.59	□□□□□ -1.67
NPHP4-208	ENST00000478423	MT1M	Q8N339	61 aa		4.56	□□□□□ -1.68
NPHP4-208	ENST00000478423	USH2A	O75445	5202 aa		4.54	□□□□□ -1.68
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		4.54	□□□□□ -1.68
NPHP4-208	ENST00000478423	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
NPHP4-208	ENST00000478423	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		4.51	□□□□□ -1.69
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		4.5	□□□□□ -1.69
NPHP4-208	ENST00000478423	KMT2D	O14686	5537 aa		4.49	□□□□□ -1.69
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	4.48	□□□□□ -1.69
NPHP4-208	ENST00000478423	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		4.46	□□□□□ -1.7
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		4.42	□□□□□ -1.7
NPHP4-208	ENST00000478423	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	4.31	□□□□□ -1.72
NPHP4-208	ENST00000478423	MT3	P25713	68 aa		4.27	□□□□□ -1.73
NPHP4-208	ENST00000478423	MT4	P47944	62 aa		4.25	□□□□□ -1.73
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		4.24	□□□□□ -1.73
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		4.19	□□□□□ -1.74
NPHP4-208	ENST00000478423	MT1A	P04731	61 aa		4.18	□□□□□ -1.74
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		4.14	□□□□□ -1.75
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		4.14	□□□□□ -1.75
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		4.14	□□□□□ -1.75
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.13	□□□□□ -1.75
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		4.1	□□□□□ -1.75
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		4.09	□□□□□ -1.75
NPHP4-208	ENST00000478423	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		4.09	□□□□□ -1.75
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		4.05	□□□□□ -1.76
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		4.04	□□□□□ -1.76
NPHP4-208	ENST00000478423	PRM1	P04553	51 aa		4.03	□□□□□ -1.76
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	4.01	□□□□□ -1.77
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		4	□□□□□ -1.77
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE1D	Q5T752	114 aa		4	□□□□□ -1.77
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NPHP4-208	ENST00000478423	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
NPHP4-208	ENST00000478423	SSPO	A2VEC9	5147 aa		3.92	□□□□□ -1.78
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		3.88	□□□□□ -1.79
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		3.87	□□□□□ -1.79
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		3.83	□□□□□ -1.8
NPHP4-208	ENST00000478423	MDN1	Q9NU22	5596 aa		3.75	□□□□□ -1.81
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		3.75	□□□□□ -1.81
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE4A	Q5TA78	99 aa		3.75	□□□□□ -1.81
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-9	P26371	169 aa		3.67	□□□□□ -1.82
NPHP4-208	ENST00000478423	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		3.64	□□□□□ -1.83
NPHP4-208	ENST00000478423	NEB	P20929	6669 aa		3.54	□□□□□ -1.84
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		3.42	□□□□□ -1.86
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		3.32	□□□□□ -1.88
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.24	□□□□□ -1.89
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE1E	Q5T753	118 aa		3.24	□□□□□ -1.89
NPHP4-208	ENST00000478423	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.24	□□□□□ -1.89
NPHP4-208	ENST00000478423	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		3.23	□□□□□ -1.89
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	3.14	□□□□□ -1.91
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		3.13	□□□□□ -1.91
NPHP4-208	ENST00000478423	MUC5AC	P98088	5654 aa		3.05	□□□□□ -1.92
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		3.04	□□□□□ -1.92
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		3.02	□□□□□ -1.93
NPHP4-208	ENST00000478423	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		2.96	□□□□□ -1.93
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		2.86	□□□□□ -1.95
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		2.85	□□□□□ -1.95
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		2.85	□□□□□ -1.95
NPHP4-208	ENST00000478423	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		2.78	□□□□□ -1.96
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		2.76	□□□□□ -1.97
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		2.6	□□□□□ -1.99
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-8	O75690	187 aa		2.54	□□□□□ -2
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		2.46	□□□□□ -2.02
NPHP4-208	ENST00000478423	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	2.32	□□□□□ -2.04
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		2.3	□□□□□ -2.04
NPHP4-208	ENST00000478423	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	2.28	□□□□□ -2.04
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		2.23	□□□□□ -2.05
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		2.17	□□□□□ -2.06
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	2.08	□□□□□ -2.08
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		2.06	□□□□□ -2.08
NPHP4-208	ENST00000478423	PHGR1	C9JFL3	82 aa		2.03	□□□□□ -2.08
NPHP4-208	ENST00000478423	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		1.8	□□□□□ -2.12
NPHP4-208	ENST00000478423	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.31	□□□□□ -2.2

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