RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	COX7A2L	O14548	114 aa		5.65	□□□□□ -1.5
USP3-208	ENST00000558285	TIMM17B	O60830	172 aa		5.65	□□□□□ -1.5
USP3-208	ENST00000558285	COPS9	Q8WXC6	57 aa		5.65	□□□□□ -1.5
USP3-208	ENST00000558285	TRAV13-1	A0A0B4J241	112 aa		5.65	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		5.65	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285		Q5VSD8	79 aa		5.65	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285		Q5XG85	94 aa		5.65	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZSA8	131 aa		5.65	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	UBE2D4	Q9Y2X8	147 aa		5.65	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	GVQW2	A0A096LPI5	108 aa	Predicted RBP	5.64	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	ZNF22	P17026	224 aa	Predicted RBP	5.64	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	5.64	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	LCE4A	Q5TA78	99 aa		5.64	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP26-1	Q6PEX3	210 aa		5.64	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	hADV29S1	A0JD25	119 aa		5.63	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285		H7C2G1	150 aa		5.63	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285		Q6JHZ5	121 aa		5.63	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		5.62	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	PKD1	P98161	4303 aa		5.62	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	BCE1	O60756	84 aa		5.62	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	SCX	Q7RTU7	201 aa		5.62	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	SMCR5	Q8TEV8	140 aa		5.62	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	SMR3B	P02814	79 aa	Predicted RBP	5.61	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	NPC2	P61916	151 aa		5.61	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		5.61	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	HRCT1	Q6UXD1	115 aa		5.61	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	C7orf33	Q8WU49	177 aa		5.61	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	SERP1	Q9Y6X1	66 aa		5.61	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	PKHD1	P08F94	4074 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	VPREB1	P12018	145 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	SYCN	Q0VAF6	134 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	C15orf56	Q8N910	161 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	LITAF	Q99732	161 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	C4orf26	Q17RF5	130 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	ATP5EP2	Q5VTU8	51 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	CIRBP-AS1	Q8TBR5	109 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	CAMK2N2	Q96S95	79 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	DYNC1H1	Q14204	4646 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	TINCR	A0A1B0GVN0	87 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP3-208	ENST00000558285	KIAA1109	Q2LD37	5005 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	HERC2	O95714	4834 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	PFN2	P35080	140 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	SPAG11B	Q08648	103 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	PRY	O14603	147 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	NDUFA1	O15239	70 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	PRSS2	P07478	247 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	RPL37A	P61513	92 aa	Known RBP	5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	RNASE13	Q5GAN3	156 aa	Known RBP	5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	LINC01561	Q8N1V8	128 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	CLEC2B	Q92478	149 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	OXT	P01178	125 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	HAMP	P81172	84 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	COX6A2	Q02221	97 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	DSCR8	Q96T75	97 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	SMIM26	A0A096LP01	95 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	DNAL4	O96015	105 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	ATP5E	P56381	51 aa	Predicted RBP	5.56	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	SPACA4	Q8TDM5	124 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285		V9GYY9	64 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285		A0A087WZ39	114 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3OR16-9	A0A0B4J2B5	98 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	IGKV2-24	A0A0C4DH68	120 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	TRBV10-3	A0A0K0K1G6	114 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	FAM236D	A0A1B0GTK5	79 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	FAM236C	P0DP71	79 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	SEC61G	P60059	68 aa		5.54	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	PLAC8	Q9NZF1	115 aa		5.54	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	LRP1B	Q9NZR2	4599 aa		5.54	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285		A0A087WYN8	130 aa		5.54	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	AFDN-AS1	Q9Y6Z5	254 aa	Predicted RBP	5.54	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285		A0A0A0MQY5	61 aa		5.53	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	SLPI	P03973	132 aa		5.53	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	LINC00242	Q5T6M2	205 aa		5.53	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		5.53	□□□□□ -1.52
USP3-208	ENST00000558285	NDUFC1	O43677	76 aa		5.52	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		5.52	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	5.52	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		5.52	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	RYR1	P21817	5038 aa		5.52	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	ADAMTSL4-AS1	Q5T5F5	129 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZRU5	148 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	CYSTM1	Q9H1C7	97 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285		A0A096LNI7	61 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285		A0A0J9YXV3	536 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	CHTF8	P0CG12	524 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	LAMTOR3	Q9UHA4	124 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	TRAV13-2	A0A0B4J235	113 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285		Q8IZM0	81 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285	C22orf24	Q9Y442	160 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP3-208	ENST00000558285		H0YGX0	51 aa		5.49	□□□□□ -1.53

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