RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	PLN	P26678	52 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPN4-208	ENST00000460289	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPN4-208	ENST00000460289	HERV-K104	P63124	156 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPN4-208	ENST00000460289	LINC00587	B1AMM8	73 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPN4-208	ENST00000460289	SCO1	O75880	301 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A0U1RRA0	63 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	MEIG1	Q5JSS6	88 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	UBE2A	P49459	152 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	SMIM13	P0DJ93	91 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	DPM2	O94777	84 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	LEPROT	O15243	131 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP1LC3C	Q9BXW4	147 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	HERVK_113	P61574	105 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP13-1	Q8IUC0	172 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289		Q8NDZ9	215 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	TMEM126A	Q9H061	195 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	IGKC	P01834	107 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BK	O60814	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BJ	P06899	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BO	P23527	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BB	P33778	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BD	P58876	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BC	P62807	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST2H2BE	Q16778	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST2H2BF	Q5QNW6	126 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	MIR7-3HG	Q8N6C7	128 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BH	Q93079	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BN	Q99877	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	HIST1H2BM	Q99879	126 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	TMEM238	C9JI98	176 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289		M0R378	163 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM19A1	Q7Z5A9	133 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	PMCHL2	Q9BQD1	86 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289		J3QQQ9	107 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	BOD1L2	Q8IYS8	172 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	CRYGA	P11844	174 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	NMU	P48645	174 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	LGALS3	P17931	250 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	PRLH	P81277	87 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PTPN4-208	ENST00000460289	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A087X002	238 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	SYS1-DBNDD2	H3BUS1	97 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	LRP2	P98164	4655 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	LOC107984156	A0A0G2JMH3	177 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	ARL17A	Q8IVW1	177 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	NCR3	O14931	201 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	FAM229B	Q4G0N7	80 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPN4-208	ENST00000460289		E9PLD3	99 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	PRY	O14603	147 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	DAND5	Q8N907	189 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	PET117	Q6UWS5	81 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	S100A12	P80511	92 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	MIEN1	Q9BRT3	115 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	KCNQ1DN	Q9H478	68 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	HIGD2A	Q9BW72	106 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	COA6	Q5JTJ3	125 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	LINC01545	Q5VT33	79 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	TRBV10-3	A0A0K0K1G6	114 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	TRBV10-2	A0A0K0K1G8	114 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289	LINC00337	Q8N6G1	96 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A0J9YXY3	114 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	SPRR1A	P35321	89 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	ETDC	A0A1B0GVM5	59 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	NDUFC2	O95298	119 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	SPANXB1	Q9NS25	103 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	TSPAN13	O95857	204 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	C3orf79	P0CE67	100 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	DDT	P30046	118 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTAP4-16	G5E9R7	235 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF706	Q9Y5V0	76 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	PRR4	Q16378	134 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	ADAMTSL4-AS1	Q5T5F5	129 aa		13.46	□□□□□ -0.25
PTPN4-208	ENST00000460289	KRTDAP	P60985	99 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	SPRR4	Q96PI1	79 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	NPC2	P61916	151 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	SMCR5	Q8TEV8	140 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	C20orf202	A1L168	122 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	TIMM17B	O60830	172 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	SOSTDC1	Q6X4U4	206 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289		B5MCH6	92 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	IGLV6-57	P01721	117 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF815P	A8K554	130 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPN4-208	ENST00000460289	EIF4EBP3	O60516	100 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPN4-208	ENST00000460289	CTAG1A	P78358	180 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPN4-208	ENST00000460289	LITAF	Q99732	161 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPN4-208	ENST00000460289	LINC00308	Q8TCZ7	52 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPN4-208	ENST00000460289	LPA	P08519	4548 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPN4-208	ENST00000460289	S100A1	P23297	94 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPN4-208	ENST00000460289	AKR1D1	P51857	326 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPN4-208	ENST00000460289	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		13.37	□□□□□ -0.27

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