RNA–Protein interactions for RNA: YHR004C

NEM1, Transcript of Probable catalytic subunit of Nem1p-Spo7p phosphatase holoenzyme, yeast

Gene NEM1, Length 1,341 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NEM1	YHR004C	YEL023C	P39992	682 aa		12.25	□□□□□ -0.45
NEM1	YHR004C	GRE2	Q12068	342 aa	Known RBP	12.24	□□□□□ -0.45
NEM1	YHR004C	MIF2	P35201	549 aa		12.22	□□□□□ -0.45
NEM1	YHR004C	SAP30	P38429	201 aa		12.22	□□□□□ -0.45
NEM1	YHR004C	YDL129W	Q07555	291 aa		12.22	□□□□□ -0.45
NEM1	YHR004C	RAM2	P29703	316 aa		12.19	□□□□□ -0.46
NEM1	YHR004C	ATH1	P48016	1211 aa		12.14	□□□□□ -0.47
NEM1	YHR004C	GUT1	P32190	709 aa		12.11	□□□□□ -0.47
NEM1	YHR004C	CHL1	P22516	861 aa	Predicted RBP	12.11	□□□□□ -0.47
NEM1	YHR004C	PTC3	P34221	468 aa	Known RBP	12.11	□□□□□ -0.47
NEM1	YHR004C	COQ8	P27697	501 aa		12.07	□□□□□ -0.48
NEM1	YHR004C	EDS1	P38073	919 aa		12.06	□□□□□ -0.48
NEM1	YHR004C	PRE3	P38624	215 aa		12.05	□□□□□ -0.48
NEM1	YHR004C	BCK2	P33306	851 aa		12	□□□□□ -0.49
NEM1	YHR004C	PML39	Q03760	334 aa		12	□□□□□ -0.49
NEM1	YHR004C	NOP53	Q12080	455 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
NEM1	YHR004C	ELP4	Q02884	456 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
NEM1	YHR004C	NST1	P53935	1240 aa		11.86	□□□□□ -0.51
NEM1	YHR004C	AI4	P03878	556 aa		11.86	□□□□□ -0.51
NEM1	YHR004C	MPH3	P0CE00	602 aa		11.85	□□□□□ -0.51
NEM1	YHR004C	SOL3	P38858	249 aa		11.84	□□□□□ -0.51
NEM1	YHR004C	ARH1	P48360	493 aa		11.82	□□□□□ -0.52
NEM1	YHR004C	PEX29	Q03370	554 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NEM1	YHR004C	MID1	P41821	548 aa		11.8	□□□□□ -0.52
NEM1	YHR004C	VRP1	P37370	817 aa		11.78	□□□□□ -0.52
NEM1	YHR004C	YGR273C	P53329	174 aa		11.76	□□□□□ -0.53
NEM1	YHR004C	YDR344C	Q05510	147 aa		11.74	□□□□□ -0.53
NEM1	YHR004C	XDJ1	P39102	459 aa		11.73	□□□□□ -0.53
NEM1	YHR004C	SPT23	P35210	1082 aa		11.7	□□□□□ -0.54
NEM1	YHR004C	HAP5	Q02516	242 aa		11.67	□□□□□ -0.54
NEM1	YHR004C	ILV3	P39522	585 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
NEM1	YHR004C	SET1	P38827	1080 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
NEM1	YHR004C	MPC54	Q08550	464 aa		11.6	□□□□□ -0.55
NEM1	YHR004C	BNI4	P53858	892 aa		11.6	□□□□□ -0.55
NEM1	YHR004C	SLI15	P38283	698 aa		11.56	□□□□□ -0.56
NEM1	YHR004C	PTC2	P39966	464 aa	Known RBP	11.56	□□□□□ -0.56
NEM1	YHR004C	NMA111	P53920	997 aa		11.54	□□□□□ -0.56
NEM1	YHR004C	DPL1	Q05567	589 aa		11.54	□□□□□ -0.56
NEM1	YHR004C	YML082W	Q04533	649 aa	Known RBP	11.53	□□□□□ -0.56
NEM1	YHR004C	KEX1	P09620	729 aa		11.52	□□□□□ -0.57
NEM1	YHR004C	DPS1	P04802	557 aa	Known RBP	11.48	□□□□□ -0.57
NEM1	YHR004C	IFH1	P39520	1085 aa		11.43	□□□□□ -0.58
NEM1	YHR004C	ISU2	Q12056	156 aa		11.43	□□□□□ -0.58
NEM1	YHR004C	RPP1B	P10622	106 aa	Known RBP	11.39	□□□□□ -0.59
NEM1	YHR004C	UBP14	P38237	781 aa	Known RBP	11.39	□□□□□ -0.59
NEM1	YHR004C	YLR326W	Q06170	240 aa	Known RBP	11.39	□□□□□ -0.59
NEM1	YHR004C	VHR2	P40041	505 aa		11.38	□□□□□ -0.59
NEM1	YHR004C	RAD54	P32863	898 aa		11.35	□□□□□ -0.59
NEM1	YHR004C	CDC73	Q06697	393 aa		11.34	□□□□□ -0.59
NEM1	YHR004C	PCS60	P38137	543 aa	Known RBP RIP-Chip data	11.32	□□□□□ -0.6	RIP-Chip
NEM1	YHR004C	KIC1	P38692	1080 aa		11.28	□□□□□ -0.6
NEM1	YHR004C	GYP1	Q08484	637 aa		11.24	□□□□□ -0.61
NEM1	YHR004C	RAM1	P22007	431 aa		11.23	□□□□□ -0.61
NEM1	YHR004C	YPR015C	Q12531	247 aa		11.22	□□□□□ -0.61
NEM1	YHR004C	REF2	P42073	533 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
NEM1	YHR004C	YPR148C	Q06523	435 aa		11.19	□□□□□ -0.62
NEM1	YHR004C	SAS4	Q04003	481 aa		11.18	□□□□□ -0.62
NEM1	YHR004C	PEX21	P50091	288 aa		11.17	□□□□□ -0.62
NEM1	YHR004C	YDR090C	Q03193	310 aa		11.17	□□□□□ -0.62
NEM1	YHR004C	PDR1	P12383	1068 aa		11.15	□□□□□ -0.62
NEM1	YHR004C	CSC1	Q06538	782 aa		11.1	□□□□□ -0.63
NEM1	YHR004C	TFB4	Q12004	338 aa		11.09	□□□□□ -0.63
NEM1	YHR004C	VPS70	P47161	811 aa		11.08	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	MAK21	Q12176	1025 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	RAS1	P01119	309 aa		11.07	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	SRC1	Q03707	834 aa		11.07	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	YRR1	Q12172	810 aa		11.07	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	AMS1	P22855	1083 aa		11.06	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	MRF1	P30775	413 aa	Predicted RBP	11.05	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	GAP1	P19145	602 aa	Predicted RBP	11.03	□□□□□ -0.64
NEM1	YHR004C	COX6	P00427	148 aa		11.02	□□□□□ -0.65
NEM1	YHR004C	TUM1	Q08686	304 aa	Known RBP	11.01	□□□□□ -0.65
NEM1	YHR004C	YEL077C	Q3E7X8	1277 aa		11.01	□□□□□ -0.65
NEM1	YHR004C	PRT1	P06103	763 aa	Known RBP	10.99	□□□□□ -0.65
NEM1	YHR004C	NPL4	P33755	580 aa		10.98	□□□□□ -0.65
NEM1	YHR004C	BUD20	Q08004	166 aa	Predicted RBP	10.97	□□□□□ -0.65
NEM1	YHR004C	ORC6	P38826	435 aa		10.96	□□□□□ -0.65
NEM1	YHR004C	NUD1	P32336	851 aa		10.94	□□□□□ -0.66
NEM1	YHR004C	TRK1	P12685	1235 aa		10.92	□□□□□ -0.66
NEM1	YHR004C	STR2	P47164	639 aa		10.92	□□□□□ -0.66
NEM1	YHR004C	SDH2	P21801	266 aa		10.91	□□□□□ -0.66
NEM1	YHR004C	CKB1	P43639	278 aa		10.9	□□□□□ -0.66
NEM1	YHR004C	ISM1	P48526	1002 aa		10.9	□□□□□ -0.66
NEM1	YHR004C	ERG12	P07277	443 aa		10.89	□□□□□ -0.67
NEM1	YHR004C	MVP1	P40959	511 aa	Known RBP	10.89	□□□□□ -0.67
NEM1	YHR004C	GCD11	P32481	527 aa	Known RBP	10.85	□□□□□ -0.67
NEM1	YHR004C	RGR1	P19263	1082 aa		10.82	□□□□□ -0.68
NEM1	YHR004C	SPT16	P32558	1035 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
NEM1	YHR004C	YPR109W	Q06104	294 aa		10.82	□□□□□ -0.68
NEM1	YHR004C	PBS2	P08018	668 aa		10.8	□□□□□ -0.68
NEM1	YHR004C	PAT1	P25644	796 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
NEM1	YHR004C	SEC2	P17065	759 aa		10.73	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-DR4	O74302	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-H	P0C2I4	478 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-A	P0CX57	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-PR1	P0CX58	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-OR	P0CX59	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-PR2	P0CX60	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-DR5	P0CX65	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69
NEM1	YHR004C	TY1A-ER2	P0CX66	440 aa		10.72	□□□□□ -0.69

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