RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493853.1

RBM39-238, Transcript of RNA binding motif protein 39, human

TSL 4

Gene RBM39, Length 567 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RBM39-238	ENST00000493853	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		13.88	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		13.88	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		13.87	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		13.86	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		13.85	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	CFTR	P13569	1480 aa		13.84	□□□□□ -0.19
RBM39-238	ENST00000493853	WDR62	O43379	1518 aa		13.79	□□□□□ -0.2
RBM39-238	ENST00000493853	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		13.76	□□□□□ -0.21
RBM39-238	ENST00000493853	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		13.74	□□□□□ -0.21
RBM39-238	ENST00000493853	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	13.73	□□□□□ -0.21
RBM39-238	ENST00000493853	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
RBM39-238	ENST00000493853	PRR29	P0C7W0	189 aa		13.68	□□□□□ -0.22
RBM39-238	ENST00000493853	TRIM41	Q8WV44	630 aa		13.67	□□□□□ -0.22
RBM39-238	ENST00000493853	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		13.62	□□□□□ -0.23
RBM39-238	ENST00000493853	PRKAR2A	P13861	404 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
RBM39-238	ENST00000493853	FKBP8	Q14318	412 aa		13.6	□□□□□ -0.23
RBM39-238	ENST00000493853	ABCC8	Q09428	1581 aa		13.58	□□□□□ -0.23
RBM39-238	ENST00000493853	IFT140	Q96RY7	1462 aa		13.58	□□□□□ -0.24
RBM39-238	ENST00000493853	TOPBP1	Q92547	1522 aa		13.56	□□□□□ -0.24
RBM39-238	ENST00000493853	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
RBM39-238	ENST00000493853	CHADL	Q6NUI6	762 aa		13.53	□□□□□ -0.24
RBM39-238	ENST00000493853	PROM2	Q8N271	834 aa		13.53	□□□□□ -0.24
RBM39-238	ENST00000493853	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
RBM39-238	ENST00000493853	PRDM2	Q13029	1718 aa		13.51	□□□□□ -0.25
RBM39-238	ENST00000493853	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		13.49	□□□□□ -0.25
RBM39-238	ENST00000493853	HAX1	O00165	279 aa		13.46	□□□□□ -0.25
RBM39-238	ENST00000493853	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	13.46	□□□□□ -0.25	1e-19	■■■■■ 31.9
RBM39-238	ENST00000493853	SOGA1	O94964	1423 aa		13.45	□□□□□ -0.26
RBM39-238	ENST00000493853	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
RBM39-238	ENST00000493853	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
RBM39-238	ENST00000493853	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		13.41	□□□□□ -0.26
RBM39-238	ENST00000493853	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
RBM39-238	ENST00000493853	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
RBM39-238	ENST00000493853	CREBZF	Q9NS37	354 aa		13.38	□□□□□ -0.27
RBM39-238	ENST00000493853	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
RBM39-238	ENST00000493853	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RBM39-238	ENST00000493853	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		13.36	□□□□□ -0.27
RBM39-238	ENST00000493853	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
RBM39-238	ENST00000493853	CUX1	P39880	1505 aa		13.33	□□□□□ -0.28
RBM39-238	ENST00000493853	ARHGEF11	O15085	1522 aa		13.31	□□□□□ -0.28
RBM39-238	ENST00000493853	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		13.3	□□□□□ -0.28
RBM39-238	ENST00000493853	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		13.3	□□□□□ -0.28
RBM39-238	ENST00000493853	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		13.3	□□□□□ -0.28
RBM39-238	ENST00000493853	GRIN2B	Q13224	1484 aa		13.29	□□□□□ -0.28
RBM39-238	ENST00000493853	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		13.29	□□□□□ -0.28
RBM39-238	ENST00000493853	C19orf67	A6NJJ6	358 aa		13.27	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	WDR97	A6NE52	1622 aa		13.25	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		13.25	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	EVX2	Q03828	476 aa		13.25	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	MIER1	Q8N108	512 aa		13.25	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	13.24	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	CHD1	O14646	1710 aa		13.23	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	PLEKHG5	O94827	1062 aa		13.23	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	SYNJ2	O15056	1496 aa		13.23	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	FBXO3	Q9UK99	471 aa		13.21	□□□□□ -0.29
RBM39-238	ENST00000493853	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		13.2	□□□□□ -0.3
RBM39-238	ENST00000493853	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	13.2	□□□□□ -0.3
RBM39-238	ENST00000493853	PLCD3	Q8N3E9	789 aa		13.2	□□□□□ -0.3
RBM39-238	ENST00000493853	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	13.19	□□□□□ -0.3
RBM39-238	ENST00000493853	SYNJ1	O43426	1573 aa		13.19	□□□□□ -0.3
RBM39-238	ENST00000493853	ARAP1	Q96P48	1450 aa		13.17	□□□□□ -0.3
RBM39-238	ENST00000493853	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	13.17	□□□□□ -0.3
RBM39-238	ENST00000493853	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		13.13	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	TOP2B	Q02880	1626 aa		13.11	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		13.1	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		13.09	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		13.09	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	GRIN2A	Q12879	1464 aa		13.09	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	PBRM1	Q86U86	1689 aa		13.08	□□□□□ -0.31
RBM39-238	ENST00000493853	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		13.06	□□□□□ -0.32
RBM39-238	ENST00000493853	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	13.05	□□□□□ -0.32
RBM39-238	ENST00000493853	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		13.03	□□□□□ -0.32
RBM39-238	ENST00000493853	NUP160	Q12769	1436 aa		13.03	□□□□□ -0.32
RBM39-238	ENST00000493853	VASP	P50552	380 aa	Predicted RBP	13.02	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	JPH4	Q96JJ6	628 aa		13.02	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	ADAMTS12	P58397	1594 aa		13.02	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	GABBR2	O75899	941 aa		13	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	CEP170	Q5SW79	1584 aa		12.98	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	12.98	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	12.98	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	KIF27	Q86VH2	1401 aa		12.97	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	12.97	□□□□□ -0.33
RBM39-238	ENST00000493853	IGF1R	P08069	1367 aa		12.95	□□□□□ -0.34
RBM39-238	ENST00000493853	KLHL34	Q8N239	644 aa		12.94	□□□□□ -0.34
RBM39-238	ENST00000493853	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		12.94	□□□□□ -0.34
RBM39-238	ENST00000493853	CLCN6	P51797	869 aa		12.93	□□□□□ -0.34
RBM39-238	ENST00000493853	RASEF	Q8IZ41	740 aa		12.91	□□□□□ -0.34
RBM39-238	ENST00000493853	PHF12	Q96QT6	1004 aa		12.91	□□□□□ -0.34
RBM39-238	ENST00000493853	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		12.9	□□□□□ -0.34
RBM39-238	ENST00000493853	SHROOM2	Q13796	1616 aa		12.88	□□□□□ -0.35
RBM39-238	ENST00000493853	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		12.88	□□□□□ -0.35
RBM39-238	ENST00000493853	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	12.88	□□□□□ -0.35
RBM39-238	ENST00000493853	NUBP1	P53384	320 aa		12.87	□□□□□ -0.35
RBM39-238	ENST00000493853	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		12.84	□□□□□ -0.35
RBM39-238	ENST00000493853	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		12.83	□□□□□ -0.36

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 93.8 ms