RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-215ENST00000478473 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa40.25■■■■■ 4.03
C9orf3-215ENST00000478473 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa40.22■■■■■ 4.03
C9orf3-215ENST00000478473 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP40.21■■■■■ 4.03
C9orf3-215ENST00000478473 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.98■■■■□ 3.99
C9orf3-215ENST00000478473 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa39.97■■■■□ 3.99
C9orf3-215ENST00000478473 IQGAP2Q13576 1575 aa39.85■■■■□ 3.97
C9orf3-215ENST00000478473 PRXQ9BXM0 1461 aa39.78■■■■□ 3.96
C9orf3-215ENST00000478473 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa39.75■■■■□ 3.95
C9orf3-215ENST00000478473 UGGT2Q9NYU1 1516 aa39.7■■■■□ 3.95
C9orf3-215ENST00000478473 TNIKQ9UKE5 1360 aa39.68■■■■□ 3.94
C9orf3-215ENST00000478473 PTPRGP23470 1445 aa39.67■■■■□ 3.94
C9orf3-215ENST00000478473 ADCY10Q96PN6 1610 aa39.67■■■■□ 3.94
C9orf3-215ENST00000478473 DISP1Q96F81 1524 aa39.66■■■■□ 3.94
C9orf3-215ENST00000478473 MAPKBP1O60336 1514 aa39.6■■■■□ 3.93
C9orf3-215ENST00000478473 EEA1Q15075 1411 aa39.57■■■■□ 3.92
C9orf3-215ENST00000478473 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP39.55■■■■□ 3.92
C9orf3-215ENST00000478473 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa39.54■■■■□ 3.92
C9orf3-215ENST00000478473 CSRNP3Q8WYN3 585 aa39.54■■■■□ 3.92
C9orf3-215ENST00000478473 KIAA0556O60303 1618 aa39.49■■■■□ 3.91
C9orf3-215ENST00000478473 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa39.49■■■■□ 3.91
C9orf3-215ENST00000478473 ABCC10Q5T3U5 1492 aa39.46■■■■□ 3.91
C9orf3-215ENST00000478473 KIF13AQ9H1H9 1805 aa39.45■■■■□ 3.91
C9orf3-215ENST00000478473 ABCC2Q92887 1545 aa39.43■■■■□ 3.9
C9orf3-215ENST00000478473 UACAQ9BZF9 1416 aa39.41■■■■□ 3.9
C9orf3-215ENST00000478473 GOLGA3Q08378 1498 aa39.39■■■■□ 3.9
C9orf3-215ENST00000478473 DIP2BQ9P265 1576 aa39.33■■■■□ 3.89
C9orf3-215ENST00000478473 CHIC1Q5VXU3 224 aa39.32■■■■□ 3.89
C9orf3-215ENST00000478473 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP39.32■■■■□ 3.88
C9orf3-215ENST00000478473 FAM69CQ0P6D2 419 aa39.29■■■■□ 3.88
C9orf3-215ENST00000478473 KDM5BQ9UGL1 1544 aa39.28■■■■□ 3.88
C9orf3-215ENST00000478473 PLB1Q6P1J6 1458 aa39.21■■■■□ 3.87
C9orf3-215ENST00000478473 ASXL2Q76L83 1435 aa39.18■■■■□ 3.86
C9orf3-215ENST00000478473 KIF21BO75037 1637 aa39.14■■■■□ 3.86
C9orf3-215ENST00000478473 ABCA8O94911 1581 aa39.14■■■■□ 3.86
C9orf3-215ENST00000478473 SAMD9Q5K651 1589 aa39.11■■■■□ 3.85
C9orf3-215ENST00000478473 GLI2P10070 1586 aa39.1■■■■□ 3.85
C9orf3-215ENST00000478473 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP39.08■■■■□ 3.85
C9orf3-215ENST00000478473 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP39.08■■■■□ 3.85
C9orf3-215ENST00000478473 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP38.98■■■■□ 3.83
C9orf3-215ENST00000478473 WDR7Q9Y4E6 1490 aa38.92■■■■□ 3.82
C9orf3-215ENST00000478473 P3H3Q8IVL6 736 aa38.91■■■■□ 3.82
C9orf3-215ENST00000478473 TSPOAP1O95153 1857 aa38.85■■■■□ 3.81
C9orf3-215ENST00000478473 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP38.84■■■■□ 3.81
C9orf3-215ENST00000478473 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa38.84■■■■□ 3.81
C9orf3-215ENST00000478473 EFCAB5A4FU69 1503 aa38.84■■■■□ 3.81
C9orf3-215ENST00000478473 ATP10BO94823 1461 aa38.8■■■■□ 3.8
C9orf3-215ENST00000478473 KDM6BO15054 1643 aa38.78■■■■□ 3.8
C9orf3-215ENST00000478473 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa38.77■■■■□ 3.8
C9orf3-215ENST00000478473 FHOD3Q2V2M9 1422 aa38.75■■■■□ 3.79
C9orf3-215ENST00000478473 TEX14Q8IWB6 1497 aa38.69■■■■□ 3.78
C9orf3-215ENST00000478473 UBTFP17480 764 aaKnown RBP38.68■■■■□ 3.78
C9orf3-215ENST00000478473 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP38.67■■■■□ 3.78
C9orf3-215ENST00000478473 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP38.66■■■■□ 3.78
C9orf3-215ENST00000478473 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa38.63■■■■□ 3.78
C9orf3-215ENST00000478473 CFAP43Q8NDM7 1665 aa38.63■■■■□ 3.77
C9orf3-215ENST00000478473 CD109Q6YHK3 1445 aa38.6■■■■□ 3.77
C9orf3-215ENST00000478473 KCNH8Q96L42 1107 aa38.59■■■■□ 3.77
C9orf3-215ENST00000478473 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP38.56■■■■□ 3.76
C9orf3-215ENST00000478473 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa38.55■■■■□ 3.76
C9orf3-215ENST00000478473 ARID3CA6NKF2 412 aa38.55■■■■□ 3.76
C9orf3-215ENST00000478473 EHMT2Q96KQ7 1210 aa38.49■■■■□ 3.75
C9orf3-215ENST00000478473 ABCA9Q8IUA7 1624 aa38.49■■■■□ 3.75
C9orf3-215ENST00000478473 FMN1Q68DA7 1419 aa38.47■■■■□ 3.75
C9orf3-215ENST00000478473 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP38.4■■■■□ 3.74
C9orf3-215ENST00000478473 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP38.4■■■■□ 3.74
C9orf3-215ENST00000478473 PLEKHD1A6NEE1 506 aa38.36■■■■□ 3.73
C9orf3-215ENST00000478473 PHLDB1Q86UU1 1377 aa38.34■■■■□ 3.73
C9orf3-215ENST00000478473 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP38.32■■■■□ 3.72
C9orf3-215ENST00000478473 ARAP3Q8WWN8 1544 aa38.32■■■■□ 3.72
C9orf3-215ENST00000478473 HECW1Q76N89 1606 aa38.28■■■■□ 3.72
C9orf3-215ENST00000478473 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP38.27■■■■□ 3.72
C9orf3-215ENST00000478473 NEO1Q92859 1461 aa38.25■■■■□ 3.71
C9orf3-215ENST00000478473 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP38.19■■■■□ 3.7
C9orf3-215ENST00000478473 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa38.18■■■■□ 3.7
C9orf3-215ENST00000478473 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa38.13■■■■□ 3.7
C9orf3-215ENST00000478473 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP38.11■■■■□ 3.69
C9orf3-215ENST00000478473 CLIP1P30622 1438 aa38.11■■■■□ 3.69
C9orf3-215ENST00000478473 TTC37Q6PGP7 1564 aa38.09■■■■□ 3.69
C9orf3-215ENST00000478473 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP38.07■■■■□ 3.68
C9orf3-215ENST00000478473 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa38.05■■■■□ 3.68
C9orf3-215ENST00000478473 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP38.04■■■■□ 3.68
C9orf3-215ENST00000478473 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP38.03■■■■□ 3.68
C9orf3-215ENST00000478473 FANCAO15360 1455 aa38.02■■■■□ 3.68
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC18Q5T9S5 1454 aa38.02■■■■□ 3.68
C9orf3-215ENST00000478473 PLCH2O75038 1416 aa38.01■■■■□ 3.68
C9orf3-215ENST00000478473 CFAP74Q9C0B2 1584 aa38.01■■■■□ 3.67
C9orf3-215ENST00000478473 AKNAQ7Z591 1439 aa38■■■■□ 3.67
C9orf3-215ENST00000478473 FYCO1Q9BQS8 1478 aa37.99■■■■□ 3.67
C9orf3-215ENST00000478473 ADGRL1O94910 1474 aa37.98■■■■□ 3.67
C9orf3-215ENST00000478473 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa37.97■■■■□ 3.67
C9orf3-215ENST00000478473 RAPGEF3O95398 923 aa37.96■■■■□ 3.67
C9orf3-215ENST00000478473 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP37.92■■■■□ 3.66
C9orf3-215ENST00000478473 KIF14Q15058 1648 aa37.92■■■■□ 3.66
C9orf3-215ENST00000478473 RICTORQ6R327 1708 aa37.87■■■■□ 3.65
C9orf3-215ENST00000478473 MYO5CQ9NQX4 1742 aa37.84■■■■□ 3.65
C9orf3-215ENST00000478473 CEP162Q5TB80 1403 aa37.82■■■■□ 3.64
C9orf3-215ENST00000478473 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa37.81■■■■□ 3.64
C9orf3-215ENST00000478473 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa37.81■■■■□ 3.64
C9orf3-215ENST00000478473 SCAPERQ9BY12 1400 aa37.75■■■■□ 3.63
C9orf3-215ENST00000478473 MAGI2Q86UL8 1455 aa37.74■■■■□ 3.63
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.9 ms