RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000404008.6

USP42-202, Transcript of ubiquitin specific peptidase 42, humanhuman

TSL 2

Gene USP42, Length 1,380 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP42-202ENST00000404008 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa48.36■■■■■ 5.33
USP42-202ENST00000404008 SHROOM2Q13796 1616 aa48.31■■■■■ 5.32
USP42-202ENST00000404008 IQGAP2Q13576 1575 aa48.26■■■■■ 5.32
USP42-202ENST00000404008 GOLGA3Q08378 1498 aa48.25■■■■■ 5.32
USP42-202ENST00000404008 ARHGEF11O15085 1522 aa48.14■■■■■ 5.3
USP42-202ENST00000404008 JPH4Q96JJ6 628 aa48.13■■■■■ 5.29
USP42-202ENST00000404008 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa48.11■■■■■ 5.29
USP42-202ENST00000404008 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa48.11■■■■■ 5.29
USP42-202ENST00000404008 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa48.11■■■■■ 5.29
USP42-202ENST00000404008 EHMT2Q96KQ7 1210 aa48.1■■■■■ 5.29
USP42-202ENST00000404008 ERCC6L2Q5T890 1561 aa48.02■■■■■ 5.28
USP42-202ENST00000404008 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP48.01■■■■■ 5.28
USP42-202ENST00000404008 UGGT2Q9NYU1 1516 aa48.01■■■■■ 5.28
USP42-202ENST00000404008 UBTFP17480 764 aaKnown RBP47.99■■■■■ 5.27
USP42-202ENST00000404008 DISP1Q96F81 1524 aa47.86■■■■■ 5.25
USP42-202ENST00000404008 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa47.81■■■■■ 5.24
USP42-202ENST00000404008 KIAA0556O60303 1618 aa47.8■■■■■ 5.24
USP42-202ENST00000404008 ARAP1Q96P48 1450 aa47.8■■■■■ 5.24
USP42-202ENST00000404008 SAMD9Q5K651 1589 aa47.74■■■■■ 5.23
USP42-202ENST00000404008 TNIKQ9UKE5 1360 aa47.73■■■■■ 5.23
USP42-202ENST00000404008 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa47.68■■■■■ 5.22
USP42-202ENST00000404008 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP47.63■■■■■ 5.22
USP42-202ENST00000404008 EFCAB5A4FU69 1503 aa47.62■■■■■ 5.21
USP42-202ENST00000404008 CYB5RLQ6IPT4 315 aa47.56■■■■■ 5.2
USP42-202ENST00000404008 PTPRGP23470 1445 aa47.51■■■■■ 5.2
USP42-202ENST00000404008 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa47.48■■■■■ 5.19
USP42-202ENST00000404008 P3H3Q8IVL6 736 aa47.47■■■■■ 5.19
USP42-202ENST00000404008 FHOD3Q2V2M9 1422 aa47.41■■■■■ 5.18
USP42-202ENST00000404008 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP47.41■■■■■ 5.18
USP42-202ENST00000404008 CLIP1P30622 1438 aa47.38■■■■■ 5.18
USP42-202ENST00000404008 CEP162Q5TB80 1403 aa47.35■■■■■ 5.17
USP42-202ENST00000404008 ADCY10Q96PN6 1610 aa47.28■■■■■ 5.16
USP42-202ENST00000404008 UACAQ9BZF9 1416 aa47.23■■■■■ 5.15
USP42-202ENST00000404008 ABCA8O94911 1581 aa47.23■■■■■ 5.15
USP42-202ENST00000404008 PLB1Q6P1J6 1458 aa47.22■■■■■ 5.15
USP42-202ENST00000404008 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa47.19■■■■■ 5.15
USP42-202ENST00000404008 ABCC2Q92887 1545 aa47.19■■■■■ 5.14
USP42-202ENST00000404008 FMN1Q68DA7 1419 aa47.13■■■■■ 5.13
USP42-202ENST00000404008 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa47.12■■■■■ 5.13
USP42-202ENST00000404008 KDM5BQ9UGL1 1544 aa46.97■■■■■ 5.11
USP42-202ENST00000404008 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP46.93■■■■■ 5.1
USP42-202ENST00000404008 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP46.92■■■■■ 5.1
USP42-202ENST00000404008 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP46.91■■■■■ 5.1
USP42-202ENST00000404008 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP46.9■■■■■ 5.1
USP42-202ENST00000404008 HECW1Q76N89 1606 aa46.89■■■■■ 5.1
USP42-202ENST00000404008 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa46.84■■■■■ 5.09
USP42-202ENST00000404008 MAPKBP1O60336 1514 aa46.82■■■■■ 5.09
USP42-202ENST00000404008 FYCO1Q9BQS8 1478 aa46.8■■■■■ 5.08
USP42-202ENST00000404008 ATP10BO94823 1461 aa46.79■■■■■ 5.08
USP42-202ENST00000404008 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa46.78■■■■■ 5.08
USP42-202ENST00000404008 ARID3CA6NKF2 412 aa46.74■■■■■ 5.07
USP42-202ENST00000404008 VPS8Q8N3P4 1428 aa46.74■■■■■ 5.07
USP42-202ENST00000404008 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP46.71■■■■■ 5.07
USP42-202ENST00000404008 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP46.7■■■■■ 5.07
USP42-202ENST00000404008 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP46.67■■■■■ 5.06
USP42-202ENST00000404008 ASXL2Q76L83 1435 aa46.66■■■■■ 5.06
USP42-202ENST00000404008 CCDC18Q5T9S5 1454 aa46.6■■■■■ 5.05
USP42-202ENST00000404008 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP46.57■■■■■ 5.05
USP42-202ENST00000404008 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP46.57■■■■■ 5.05
USP42-202ENST00000404008 WDR7Q9Y4E6 1490 aa46.55■■■■■ 5.04
USP42-202ENST00000404008 DIP2BQ9P265 1576 aa46.49■■■■■ 5.03
USP42-202ENST00000404008 KIF13AQ9H1H9 1805 aa46.47■■■■■ 5.03
USP42-202ENST00000404008 ABCC10Q5T3U5 1492 aa46.47■■■■■ 5.03
USP42-202ENST00000404008 CFAP43Q8NDM7 1665 aa46.41■■■■■ 5.02
USP42-202ENST00000404008 PLEKHD1A6NEE1 506 aa46.38■■■■■ 5.02
USP42-202ENST00000404008 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP46.35■■■■■ 5.01
USP42-202ENST00000404008 GLI2P10070 1586 aa46.35■■■■■ 5.01
USP42-202ENST00000404008 TRHP20396 242 aaPredicted RBP46.35■■■■■ 5.01
USP42-202ENST00000404008 TIAM1Q13009 1591 aa46.33■■■■■ 5.01
USP42-202ENST00000404008 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa46.32■■■■■ 5.01
USP42-202ENST00000404008 KCNH8Q96L42 1107 aa46.29■■■■■ 5
USP42-202ENST00000404008 FAM69CQ0P6D2 419 aa46.28■■■■■ 5
USP42-202ENST00000404008 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP46.28■■■■■ 5
USP42-202ENST00000404008 MAP3K1Q13233 1512 aa46.28■■■■■ 5
USP42-202ENST00000404008 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa46.21■■■■■ 4.99
USP42-202ENST00000404008 ABCA9Q8IUA7 1624 aa46.2■■■■■ 4.99
USP42-202ENST00000404008 KIF14Q15058 1648 aa46.19■■■■■ 4.98
USP42-202ENST00000404008 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa46.14■■■■■ 4.98
USP42-202ENST00000404008 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP46.13■■■■■ 4.97
USP42-202ENST00000404008 MTUS2Q5JR59 1369 aa46.12■■■■■ 4.97
USP42-202ENST00000404008 TTC37Q6PGP7 1564 aa46.1■■■■■ 4.97
USP42-202ENST00000404008 APLP2Q06481 763 aa46.09■■■■■ 4.97
USP42-202ENST00000404008 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa46.09■■■■■ 4.97
USP42-202ENST00000404008 TSPOAP1O95153 1857 aa46.09■■■■■ 4.97
USP42-202ENST00000404008 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP46.03■■■■■ 4.96
USP42-202ENST00000404008 CD109Q6YHK3 1445 aa46.01■■■■■ 4.96
USP42-202ENST00000404008 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP45.98■■■■■ 4.95
USP42-202ENST00000404008 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP45.97■■■■■ 4.95
USP42-202ENST00000404008 MYO5CQ9NQX4 1742 aa45.95■■■■■ 4.95
USP42-202ENST00000404008 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa45.87■■■■■ 4.93
USP42-202ENST00000404008 NCOA2Q15596 1464 aa45.85■■■■■ 4.93
USP42-202ENST00000404008 TEX14Q8IWB6 1497 aa45.85■■■■■ 4.93
USP42-202ENST00000404008 PREX2Q70Z35 1606 aa45.83■■■■■ 4.93
USP42-202ENST00000404008 PLCH2O75038 1416 aa45.81■■■■■ 4.92
USP42-202ENST00000404008 ARAP3Q8WWN8 1544 aa45.81■■■■■ 4.92
USP42-202ENST00000404008 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa45.8■■■■■ 4.92
USP42-202ENST00000404008 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP45.75■■■■■ 4.91
USP42-202ENST00000404008 ITSN2Q9NZM3 1697 aa45.74■■■■■ 4.91
USP42-202ENST00000404008 CFAP74Q9C0B2 1584 aa45.74■■■■■ 4.91
USP42-202ENST00000404008 CCNB3Q8WWL7 1395 aa45.73■■■■■ 4.91
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 108.9 ms