RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540438.5

USP28-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 28, human

TSL 2

Gene USP28, Length 3,015 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP28-208	ENST00000540438	DNAJC4	Q9NNZ3	241 aa		13.57	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	JKAMP	Q9P055	326 aa		13.57	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	MEF2C	Q06413	473 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF672	Q499Z4	452 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	MT-CO2	P00403	227 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	C10orf113	Q5VZT2	155 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	LPAR2	Q9HBW0	351 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF257	Q9Y2Q1	563 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	IGKV1D-37	A0A075B6S9	117 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	CNIH1	O95406	144 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	C8orf88	P0DMB2	117 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	DLX6	P56179	175 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	RBPJ	Q06330	500 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	POU2AF1	Q16633	256 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	MRGPRG-AS1	Q2M3A8	158 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF835	Q9Y2P0	537 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ITGB1BP1	O14713	200 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	RBP4	P02753	201 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	RPL15	P61313	204 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TMEM177	Q53S58	311 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	RPE	Q96AT9	228 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	MRPL18	Q9H0U6	180 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	NGB	Q9NPG2	151 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TNFRSF19	Q9NS68	423 aa		13.56	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	DOPEY2	Q9Y3R5	2298 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	LRRK2	Q5S007	2527 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ISLR	O14498	428 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	C3orf36	Q3SXR2	165 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TDRG1	Q3Y452	100 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	BCL6B	Q8N143	479 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	FAM167A-AS1	Q96KT0	104 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	LINC00574	Q9H8X3	128 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ELOA3C	A0A087WX78	387 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	HIST1H1B	P16401	226 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	SRP14	P37108	136 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	LYZ	P61626	148 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	SSX2	Q16385	188 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	VMA21	Q3ZAQ7	101 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TMEM186	Q96B77	213 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	PAXX	Q9BUH6	204 aa		13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	SSBP4	Q9BWG4	385 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	CTAG1A	P78358	180 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TMEM167A	Q8TBQ9	72 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	FKBP11	Q9NYL4	201 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TLN2	Q9Y4G6	2542 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	IGHV1-3	A0A0C4DH29	117 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TNFRSF13B	O14836	293 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TIMM23	O14925	209 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	GPR6	P46095	362 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	MMD	Q15546	238 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	NAT8B	Q9UHF3	227 aa		13.54	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	SH2D7	A6NKC9	451 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	RPL27A	P46776	148 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TIGIT	Q495A1	244 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF664	Q8N3J9	261 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	IGLC7	A0M8Q6	106 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	CAMP	P49913	170 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	VKORC1	Q9BQB6	163 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	DMRT1	Q9Y5R6	373 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438		V9GYV3	84 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ABCA12	Q86UK0	2595 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF705F	A8MVS1	300 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	SERF1A	O75920	110 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF705D	P0CH99	300 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF705B	P0CI00	300 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	DEFA6	Q01524	100 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	BAGE3	Q86Y29	109 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	BAGE2	Q86Y30	109 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	PDPN	Q86YL7	162 aa		13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	AMMECR1	Q9Y4X0	333 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	IGSF10	Q6WRI0	2623 aa		13.52	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438		A0A1W2PN81	502 aa		13.52	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438		A0A1W2PPR1	153 aa		13.52	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	PGP	A6NDG6	321 aa		13.52	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	ZNF841	Q6ZN19	808 aa		13.52	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438	TP53TG3	Q9ULZ0	132 aa		13.52	□□□□□ -0.24
USP28-208	ENST00000540438		A0A087X0M5	115 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438		A0A1B0GX30	115 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	ADORA2A-AS1	P86434	159 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	IBA57	Q5T440	356 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	C17orf77	Q96MU5	243 aa		13.52	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438		B9A039	149 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	BUB1B-PAK6	H3BSN5	160 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	CASP6	P55212	293 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	S100A12	P80511	92 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	IQCJ	Q1A5X6	159 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	RPEL1	Q2QD12	228 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	FAM19A2	Q8N3H0	131 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	IL36B	Q9NZH7	164 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	SIGLEC9	Q9Y336	463 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	RNF114	Q9Y508	228 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	SLC25A5	P05141	298 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	GPX4	P36969	197 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	EXOC3-AS1	Q8N2X6	119 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	NCOR1P1	Q9H4R4	102 aa		13.51	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438	CREBBP	Q92793	2442 aa		13.5	□□□□□ -0.25
USP28-208	ENST00000540438		A6NNC1	897 aa		13.5	□□□□□ -0.25

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