RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	FAM161A	Q3B820	660 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PADI6	Q6TGC4	694 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	ZFR	Q96KR1	1074 aa	Known RBP	11.39	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	CAPNS2	Q96L46	248 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	NYX	Q9GZU5	481 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		11.39	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	SCNN1D	P51172	638 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PTGDR	Q13258	359 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	CRY2	Q49AN0	593 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	TTC13	Q8NBP0	860 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		11.38	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	AOC2	O75106	756 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	SUSD4	Q5VX71	490 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	CST9	Q5W186	159 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	TATDN2	Q93075	761 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PNMA3	Q9UL41	463 aa		11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	11.37	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PPIP5K2	O43314	1243 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	ECE1	P42892	770 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PTPN5	P54829	565 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	AOC3	Q16853	763 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	NIM1K	Q8IY84	436 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	RUNDC1	Q96C34	613 aa		11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	11.36	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	SMAP	O00193	183 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	CCDC184	Q52MB2	194 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		11.35	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	NTSR2	O95665	410 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	ZNF408	Q9H9D4	720 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		11.34	□□□□□ -0.59
USP4-213	ENST00000488520	SOWAHB	A6NEL2	793 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	C3orf80	F5H4A9	247 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	CXCL9	Q07325	125 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	NUDT18	Q6ZVK8	323 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	NLRP3	Q96P20	1036 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	ADARB2	Q9NS39	739 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		11.33	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	SCN9A	Q15858	1988 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	ANXA1	P04083	346 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	GMPS	P49915	693 aa	Predicted RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	BCAM	P50895	628 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	NEUROD2	Q15784	382 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	ZNF428	Q96B54	188 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	ABCC4	O15439	1325 aa		11.32	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	PSME4	Q14997	1843 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	SPEF2	Q9C093	1822 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	RAD17	O75943	681 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	MAP2K2	P36507	400 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	RIPK4	P57078	832 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	LRCH3	Q96II8	777 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	CDKN2AIP	Q9NXV6	580 aa	Predicted RBP	11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		11.31	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	SHTN1	A0MZ66	631 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	NFE2L2	Q16236	605 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	NECTIN2	Q92692	538 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		11.3	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	APAF1	O14727	1248 aa		11.29	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
USP4-213	ENST00000488520	PROSER3	Q2NL68	480 aa		11.29	□□□□□ -0.6

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