RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637107.1

CLN3-256, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,946 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-256	ENST00000637107	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	21.45	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	21.45	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		21.45	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107		A0A0G2JLW4	131 aa		21.44	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107		H7C1W4	665 aa		21.44	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	CHRNA5	P30532	468 aa		21.44	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	21.44	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		21.44	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	21.44	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		21.44	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	IRS4	O14654	1257 aa	Predicted RBP	21.43	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	CASP7	P55210	303 aa		21.43	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	LNPK	Q9C0E8	428 aa		21.43	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	GRM8	O00222	908 aa		21.43	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	21.43	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	NBPF7	P0C2Y1	421 aa	Predicted RBP	21.42	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	DPEP1	P16444	411 aa		21.42	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	PDE6B	P35913	854 aa		21.42	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	TGFB2	P61812	414 aa		21.42	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	USP44	Q9H0E7	712 aa		21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	KCNA3	P22001	575 aa		21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	SLC4A3	P48751	1232 aa		21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		21.41	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	LAMB2	P55268	1798 aa		21.4	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		21.4	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	NLRP3	Q96P20	1036 aa		21.4	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	DAXX	Q9UER7	740 aa	Predicted RBP	21.4	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		21.4	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	NBR1	Q14596	966 aa		21.39	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	21.39	■■□□□ 1.02
CLN3-256	ENST00000637107		H0YIN7	160 aa		21.39	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	SRGN	P10124	158 aa		21.39	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	UTY	O14607	1347 aa		21.38	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	CRY2	Q49AN0	593 aa		21.38	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		21.38	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	PDE8A	O60658	829 aa		21.37	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	TBC1D32	Q96NH3	1257 aa		21.37	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	MEIS3	Q99687	375 aa		21.37	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	KAZALD1	Q96I82	304 aa		21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	SUCLG2	Q96I99	432 aa		21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	MYH3	P11055	1940 aa		21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		21.36	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	DCTPP1	Q9H773	170 aa		21.35	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	21.35	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	CTSW	P56202	376 aa		21.35	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	MASTL	Q96GX5	879 aa		21.35	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		21.35	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	TAF1	P21675	1872 aa		21.34	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	FOXO4	P98177	505 aa		21.34	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	21.34	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	CEP85	Q6P2H3	762 aa		21.34	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		21.34	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	21.34	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	21.33	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	NPR1	P16066	1061 aa		21.33	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	PIM2	Q9P1W9	311 aa		21.33	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	CACNA1S	Q13698	1873 aa		21.33	■■□□□ 1.01
CLN3-256	ENST00000637107	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	21.33	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		21.32	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	STYK1	Q6J9G0	422 aa		21.32	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	21.31	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	21.31	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	COL4A1	P02462	1669 aa		21.31	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	GREM2	Q9H772	168 aa		21.31	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		21.31	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	CSF1R	P07333	972 aa		21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	TTLL6	Q8N841	843 aa		21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	SLX4	Q8IY92	1834 aa		21.3	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	GNAI3	P08754	354 aa		21.29	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	21.29	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	BCS1L	Q9Y276	419 aa		21.29	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	21.29	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	CNKSR1	Q969H4	720 aa		21.29	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		21.29	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	ALDH1B1	P30837	517 aa		21.28	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	21.28	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	SLC51A	Q86UW1	340 aa		21.28	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	21.28	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		21.28	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	21.27	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	BECN1	Q14457	450 aa		21.27	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		21.27	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	21.27	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	21.27	■■□□□ 1
CLN3-256	ENST00000637107	ITGA6	P23229	1130 aa		21.26	■□□□□ 0.99
CLN3-256	ENST00000637107	GRAP	Q13588	217 aa		21.26	■□□□□ 0.99
CLN3-256	ENST00000637107	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	21.26	■□□□□ 0.99

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