RNA–Protein interactions for RNA: YML014W

TRM9, Transcript of tRNA methyltransferase, yeast

Gene TRM9, Length 840 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TRM9	YML014W	VPS38	Q05919	439 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	ATG11	Q12527	1178 aa		13.74	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	MUD1	P32605	298 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	YNL146W	P53906	100 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	DAK1	P54838	584 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	UME1	Q03010	460 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	UTP14	Q04500	899 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	NEW1	Q08972	1196 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	APL4	Q12028	832 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	RTP1	Q12751	981 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	BCS1	P32839	456 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	MNR2	P35724	969 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	SDS3	P40505	327 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	CUL3	P53202	744 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	BRE5	P53741	515 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	UTP5	Q04177	643 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	ECM7	Q06200	448 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	OPY2	Q06810	360 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	YPR078C	Q06813	372 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	YOR131C	Q12486	218 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	VMA1	P17255	1071 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	NIP100	P33420	868 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	NPP2	P39997	493 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	PRY3	P47033	881 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	YDR090C	Q03193	310 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRM9	YML014W	TMT1	P32643	299 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	SMC1	P32908	1225 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	JSN1	P47135	1091 aa	Known RBP RIP-Chip data	13.7	□□□□□ -0.22	not detected
TRM9	YML014W	HSH155	P49955	971 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ERG5	P54781	538 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ULP1	Q02724	621 aa		13.7	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	PPR1	P07272	904 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	SPO12	P17123	173 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	MSS51	P32335	436 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	XRS2	P33301	854 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	PIN4	P34217	668 aa	Known RBP RIP-Chip data	13.69	□□□□□ -0.22	not detected
TRM9	YML014W	PCH2	P38126	564 aa		13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	SCD6	P45978	349 aa	Known RBP RIP-Chip data	13.69	□□□□□ -0.22	not detected
TRM9	YML014W	CUS1	Q02554	436 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	CSR1	Q06705	408 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	MDM20	Q12387	796 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	PDC6	P26263	563 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	SKG6	P32900	734 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	YKL023W	P36103	277 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	SHQ1	P40486	507 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	OSW7	P43611	510 aa		13.68	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	TSR1	Q07381	788 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	WHI2	P12611	486 aa		13.67	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ALD5	P40047	520 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ATG3	P40344	310 aa		13.67	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ORC5	P50874	479 aa		13.67	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ENV11	P53246	860 aa		13.67	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ESBP6	P53918	673 aa		13.67	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	MTF2	P10849	440 aa		13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	NAT1	P12945	854 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	PAH1	P32567	862 aa		13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	MRX3	P38172	270 aa		13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	MMS4	P38257	691 aa		13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	CAJ1	P39101	391 aa		13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	FTR1	P40088	404 aa		13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	HXT8	P40886	569 aa		13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	ASN1	P49089	572 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	RPA49	Q01080	415 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	SEC23	P15303	768 aa	Known RBP	13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	TUP1	P16649	713 aa		13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	KIP1	P28742	1111 aa		13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	BUD2	P33314	1104 aa		13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	VID24	P38263	362 aa		13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	IES1	P43579	692 aa		13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	MNP1	P53163	194 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	TRS130	Q03660	1102 aa		13.65	□□□□□ -0.22
TRM9	YML014W	DUR3	P33413	735 aa		13.64	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	AFG3	P39925	761 aa		13.64	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	VPS62	P53285	467 aa		13.64	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	UBP3	Q01477	912 aa	Known RBP RIP-Chip data	13.64	□□□□□ -0.23	not detected
TRM9	YML014W	SLX4	Q12098	748 aa		13.64	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	YDL206W	Q12424	762 aa		13.64	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	YOL098C	Q12496	1037 aa		13.64	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	SWI3	P32591	825 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	APT1	P49435	187 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	IWR1	Q07532	353 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	SGT2	Q12118	346 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	MAM3	Q12296	706 aa		13.63	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	HEM1	P09950	548 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	RAD54	P32863	898 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	STO1	P34160	861 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	JNM1	P36224	373 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	MCX1	P38323	520 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	CCC2	P38995	1004 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	DAS1	P47005	663 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	TBF1	Q02457	562 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	RGA2	Q06407	1009 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	DAS2	Q12084	232 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	GIS3	Q12418	502 aa		13.62	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	SNF1	P06782	633 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	LDH1	P38139	375 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	MMM1	P41800	426 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	AZR1	P50080	613 aa		13.61	□□□□□ -0.23
TRM9	YML014W	TAD1	P53065	400 aa		13.61	□□□□□ -0.23

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