RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514313.1

NUP54-215, Transcript of nucleoporin 54, human

TSL 2

Gene NUP54, Length 537 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NUP54-215	ENST00000514313	BCL11A	Q9H165	835 aa		11.91	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	GPC1	P35052	558 aa		11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	MRPL58	Q14197	206 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	C4orf17	Q53FE4	359 aa		11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	GNAS	Q5JWF2	1037 aa		11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	TREML1	Q86YW5	311 aa		11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	INSM2	Q96T92	566 aa	Predicted RBP	11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	NIF3L1	Q9GZT8	377 aa		11.9	□□□□□ -0.5
NUP54-215	ENST00000514313	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	SETDB2	Q96T68	719 aa		11.89	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		11.89	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	BCS1L	Q9Y276	419 aa		11.89	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	HPS1	Q92902	700 aa		11.88	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	RNF19A	Q9NV58	838 aa		11.88	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	PLA2G2E	Q9NZK7	142 aa		11.88	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	USP5	P45974	858 aa		11.87	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	RNF144A	P50876	292 aa	Predicted RBP	11.87	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		11.87	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	FAM161B	Q96MY7	647 aa		11.87	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	DUSP9	Q99956	384 aa	Known RBP	11.87	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	PARP2	Q9UGN5	583 aa		11.87	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	SPINT1	O43278	529 aa		11.86	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	TRIM67	Q6ZTA4	783 aa		11.86	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	GPR152	Q8TDT2	470 aa		11.86	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	KLRG1	Q96E93	195 aa		11.86	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	TSEN34	Q9BSV6	310 aa	Known RBP	11.86	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	BACH2	Q9BYV9	841 aa		11.86	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	POLM	Q9NP87	494 aa	Predicted RBP	11.86	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	ATP2B2	Q01814	1243 aa		11.85	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	11.85	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	ENOX2	Q16206	610 aa	Known RBP	11.85	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	LINC00528	Q8N1L1	170 aa		11.85	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	11.85	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		11.84	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	CTSO	P43234	321 aa	Predicted RBP	11.84	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	PHKA2	P46019	1235 aa		11.84	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	FGD1	P98174	961 aa		11.84	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		11.84	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		11.84	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	ZDHHC3	Q9NYG2	299 aa		11.84	□□□□□ -0.51
NUP54-215	ENST00000514313	TGFBR3L	H3BV60	316 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	PRR20E	P86478	221 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	PRR20C	P86479	221 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	PRR20D	P86480	221 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	PRR20B	P86481	221 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	PRR20A	P86496	221 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	AIDA	Q96BJ3	306 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	USP35	Q9P2H5	1018 aa		11.83	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313		A6NHS1	94 aa		11.82	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		11.82	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	MICAL2	O94851	1124 aa		11.82	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		11.82	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	HSH2D	Q96JZ2	352 aa		11.82	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	PCSK2	P16519	638 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	ORC1	Q13415	861 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	HIF1A	Q16665	826 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	TMC4	Q7Z404	712 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	SUSD3	Q96L08	255 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		11.81	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	CAPN5	O15484	640 aa	Predicted RBP	11.8	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	DAB2	P98082	770 aa		11.8	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	C8orf34	Q49A92	452 aa		11.8	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	CSRNP1	Q96S65	589 aa		11.8	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	CFHR5	Q9BXR6	569 aa		11.8	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	MRS2	Q9HD23	443 aa		11.8	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	ATP4A	P20648	1035 aa		11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	PSMD2	Q13200	908 aa		11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	ALG1L	Q6GMV1	187 aa		11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	RNF217	Q8TC41	542 aa		11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	DMGDH	Q9UI17	866 aa	Known RBP	11.79	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	SCAMP3	O14828	347 aa	Known RBP	11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	OPLAH	O14841	1288 aa		11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	SORBS3	O60504	671 aa		11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	UPP2	O95045	317 aa		11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	IDH3A	P50213	366 aa		11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	POU4F2	Q12837	409 aa		11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	IER5	Q5VY09	327 aa		11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	GPC6	Q9Y625	555 aa	Predicted RBP	11.78	□□□□□ -0.52
NUP54-215	ENST00000514313	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	11.77	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	PRICKLE2	Q7Z3G6	844 aa		11.77	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	C8orf37	Q96NL8	207 aa		11.77	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	VTI1B	Q9UEU0	232 aa		11.77	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	EIF1AY	O14602	144 aa	Known RBP	11.76	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	BMP2	P12643	396 aa		11.76	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	C6orf118	Q5T5N4	469 aa		11.76	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		11.76	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		11.76	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	USP20	Q9Y2K6	914 aa		11.76	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		11.75	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	TTC16	Q8NEE8	873 aa		11.75	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	FBF1	Q8TES7	1133 aa		11.75	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	RPLP1	P05386	114 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	GNA15	P30679	374 aa		11.74	□□□□□ -0.53
NUP54-215	ENST00000514313	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53

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